Tweet
Tweet

Slide 1

Slide 1 text

הקע תותעב היצטומו היצולובא באוי םר " ןגב היצולובא :" תרדס לע תואצרה ינטובה ןגב היצולובא 16 יאמ 2013 , 18:00

Slide 2

Slide 2 text

תודות 2 ןוריב הילמע ןרק - הלגיצ תינויצולובא הירואיתל הדבעמה ד לש " ינדה ךליל ר ע םייחה יעדמל הטלוקפה " ג ש ' גרו ' זייו לש היגולוקאו תירלוקלומ היגולויבל הקלחמה םיחמצ תטיסרבינוא לת - ביבא

Slide 3

Slide 3 text

הקיטמתמו היגולויב 3 xkcd.com/435

Slide 4

Slide 4 text

תיבושיח היגולויב Computational Biology • הקיטמתמ • בשחמה יעדמ • הנכות • הקיטסיטטס • Data • םילדומ 4 " = (1 − )/ + for i in range(N): p = p*(1-U)/(p*w)

Slide 5

Slide 5 text

תויסולכוא לש הקיטנג Population Genetics תיטמתמ היצולובא , תיטרואיתו תיבושיח • תורבתסהה תרות • םיקחשמה תרות • תוימאניד תוכרעמ • תויטסכוטס תוכרעמ • בשחמ תויצלומיס • הקיטסיטטס 5 xkcd.com/55

Slide 6

Slide 6 text

תויסולכוא לש הקיטנג 6 ר . א . רשיפ 1890-1962 , הילגנא הילרטסואו " זאמ רתויב לודגה גולויבה ןיווראד " – ציר ' סניקוד דר " תא רצי ודבל טעמכש ןואג עדמ לש תודוסיה תינרדומה הקיטסיטטסה " – דלאה סרדנא טייר לוויס 1889-1988 , הרא " ב לש העפשהה תא שיגדה לע םייארקא םיכילהת היצטפדאו היצולובא ג ' . ב . ס . ןיידלאה 1892-1964 , הילגנא , הרא " ודוהו ב ויבתכ ןיב : " הירואית תיעבט הרירב לש תיטמתמ תיתוכאלמו " , " םימרוגה היצולובאל " , " לדוגב תויהל ןוכנה " 72 99 72 עצוממ – 81 םינש

Slide 7

Slide 7 text

תויסולכוא לש הקיטנג 7 ג ' תימס דרניימ ןו ' 1920-2004 , הילגנא םיקחשמה תרות תינויצולובאה , היצולובאה תינימה הייברה לש , הרירבה לש התלועפ תונוש תומרב תינימה ג ' פ סמיי . וארק 1916-2012 , הרא " ב היצטומ יבצק תדידמ לע תויצטומ תעפשהו תורישכה , דועו דועו דועו הרומיק וטומ 1924-1994 , הראו ןפי " ב ויבתכ ןיב : " הירואית תיעבט הרירב לש תיטמתמ תיתוכאלמו " , " םימרוגה היצולובאל " , " לדוגב תויהל ןוכנה " 84 96 70 78 היה 2010-ב ב"הראב עצוממה םינש 83 – עצוממ

Slide 8

Slide 8 text

ע היצולובא " תויסולכוא לש הקיטנג פ • ךילהתב השרוהב תורבועש תונוכת תוחיכשב יוניש בר - ירוד • םייזכרמה תוחוכה : – הרירב selection – היצטומ mutation – תינימ הייבר sexual reproduction – תיארקא הפיחס random drift 8

Slide 9

Slide 9 text

ע היצולובא " תיעבט הרירב י 9

Slide 10

Slide 10 text

תורישכב תונוש • תורישכב תונושה =) תיתייבר החלצה ( הכירצ השרוהב רובעל • איה השרוהב תרבועש תונושה תיטנג תונוש • קר אל - הקיטנגיפא ... פורפ ' הקנולבי הוח , 18.4 • תיטנגה תונושה תרצונ דציכ ? 10

Slide 11

Slide 11 text

היצטומ - תוישופיח םיקורי םירוה - CGTCGACGTGCAAATTTGGGCTGGCA םוח אצאצ - CGTCGACGTGCATATTTGGGCTGGCA 11

Slide 12

Slide 12 text

היצטומ – תישמרח הימנא • ןגב תיתדוקנ היצטומ ןיבולגומהה ןובלחל • CTC → CAC • ונימאה תצמוח תא הפילחמ glutamic acid ב - valine • םודאב ןיקת ןיבולגומה • םותכב ישמרח ןיבולגומה 12

Slide 13

Slide 13 text

היצטומ 13 • " תויצטומ ... היצולובאל םלגה רמוח תא תוקפסמ " – זבוד ' יקסנ , םינימה אצומו הקיטנג 1937 • " תלעופ הילעש תונושל יסיסבה רוקמה ןה תויצטומ תיעבטה הרירבה " – ץניל ,' 2007 • תירבעב - תינשת

Slide 14

Slide 14 text

תיטנג תונושל תורוקמ דוע • םיקתועה רפסמב תונוש • תינימ הייבר – היצגרגס – היצניבמוקר 14 http://www.nature.com/nature/journal/v468/n7327_supp/full/468S13a.html http://www.nature.com/ng/journal/v39/n10/full/ng2123.html זאלימעה ןג יקתוע רפסמ היסולכואב תוחיכש היסולכואב תוחיכש

Slide 15

Slide 15 text

ילרטינהו ערה בוטה 15

Slide 16

Slide 16 text

תויצטומ אלל טרפל סחיב תורישכ תוחיכש ילרטינהו ערה בוטה 16 תויצטומ לש תורישכה תוגלפתה ב סוריו VSV 17637733 pubmed/ gov/ nih. nlm. ncbi. www. :// http תוילילש תויצטומ תויבויח תוילרטינ

Slide 17

Slide 17 text

ילרטינהו ערה בוטה 17 ב תויצטומ לש תורישכה תוגלפתה הייפאה רמש 17637733 pubmed/ gov/ nih. nlm. ncbi. www. :// http תוילילש תויצטומ תוילרטינ תוחיכש תורישכ

Slide 18

Slide 18 text

העובק הביבסב היצולובא 18

Slide 19

Slide 19 text

תועובק תוביבס היצולובא • תיעבטה הרירבה לש הלועפה ןוויכב יוניש ןיא • ןיב לקשמ יוויש תיעבט הרירב ו היצטומ 19

Slide 20

Slide 20 text

טושפ יטמתמ לדומ • םיללא ינש לעב דחא ןגב דקמתנ ) תואסרג ( • יעבטה ללאה A ללאהמ רתוי ההובג תורישכ לעב טנטומה B - > () • ללאה תוחיכשב יונישה תא ראתמ לדומה A - () - רודל רודמ : 5678 = 59: ( ) 20

Slide 21

Slide 21 text

לקשמ יוויש תאיצמ וב בצמ אוה לקשמ יוויש רודל רודמ יוניש ןיא : G8HIJ6 = 5678 = 59: םילבקמ ונחנא ןכלו : G8HIJ6 = G8HIJ6 ( ) תוחיכשב הקולחו תעצוממה תורישכב הלפכה ידי לעו A : = ( ) 21

Slide 22

Slide 22 text

לקשמ יווישב תעצוממ תורישכ התייה יסאלקהו טושפה לדומה תאצות = ( ) םילימב וא : " תורבתסהל הווש היסולכואב תעצוממה תורישכה תושחרתמ ןניא תויצטומש " הכומנ תורישכל ליבומ הובג היצטומ בצק רמולכ ... 22

Slide 23

Slide 23 text

תיעבטה הרירבל היצטומ ןיב לקשמ יוויש תואצות לש תויצלומיס 23

Slide 24

Slide 24 text

תועובק תוביבסב היצטומה בצק • " הווש היסולכואב תעצוממה תורישכה תושחרתמ ןניא תויצטומש תורבתסהל " • היצטומה בצק תא דירות תיעבטה הרירבה • ולש ןותחתה ףרה לע בצייתי היצטומה בצק תיגולויזיפ הניחבמ / תילקיזיפ ) הרומיק , 1967 ( 24

Slide 25

Slide 25 text

הנתשמ הביבסב היצולובא • שי תונתשמ תוביבסב רובעל לוכיש ימל ןורתי המאתה ) היצטפדא ( הריהמ • ךרוצה ןיב ןזאל שי ןיבו הריהמ המאתהב ע םרגנש קזנה " י תוילילש תויצטומ 25

Slide 26

Slide 26 text

םיקדייחל םירגתא 26 ע ףקתומ סקרטנאה קדייח " י ןוסיחה תכרעמ סוארואא סוקוקוליפטס םע תחלצ לע הקיטויביטנא םיסוריו קדייח םיפקות

Slide 27

Slide 27 text

םינומיל ךל םינתונ םייחהשכ • רתוי הריהמ המאתה רשפאמ הובג היצטומ בצק םייתביבס םירגתאל • תא שי הנוכנה היצטומה תא גישמש ןושארל היסולכואה לע טלתשהל רתויב בוטה יוכיסה 27

Slide 28

Slide 28 text

היצטומה בצקב תונוש םינימ ןיב דודמל ןתינש רודל עצוממה תויצטומה רפסמב םיראותמ םיבצקה 28 םיבובז : 0.455 Keightley et al. 2009 םיקדייח : 0.0004 Wielgoss 2011 םדא ינב : 41 Lynch PNAS 2010

Slide 29

Slide 29 text

היצטומה בצקב תונוש תויסולכוא ןיב 29 ש היצטומה בצק - 69 ילוק יא יקדייח לש תויעבט תויסולכוא Matic et al. 1997

Slide 30

Slide 30 text

טרפה ךותב 30 היצטומה בצקב תונוש זרמילופ אנד לש תואיגשה בצק – Lynch 2011 םיקדייח םירמש םדא ינב 30

Slide 31

Slide 31 text

הקע תירשומ היצטומ ילוק יאב : הטונש זרמילופ אנד ע לעפומ תואיגשל " י הקע תובוגת : – תבוגת SOS – בער – ל קזנ - DNA 31 Rosenberg et al. 2012 31

Slide 32

Slide 32 text

תויודע הקורי הצא קדייח סוליצב תינסיסת רקחמה הדוטמנ תפחשה קדייח ילוק יא קדייח קדייח הירטסילה 32 דשה ןטרס את

Slide 33

Slide 33 text

הקע תירשומ היצטומ לש היצולוב • ספאה תרעשה : הקע לש יאוול רצות איה היצטומ • אל תיביטנרטלא הרעשה - תויביטפדא : ההובג תונמאנב אנד לופכש ריחמ 33 • תיביטיפדאה הרעשהה : יכ תחתפתמ הקע תירשומ היצטומ תויסולכואו םיטרפל רשפאמ איה תושדח תוביבסל תוריהמב םיאתהל ילוק יא

Slide 34

Slide 34 text

הקע הרשומ בצק ךומנ בצק הובג בצק תיביטפדאה הרעשהה 34

Slide 35

Slide 35 text

תירשומ היצטומ לע רקחמה תריקס - הקע • היצולובאה לש הקע תירשומ היצטומ – תיביטפדאה הרעשהה לש הקידב • היצולבא םע הקע תירשומ היצטומ – תובכרומ תונוכת – הקיטויביטנאל תוניסח – ןטרס 35 םיפואה רמש

Slide 36

Slide 36 text

תועובק תוביבס – יטמתמ לדומ תורישכה לש תואוושמה תכרעמ לש יללכה ןורתפה תיעבט הרירבו היצטומ ןיב לקשמ יווישב : + 7 = + − 7 " םע םיטרפ לש היצטומה בצק תרבגה תא הלידגמ עצוממל תחתמ תורישכ היסולכואב תעצוממה תורישכה " 36

Slide 37

Slide 37 text

היצטומה בצק תרבגה תועובק תוביבס – עובק היצטומ בצק 37 תעצוממה תורישכב יוניש

Slide 38

Slide 38 text

היצטומה בצק תרבגה תועובק תוביבס – הקע הרשומ היצטומ בצק 38 תעצוממה תורישכב יוניש תויצטומ םע תויבויח תויבויח תויצטומ אלל

Slide 39

Slide 39 text

Cambia todo cambia 39 הסוס סדסרמ , 1935-2009 , תרמז תיאניטנגרא המודאה הכלמה , ךותמ " הארמל דעבמ םש האצמ סילא המו / " לורק סיאול , 1871

Slide 40

Slide 40 text

תונתשמ תוביבס - בשחמ תויצלומיס 40 הריחב תיארקא לש טרפ טרפה רחבנה תמ הריחב תיולת תורישכ לש טרפ טרפה רחבנה הברתמ אצאצה רבוע היצטומ

Slide 41

Slide 41 text

עובק בצק חצנמ הקע הרשומ היצט 0.05 41 תוחיכש תרשומ היצטומ הקע תונוחצנ םידספה תורוד

Slide 42

Slide 42 text

םוכיס : םיינויצולובאה םימרוגה • בצק היצטומ הקע הרשומ ףדעומ בצק ינפ לע ע עובק " י תיעבטה הרירבה • תונתשמ תוביבסב םגו תועובק תוביבסב םג • ה לע העפשהה ללגב המאתה רובעל תלוכי הביבסל – evolvability • תיביטפדאה הרעשהב הכימת 42 ירוליפ רטקבוקילה

Slide 43

Slide 43 text

ךיא היצטומ בצק עיפשמ היצולובאה לע הנתשמ ? 43 מממ ... םיטוירקואא תוירטפ זנוימ תירשומ היצטומ םע היצולובא הקע

Slide 44

Slide 44 text

היצולובאב החותפ היעב ע הגצוה היעבה " ב טייר לוויס י - 1931 : רפסמ תושורד השדח המאתהל םא תויצטומ , איה דרפנב היצטומ לכ ךא תילילש , המאתהה חתפתת דציכ ? 44 Wright, 1988

Slide 45

Slide 45 text

תובכרומ תונוכת לש היצולובא ןוירטירק • המאתה רובעל תוכירצ רתוי וא תונוכת יתש • תורישכב הדיריל םרוג דבלב תחא הנוכתב יוניש תומצעו םייפנכ • תינזבזב איה תודבכ תומצע םע הפועת • תנכוסמ איה תולק תומצע םע סופיטו הכילה ןמחפ רוקמ ) רכוס ( שדח • םישדח םינובלח ינש םיצוחנ , ינשה אלל ינזבזב דחא לכ : – אתה ךותל רכוסה תסנכהל הבאשמ – רכוסה לוכיעל םיזנא תרושקתו הפש • הפירטל טרפה תא ףשוח רודיש • תשעורו תינזבזב איה הטילק 45 warksbats.co.uk Xiao et al. 2011

Slide 46

Slide 46 text

טושפ תורישכ ףונ 46

Slide 47

Slide 47 text

טושפ תורישכ ףונ 47 שיגר שיגר תוחפ שיגר אל

Slide 48

Slide 48 text

בכרומ תורישכ ףונ 48

Slide 49

Slide 49 text

בכרומ תורישכ ףונ 49 םייפנכ ןיא תודבכ תומצע םייפנכ ןיא תולק תומצע םייפנכ שי תולק תומצע

Slide 50

Slide 50 text

רתוי ההובג תורישכ תגספל רבעמ 50 הגספ הכומנ קמע ההובג הגספ

Slide 51

Slide 51 text

בכרומ תורישכ ףונב הקע תירשומ היצטומ 51 ךומנ היצטומ בצק הובג היצטומ בצק בצק תרבגה היצטומה םיטרפב םיאצמנש ל תחתמ יתש תורישכה תוגספ

Slide 52

Slide 52 text

בכרומ תורישכ ףונב הקע תירשומ ה 52 אלמ בוריק יקלח בוריק תויצלומיס תואצות היצטומה בצק תרבגה ההובגה הגספל רבעמל ןמז ךומנ עובק היצטומ בצק

Slide 53

Slide 53 text

םוכיס : תובכרומ תונוכת לש היצולובא • הקע הרשומ היצטומ בצק ץיאמ היצולובאה תא תובכרומ תונוכת לש • מ היצולובאב החותפ היעבל הנעמ ןתונ - 1931 53

Slide 54

Slide 54 text

הקיטויביטנאל תוניסח 54

Slide 55

Slide 55 text

ןיליצינפל תוניסח םיקינעמש םימיזנא לש בר רפסמ תוניסח ןיליצינפל 55 הנש והוזש םינושה םימיזנאה רפסמ 2009 - 900 1989 - 100 Davies and Davies 2010

Slide 56

Slide 56 text

" ישמה ךרד " גוסמ תוניסח לש CTX-M 56 a - ןונבל b – לארשי c - תיווכ Davies and Davies 2010

Slide 57

Slide 57 text

הקיטויביטנאל תוניסח לש ילכלכה ריחמה 57 מ תוניסחה זוחא תדרוה - 13.5% ל - 10% ב - 1,391 םילוח : לש ןוכסח 2.7 רלוד ןוילימ וא 1,948 $ הלוחל 13.5% 10% Roberts et al,. 2009 תיאופר תולע תיתרבח תולע

Slide 58

Slide 58 text

הקיטויביטנאל תוניסח לש היצולובא 58 םילוח תיב הליהק םע םילוח שיגר קדייח םע םילוח ןיסח קדייח 1 # םע םילוח ןיסח קדייח 2 # אלל םילוח קדייח לדומה : • םילוח תיב • קדייח • תונוש תופורת יתש תוינידמ ןתמ תיבב הקיטויביטנא םילוח : • תוירוזחמ – תפלחה לכ הפורתה םוי / עובש / שדוח • בוברע – הפורתה תפלחה עיגמש הלוח לכל • בוליש – תופורת יתש ןתמ ליבקמב Bergstrom et al., 2004

Slide 59

Slide 59 text

הקימנידה תא הנשמ הקע הרשומ היצטומ בצק 59 הלופכ תוניסח תעפוה היצטומה בצק תרבגה תוירוזחמ בוברע בוליש Ubolski and Hadany, 2012

Slide 60

Slide 60 text

םוכיס : הקיטויביטנאל תוניסח לש היצולובא • תוינידמה תא הנשמ הקע הרשומ היצטומ בצק ל הפידעה הלופכ תוניסח לש העפוהה םוצמצ הקיטויביטנאל 60

Slide 61

Slide 61 text

ןטרס לש היצולובא 61 הלגיש קדייח תואיר ןטרס תינומרעה תוטלב ןטרס הזוניגרא סנומודספ

Slide 62

Slide 62 text

הקע תירשומ היצטומו ןטרס • תתב םיינטרס םיאת - בצק תא םיריבגמ ןצמח היצטומה • יתועמשמ םרוג תויהל הלולע היצטומ : – היפרתומיכל תוניסח תוחתפתהב – ןטרסה לש תומדקתהב ) היסרגורפ ( – ןטרסה תוטשפתהב ) סיזטסאטמ ( • ידיתע רקחמ ןוויכ 62

Slide 63

Slide 63 text

םוכיס • בצק היצטומ הרשומ הקע ףדעומ בצק ינפ לע ע עובק " י ה תיעבטה הרירב • תוביבסב םג תועובק תוביבסב םגו תונתשמ • ה בצקה תא ץיאמ היצולובא תובכרומ תונוכת לש • הקיטויביטנא ןתמל תפדעומה תוינידמה תא הנשמ יבב " ח • ןטרסה תלחמב םרוג תויהל יושע 63 yoavram@post.tau.ac.il @yoavram http://www.yoavram.com