Upgrade to Pro
— share decks privately, control downloads, hide ads and more …
Speaker Deck
Features
Speaker Deck
PRO
Sign in
Sign up for free
Search
Search
JATS-Con 2019
Search
XSPA
August 02, 2019
Technology
0
64
JATS-Con 2019
学術情報XML推進協議会セミナー日時
:2019年8月2日(金曜日)16:30 – 17:00
場所:DMZ WORK
XSPA
August 02, 2019
Tweet
Share
More Decks by XSPA
See All by XSPA
J-STAGEおよびJxivの現況
xspa2012
0
110
Chat GPTによるXML自動生成の可能性
xspa2012
0
150
デジタルアーカイブとしての電子ジャーナル
xspa2012
0
31
日本のデジタル辞書を支えるXMLフォーマット"LeXML"
xspa2012
0
280
全文XML作成ツールの感想
xspa2012
0
270
全文 XML 作成ツールについて
xspa2012
0
240
InDesignからのXML書き出し
xspa2012
0
590
oXygenによる作成技法
xspa2012
0
140
学術情報を結びつ ける識別子
xspa2012
1
88
Other Decks in Technology
See All in Technology
OpenID Foundation updates
fujie
0
260
ワールドカフェ再び、そしてロール・ツール群の開発 / World Café Again, and Development of Suites of Roles and Tools
ks91
PRO
0
140
Laboratories in Science and Technology: Deep Neural Networks
keio_smilab
PRO
3
180
20240516 OpenID TechNight Vol.21 「OIDFシェアードシグナルフレームワーク(ID2)を利用してリアルタイムでセキュリティシグナルを共有するための最新情報」
oidfj
0
200
汎用ポリシー言語Rego + OPAと認可・検証事例の紹介 / Introduction Rego & OPA for authorization and validation
mizutani
1
200
ITエンジニアを取り巻く環境とキャリアパス / A career path for Japanese IT engineers
takatama
3
1.2k
My road to OSEE Part1
yunolay
0
130
Step by Stepで学ぶ、ADT(代数的データ型)、モナドからEffect-TSまで
leveragestech
1
3.3k
エムスリーQAチーム紹介資料 / Introduction of M3 QA Team
m3_engineering
1
340
パフォーマンス最適化のベストプラクティス
databricksjapan
0
220
生成AIと産業向けソフトウェアの自動生成 〜 ハノーバーメッセ2024より〜
kioto
2
450
Google Cloud Next '24 Recap in ZOZO Datastreamを使用したリアルタイムデータストリーミングの紹介 / realtime datastreaming with Datastream
takahitosakuma
0
180
Featured
See All Featured
Design by the Numbers
sachag
274
18k
Code Reviewing Like a Champion
maltzj
516
39k
The MySQL Ecosystem @ GitHub 2015
samlambert
244
12k
Facilitating Awesome Meetings
lara
43
5.6k
Put a Button on it: Removing Barriers to Going Fast.
kastner
58
3.1k
For a Future-Friendly Web
brad_frost
172
9k
YesSQL, Process and Tooling at Scale
rocio
165
13k
Easily Structure & Communicate Ideas using Wireframe
afnizarnur
188
16k
Fontdeck: Realign not Redesign
paulrobertlloyd
76
4.9k
Designing the Hi-DPI Web
ddemaree
276
33k
Principles of Awesome APIs and How to Build Them.
keavy
121
16k
How to Create Impact in a Changing Tech Landscape [PerfNow 2023]
tammyeverts
22
1.6k
Transcript
1 2019/8/2 XSPA 時実 象一
[email protected]
JATS-Con 2019
JATS-Con とは • JATS の技術と開発に関する国際会議 – NCBI/NIH が主催 – 2010
年に第1回、原則毎年1回 – Bethesda の NLM で開催 – XSPA からも発表 (時実、中西) – 2019 年は例外的に英国で開催 • Wellcome Genome Center 会議場 (Cambridge 郊外) 2
3
MECA 研究機関 ID (ROR) JATS4R JATS 2.0 JATS 関連プロジェクト
MECA (Manuscript Exchange Common Approach) • ある雑誌で投稿が不採択となった際、その 投稿データを他の雑誌の投稿システムに転 送する仕組み •
2016年8月: Common Approach to Manuscript Transferワーキンググループを 結成 • 2017年: MECAに改称 • 2018年4月: NISO • 2018年9月: NISOのワーキング・グループ で、MECAを推奨基準とみなす 5
• MECA の採用 – Aries Editorial Manager / ProduXion Manager
– eJournalPress – Highwire 6
Research Organization Registry (ROR) • 研究機関の名称や各種識別子の台帳 – 2019年中にリリース予定 • 投稿システムにROR
APIをインストール – 入力した機関名に対して、候補がプルダウンで表示 – 選択すると自動的にRORが付与 • RORのレコード – https://ror.org/03yrm5c26のような形 – ROR ID: 03yrm5c26 (最後の数字はチェック文字) – 機関名、その略記、他言語の標記、ウェブサイト、他の 識別子 (GRID, ISNI, Wikidataなど)、その他のメタデー タ (所在地情報、関連レコードなど) が記述 • RORはJATSの <institution-id> で記述 7
JATS4R • Melissa Harrison (Head of Production Operations, eLife;JATS4R) •
JATS4R (JATS for Reuse) とは – JATS は記述の仕方に任意性が高い – 出版者によって書き方が異なる – これをなるべく標準化するための推奨基準を 作成する 8
• これまでの提言 – 出版日付 – 著者名と所属機関 – 一般 – 引用文献
– 臨床試験 – 利益相反 – CRediT – データ引用 – データ入手可能性 – 数式 – 許諾 – 主題とキーワード 9
JATS 2.0 • JATS 2.0 を検討 – JATS 1.x とは非互換
– JATS 1.x が引き継いでいるレガシーを削除し てきれいにする – 例 • NLM Citation の削除 – JATS 1.x は並行してサポートする 10
BioArxv PLOS Crossref 招待講演
bioRxiv • Richard Sever (Co-Founder, bioRxiv; Assistant Director, CSHL Press)
• bioRxivは2013年にCold Spring Harbor Laboratoryが設立したプレプリント・サイト • 非営利で、投稿費、アクセス費ともに無料 • スクリーニングはおこなうが査読は行わない – 意味があるか – 科学であるか – 研究論文か – 剽窃はないか – 医学か 12
• 48,000件以上の論文 • 30%が1回以上改訂 • 200,000著者 • 4,000,000回/月の閲覧 • 70%以上が後日雑誌論文として出版される
• 1900雑誌がbioRxivプレプリントを出版 13
14
15
PLOS • Emma Ganley (Chief Editor, PLOS Biology) • PLOSは2001年設立
– 元NIH所長のHarld Varmusなど – オープンアクセス出版者として設立 • 2006年にPLOS ONEを創刊 – ビジネス的にも大きな成功 16
• すべてのPLOS雑誌で、査読結果通知と すべての査読結果 (査読者名は任意)、著 者の回答、を公開 – 2019年5月22日より • これらにはDOIも付与 •
公開は著者が選択 – 査読者が名前が出るのを恐れて、署名をし なくなる可能性はある – 査読の品質は向上すると思われる 17
• 2014年3月にPLOS Data Policyを公表 • 全ての論文はData Availability Statement (DAS) を付記しなくてはならない
18
• データ公開の例外 – 倫理的または法的な問題 患者等の個人情報の 暴露等 – その他の危険 動植物の生息地の公開による乱 獲の恐れ、など
• 2014年3月以降、PLOSでは115,000論文を 出版 – DASが提出されないことによる拒絶は0.1%以 下 – 25%がデータ・リポジトリを利用 19
Crossref • Patricia Feeney (Head of Metadata, Crossref) • Crossref
が1999年に発足した際の必須メ タデータ – DOI – URL – 雑誌名 – ISSN – 巻・号 – 先頭ページ、最終ページ – 記事タイトルや著者名すら必須ではなかった • その後Crossrefは順次範囲は広げてきてお り、2019年には研究助成ID、会議IDも追 加される予定。 20
• CrossrefのXMLはもともとJATSと異なる • JATSデータはJATS-to-Crossref XSLTで処 理 • 長期的には、JATSを直接入力に使うこと も検討 21
2020/4/28-29 NLM, Bethesda, MD, USA 次回 JATS-Con