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• 成長データに対して
関数主成分分析を
実行するRコード
• 各行での処理を
次頁から紹介
関数主成分分析の実行コード(全体)
library(fda)
# 成長データplot
par(mar=c(4,4,1,1), mfrow=c(1,1))
matplot(growth$age, growth$hgtm, pch=16)
# 成長データ関数化
growthbasis = create.bspline.basis(c(1,18), 10)
growthSmooth = smooth.basis(growth$age, growth$hgtm, growthbasis)
growthfd = growthSmooth$fd
plot(growthfd)
# 関数主成分計算
data_fd_pca = pca.fd(growthfd, nharm=4)
plot(data_fd_pca$harmonics)
data_fd_pca$varprop #寄与率
# 第1,第2主成分得plot
plot(data_fd_pca$scores[, 1], data_fd_pca$scores[, 2], pch=16,
xlab="PC1", ylab="PC2", main="PC scores for growth data")
abline(h=0, v=0, lty=2)