Talleres CDSB 2021: (1) Construyendo flujos de trabajo con RStudio (2) Bioconductor para datos transcriptómicos de célula única (scRNA-seq) #EBM2021 #CDSB2021 @CDSBMexico @lcolladotor @RBioinformatica Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor

@CDSBMexico

https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_workflows https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_scRNAseq Material de un taller de rstudio::conf(2020) + Material del libro de OSCA

https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cs_and_s_event_fund_award/ https://www.r-consortium.org/

https://comunidadbioinfo.github.io/es/codigo-de-conducta/ ● Queremos que todxs disfruten del taller ● Ayúdanos a que esto se cumpla, ¡gracias!

https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/bioc2019-code-of-conduct-violation-response/ ● Si alguien se pierde de oportunidades por sentirse excluidx nos afecta a todxs como comunidad ● Los castigos son severos

Datos masivos en la investigación biológica https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/06/30/sra-rfi/

¿Qué es Bioconductor? https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/06/30/sra-rfi/ • Software estadístico para el análisis de experimentos biológicos. • Open-source, open-development, y muy usado: ○ > 1,100 paquetes (librerías) ○ > 14,000 citas ○ > 250,000 IPs • Basado en R. • Establecido en 2002.

Interés → Usuarios → Desarrolladores

¿Quién conoce ? Sandrine Dudoit: ¡Es una de las fundadoras de @Bioconductor! @cendrinou https://www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/ @lcgunam Otoño 2007 Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

Ciclo educativo ● Alguien enseña en una comunidad local ● Participantes locales toman la iniciativa de aprender más ● (idealmente) participantes locales le enseñan a más personas de la comunidad Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

http://www.wholebiome.com/team.html#james-bullard James Bullard Enero 2008 1 semana de curso intensivo Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

@AlexielMedyna http://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/ Leonardo Collado Torres + Alejandra Medina Rivera BioC2008 Día para desarrolladores + 2 días de congreso Con apoyo de @lcgunam Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico

@fellgernon & Osam http://lcolladotor.github.io/courses/Courses/R/ Otoño 2008

Ciclo educativo: problemas ● Depende de lxs voluntarixs ● Una vez que lxs voluntarixs se van, es difícil de continuar ● Es difícil conseguir fondos ● Barreras de lenguaje ● Resilencia: no todo sale bien a la primera

Datos de los últimos 667 paquetes contribuidos a Bioconductor a través de GitHub (Hecho en 2018) Alejandro Reyes @areyesq http://alejandroreyes.org/ BioC2017

http://congresos.nnb.unam.mx/ https://twitter.com/nnb_unam

Interesadxs → Usarixs → Desarrolladores ¿Cómo le hacemos para fomentar este paso en México y Latino América?

Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) ¿Cómo quitamos las barreras? ● Talleres enfocados en el desarrollo de software ● Asesoramiento y desarrollo de proyectos de software libre ● Intercambio de ideas y colaboraciones por medio de slack (simulando un departamento universitario) ● Alentamos y apoyamos a nuestros miembros en sus aplicaciones para becas y oportunidades ● Promovemos el trabajo de nuestros miembros (networking) ● Promover un ciclo de educación

Logros de la CDSB ● 3 talleres anuales de desarrollo de software (>20 personas c/u, materiales disponibles en Github y YouTube) ● > 10 becas otorgadas a nuestros miembros para congresos internacionales (RStudio y BioC) ● > 5 presentaciones en congresos internacionales (BioC) ● 1 proyecto de software libre en Bioconductor y decenas en GitHub ● 1 publicación científica (Bioinformatics) ● Primeros alumnos están tomando el liderazgo del proyecto y formando sus propias comunidades (e.g. R-ladies)

• 2017: ○ idea en BioC2017 e inicio de la fundación de CDSB • 2018: ○ primer taller ^_^, con instructores de Bioconductor: Martin Morgan & Benilton Carvalho • 2019: ○ BioC2019: apoyo a solicitud de becas ○ Taller con materiales adaptados de RStudio • 2020: ○ regutools: primer paquete en Bioconductor ○ Taller con RStudio & Bioconductor • 2021: ○ primera vez con 2 talleres https://comunidadbioinfo.github.io/

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@doctor_calvo @josschavezf1

@AnaBetty2304 Co-fundadora @RLadies_Qro

Formación de redes ● Aprender de otros ● Conocer posibles instructores ● Pedir apoyo ● Asegurarse que personas nuevas sean incluidas ● ...

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https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa575

Junta Directiva CDSB hasta 2019

¿Es sostenible o nos desgastaremos? > Estoy orgulloso y emocionado de lo que hemos logrado con nuestros talleres de la CDSB de una semana, pero también de cómo hemos usado las herramientas que aprendimos de otras comunidades y que nos permiten seguir interactuando y comunicando durante todo el año. El tiempo nos dirá si nuestros esfuerzos crearon una onda que creció hasta convertirse en ola o si terminaremos desgastados. La sostenibilidad es un desafío, pero estamos muy motivados por el impacto que hemos tenido y solo podemos imaginar un futuro más brillante. En español: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XyeViyhKguU bit.ly/cdsb2020post → https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico

Evitar repetir el pasado: ¡atraer nuevxs voluntarixs! Joselyn Chavez @josschavezf1 ● CDSB 2018 & 2019 alumna ● Parte de la Junta Directiva desde 2019 ● Fundó R-Ladies Cuernavaca en 2019 ● Instrutora del taller CDSB2020 ● ... ● Organizadora mini-cursos CDSB2020/21 ● Instructora del taller CDSB2021

Evitar repetir el pasado: ¡atraer nuevxs voluntarixs! Erick Cuevas @ErickCuevasF ● CDSB 2018, 2019, 2020 alumno ● Parte de la Junta Directiva desde 2020 ● Organizador mini-cursos CDSB2020/21 ● Instructor del taller CDSB2021 https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/the_impact_of_cdsb_on_me/

Canal de YouTube de la CDSB (en sus inicios) https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

Canal de YouTube de la CDSB (hoy en día) https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

@CDSBMexico

BioC2020: primer año virtual

@alabasti1 @AnaBetty2304 @Carlos_Aplysia @josschavezf1 @M2RUseR @AleMedinaRivera @areyesq @fellgernon @TeresaOM CDSB2020: ¡tú eres el futuro! + el presente y la base

Instructores CDSB 2021 https://comunidadbioinfo.github.io/es/#people Jesús Vélez Santiago @jvelezmagic Kevin Emmanuel Meza Landeros @KevsGenomic Mónica Padilla Gálvez @mpadilla905 Ayudantes

No estamos solos, tenemos una amplia red de apoyo LCG-UNAM

Conoce a la comunidad de R-Ladies México https://rladiesmx.netlify.app

¡Gracias!