biocthis: crea paquetes de R/Bioconductor Leonardo Collado Torres lcolladotor.github.io 2021-01-28

LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT usethis: infraestructura que facilita crear paquetes de R ● https://usethis.r-lib.org/ ● usethis::create_package() https://usethis.r-lib.org/refer ence/create_package.html

LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT GitHub Actions ● Te ahorran tiempo ● Permite probar tu código automáticamente en winOS, macOS, linux, docker ○ https://docs.github.com/en/actions/reference/virtual-environments-for-github-host ed-runners ● Marco de referencia para reproducibilidad ○ Particularlmente cuando usas docker http://bioconductor.org/help/docker/ ○ Gracias a https://www.rocker-project.org/ ● También es de vanguardia ○ Puedes encontrarte con los errores más nuevos de R ○ Potencialmente te encontrarás con problemas de instalación ● https://github.com/r-lib/actions ● https://www.jimhester.com/talk/2020-rsc-github-actions/

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LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT biocthis: te ayuda a usar GHA con tu paquete de R ● Incluye código GitHub Actions que es amigable con Bioconductor ○ https://lcolladotor.github.io/biocthis/reference/use_bioc_github_action.html ○ Bioconductor docker + macOS + winOS ○ R CMD build + check + BiocCheck ○ covr: covertura de código ○ pkgdown: sitio web de documentación de tu paquete ● Tiene funciones similares a usethis adaptadas a las necesidades de Bioconductor (y/o mías) ○ https://lcolladotor.github.io/biocthis/reference/use_bioc_vignette.html crea una vignette con BiocStyle y la estructura que uso en mis paquetes de R/Bioconductor ● Incluye 4 scripts dev/*.R que te guiarán para hacer tu paquete de R/BioC

LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT Ejemplos: recount3 ● https://github.com/LieberInstitute/recount3 ● http://research.libd.org/recount3/ ● http://research.libd.org/recount3/reference/create_rse.ht ml ● Bookdown: http://research.libd.org/SPEAQeasy/ ● Sitio de R Markdown: https://lcolladotor.github.io/twitter-stats/CDSB2020.html ● ¿Más? https://lcolladotor.github.io/pkgs/

LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT ¿Te animaste a probarlo? 1. Abre RStudio (con R 4.0.x) 2. Instala BiocManager: install.packages("BiocManager") 3. Instala biocthis: BiocManager::install("biocthis") 4. Crea tu paquete: usethis::create_package("biocthistest") 5. Agrega los 4 scripts de prueba: biocthis::use_bioc_pkg_templates() 6. Empieza con el primer script de R en biocthistest/dev https://lcolladotor.github.io/biocthis/