Taller CDSB 2020: Construyendo flujos de trabajo con RStudio y Bioconductor para datos transcriptómicos de célula única (scRNA-seq) #CDSB2020 @CDSBMexico @fellgernon @RBioinformatica Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor

https://comunidadbioinfo.github.io/post/cdsb2020-building-workflows-with-rstudio-and-scrnaseq-with-bioconductor/#.Xxxjhp5KguU Material de un taller de rstudio::conf(2020) + Material del libro de OSCA Patrocinadores:

@CDSBMexico

https://comunidadbioinfo.github.io/es/codigo-de-conducta/ ● Queremos que todxs disfruten del taller ● Ayúdanos a que esto se cumpla, ¡gracias!

https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/bioc2019-code-of-conduct-violation-response/ ● Si alguien se pierde de oportunidades por sentirse excluidx nos afecta a todxs como comunidad ● Los castigos son severos

• 2017: idea en BioC2017 • 2018: primer taller ^_^ ○ Instructores de Bioconductor: Martin Morgan & Benilton Carvalho • 2019: ○ BioC2019: apoyo a solicitud de becas ○ Taller con materiales adaptados de RStudio • 2020: ○ regutools: primer paquete en Bioconductor ○ Taller con RStudio & Bioconductor https://comunidadbioinfo.github.io/

¿Quién conoce ? Sandrine Dudoit: ¡Es una de las fundadoras de @Bioconductor! @cendrinou https://www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/ @lcgunam Otoño 2007 Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

Ciclo educativo ● Alguien enseña en una comunidad local ● Participantes locales toman la iniciativa de aprender más ● (idealmente) participantes locales le enseñan a más personas de la comunidad Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

http://www.wholebiome.com/team.html#james-bullard James Bullard Enero 2008 1 semana de curso intensivo Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

@AlexielMedyna http://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/ Leonardo Collado Torres + Alejandra Medina Rivera BioC2008 Día para desarrolladores + 2 días de congreso Con apoyo de @lcgunam Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

@fellgernon & Osam http://lcolladotor.github.io/courses/Courses/R/ Otoño 2008

Ciclo educativo: problemas ● Depende de lxs voluntarixs ● Una vez que lxs voluntarixs se van, es difícil de continuar ● Es difícil conseguir fondos ● Barreras de lenguaje ● Resilencia: no todo sale bien a la primera

Datos de los últimos 667 paquetes contribuidos a Bioconductor a través de GitHub (Hecho en 2018) Alejandro Reyes @areyesq http://alejandroreyes.org/ BioC2017

http://congresos.nnb.unam.mx/

Interesadxs → Usarixs → Desarrolladores ¿Cómo podemos facilitar esta transición en LA/México?

No estamos solos: red de apoyo ● Consejos, ideas, ● Material educativo, ● actividades para construir comunidades, ● Instructores voluntarixs, ● fondos, ● visibilidad

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No estamos solos: red de apoyo local Experiencia organizando talleres, infraestructura para pagos, cuentas bancarias & estructura legal, salones para bioinformática, letras oficiales, reservaciones & logística, asistentes, acceso directo para identificar necesidades locales, ... @nnb_unam @RBioinformatica @ccg_unam @lcgunam

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Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática ● Comunidad como un departamento de una universidad (virtual). ● Discusión de nuevas ideas. ● Intercambio de conocimientos y formación de colaboraciones. ● Eliminar barreras para principiantes (asesorías) ● Mayor acceso para material avanzado para entrenar más talento Latinoamericano. https://comunidadbioinfo.github.io/ Community of Bioinformatics Software Developers

Taller de Desarrolladores Latino Americanos de R/BioConductor 2018 ● Lanzamiento de la comunidad. ● Enseñar los principios de ciencia de datos reproducible a través del desarrollo de paquetes de R/Bioconductor. ● Convertir usuarixs de bioinformática en desarrolladores de software. ● Continuar con talleres similares en el futuro

Martin Morgan Bioconductor Benilton Carvalho Uni Campinas Selene Fernandez LANGEBIO Alicia Mastretta Yanes CONABIO María Teresa Ortíz CONABIO Ale Medina LIIGH Alejandro Ponce CONABIO Leo Collado LIBD/Johns Hopkins Heladia Salgado CCG Laura Gomez CCG Daniela Ledezma CCG Alejandro Reyes DFCI/Harvard YOU YOU YOU

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@doctor_calvo @josschavezf1

@AnaBetty2304 Co-fundadora @RLadies_Qro

Formación de redes ● Aprender de otros ● Conocer posibles instructores ● Pedir apoyo ● Asegurarse que personas nuevas sean incluidas ● ...

Junta Directiva CDSB hasta 2019

¿Es sostenible o nos desgastaremos? > Estoy orgulloso y emocionado de lo que hemos logrado con nuestros talleres de la CDSB de una semana, pero también de cómo hemos usado las herramientas que aprendimos de otras comunidades y que nos permiten seguir interactuando y comunicando durante todo el año. El tiempo nos dirá si nuestros esfuerzos crearon una onda que creció hasta convertirse en ola o si terminaremos desgastados. La sostenibilidad es un desafío, pero estamos muy motivados por el impacto que hemos tenido y solo podemos imaginar un futuro más brillante. En español: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XyeViyhKguU bit.ly/cdsb2020post → https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico

Evitar repetir el pasado: ¡atraer nuevxs voluntarixs! Joselyn Chavez @josschavezf1 ● CDSB 2018 & 2019 alumna ● Parte de la Junta Directiva desde 2019 ● Fundó R-Ladies Cuernavaca en 2019 ● Instrutora del taller CDSB2020

Canal de YouTube de la CDSB https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

Qué hacemos ● Talleres ● Slack: como un departamento virtual ● Lxs empujamos a que manden solicitudes para diversas oportunidades ● Ayudamos a navegar el proceso de las solicitudes & romper barreras de lenguaje ● Entrenamos a otrxs: algunxs tal vez se unan a nuestro equipo ● Adaptamos ideas de otrxs ● Promocionamos el trabajo de participantes de la CDSB y nuestros aliados

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https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa575

¡Ayúdenos a aumentar nuestra visibilidad! ^^ bit.ly/bioc2020cdsb → https://twitter.com/CDSBMexico/status/1288139636477435906?s=20

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@CDSBMexico

@alabasti1 @AnaBetty2304 @Carlos_Aplysia @josschavezf1 @M2RUseR @AleMedinaRivera @areyesq @fellgernon @TeresaOM @CDSBMexico: ¡tú eres el futuro! + el presente y la base