[mishima.syk #10] 創薬ちゃんの化合物詠唱機能について

by kubor

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創薬ちゃんの化合物詠唱機能について mishima.syk #10 ソーシャル創薬美少女 @kubor_ 1

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はじめまして某ソーシャルゲーム運営したり球団経営したりしてるIT 企業のバイオインフォマティシャン NGS データの解析がメイン前回の mishima.syk #9 でIT 創薬デビュー美少女は心の持ちよう 2

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RDKit ユーザー会作ったりしてます https://rdkit-users-jp.github.io/ 3

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今日話したいこと創薬ちゃんのこと創薬ちゃんの化合物詠唱機能のこと Twitter bot 4

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創薬ちゃんって？すごく可愛いケミカルスペースを旅してるかわいい創薬研究者とにかくかわいい Twitter: @souyakuchan 5

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創薬ちゃんTwitter モーメント時事ネタを含めた創薬化学全般の話題を提供 BRAF を例にキナーゼの活性化機構についてエンドセリン type B 受容体の活性化機構ボツリヌス毒素抗マラリア薬 6

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なんでも知ってる創薬ちゃん難しいけどわからないわけじゃない重水素化医薬品 - 創薬ちゃんTwitter モーメントより 7

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どうやら活動資金は科研費で戦ってるらしい 8

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うーん。創薬ちゃんかわいい！！創薬ちゃんをもっと知ってもらいたい 9

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そうだ！！最近流行りのbot 機能で遊んでもらえたらいいのではとりあえず作って早速交渉してみた 10

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化合物詠唱術に興味はないかなあ？面白そうだ。詳しく聞かせていただこう。（かわいい・・・）フォロワーからのリプライを構造式で打ち返すのです。なるほど。具体的にはどうするんだ。あ、じゃあですねここにアクセスして、出て来るPIN コードを入力してください。そうすると僕が、創薬ちゃんのかわりにツイート出来るので、つまり僕が創薬ちゃんの中に入ると言うか、その、1 つになれるというか。うへ、うへへへへ。 11

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SMILES キーを含むTweet を受け取って構造式を描くbot 機能を実装した 12

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すごい！！創薬ちゃんが構造式を描いてくれている！！！ 13

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華麗にbot 機能を身に付けた創薬ちゃん 14

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構造式を描くのはたのしい SMILES を投げると構造式を描いてくれるだけ単純だけどTwitter に無い機能全ユーザーが待ち望んだbot が誕生創薬ちゃんかわいい 15

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確かにこういうのもSMILES で書けるけども・・・ 16

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大喜利が始まる 17

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ChemDraw かなにかでお絵描きしてから SMILES 貼り付けたな？ 18

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実在する化合物かどうなのかがわからない 19

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なるほど？ 20

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テトリス 21

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まだまだあるよ！創薬ちゃん構造式集創薬ちゃんのメディアページも楽しい 22

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IUPAC 名で詠唱したい方が現れる SMILES 詠唱機能を身に付けた同日（2017/4/23） 23

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IUPAC 名で詠唱できる機能を作った 24

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ベンゼンだ！ 25

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#souyakuchan_magic 最近はハッシュタグを付けるようにしています 26

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bot 機能はどうだったかフォロワーが増えた 27

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bot 機能はどうだったかユーザーの反応がリアルタイムに返ってきて開発側としてもすごく楽しい！有機の課題も助かったみたいで嬉しい 28

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どうやって作ったのか Python3 + Docker + RDKit ddquest/chem_bot 29

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仕組み Twitter Userstreaming を監視（Tweepy）メンションを受けるとRDKit で構造式を描画 IUPAC 名はSMILES に変換（OPSIN） JPEG バイナリ付きのツイートをTwitter API を叩いて送信 #souyakuchan_magic！ 30

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Docker で動いているよ FROM kubor/alpine-rdkit:latest MAINTAINER kubor COPY . /chem_bot WORKDIR /chem_bot ENV LC_ALL=C RUN python setup.py install && \ (cd java/ && sh get_opsin.sh) RUN apk update && \ apk --no-cache add openjdk8 CMD ["python", "-u", "bin/run_twitter_client.py"] 31

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RDKit が動く軽量なDocker Image も作った kubor/alpine-rdkit Alpine Linux ベースで軽量（圧縮済みで465 MB） miniconda rdkit の動作に必要なライブラリも内包 TRY! docker -it run kubor/alpine-rdkit bash 32

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注意 @kubor_ は創薬ちゃんの中の人ではないし、創薬ちゃんに中の人などいません 33

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おしまい創薬ちゃん先生の今後の活躍にご期待下さい 34