[mishima.syk #10] 創薬ちゃんの化合物詠唱機能について

Transcript

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   創薬ちゃんの化合物詠唱機能 について mishima.syk #10 ソー シャル創薬美少女 @kubor_ 1

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   はじめまして 某ソー シャルゲー ム運営したり球団経営したりし てるIT 企業のバイオインフォマティシャン NGS デー タの解析がメイン 前回の

   mishima.syk #9 でIT 創薬デビュー 美少女は心の持ちよう 2
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   RDKit ユー ザー 会作ったりしてます https://rdkit-users-jp.github.io/ 3

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   今日話したいこと 創薬ちゃんのこと 創薬ちゃんの化合物詠唱機能のこと Twitter bot 4

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   創薬ちゃんって？ すごく可愛い ケミカルスペー スを旅してる かわいい 創薬研究者 とにかくかわいい Twitter: @souyakuchan 5

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   創薬ちゃんTwitter モー メント 時事ネタを含めた創薬化学全般の話題を提供 BRAF を例にキナー ゼの活性化機構について エンドセリン type B

   受容体の活性化機構 ボツリヌス毒素 抗マラリア薬 6
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   なんでも知ってる創薬ちゃん 難しいけどわからないわけじゃない 重水素化医薬品 - 創薬ちゃんTwitter モー メントより 7

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   どうやら活動資金は科研費で戦ってるらしい 8

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   うー ん。 創薬ちゃんかわいい！！ 創薬ちゃんをもっと知っても らいたい 9

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    そうだ！！ 最近流行りのbot 機能で遊ん でもらえたらいいのでは とりあえず作って早速交渉し てみた 10

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    化合物詠唱術に興味はないかなあ？ 面白そうだ。 詳しく聞かせていただこう。 （ かわいい・・・） フォロワー からのリプライ を構造式で打ち返すのです。 なるほど。 具体的にはどうするんだ。

    あ、 じゃあですねここにアクセスして、 出て来 るPIN コー ドを入力してください。 そうすると僕が、 創薬ちゃんのかわりにツイー ト出来るので、 つまり僕 が創薬ちゃんの中に入ると言うか、 その、1 つになれ るというか。 うへ、 うへへへへ。 11
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    SMILES キー を含むTweet を受 け取って構造式を描くbot 機 能を実装した 12

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    すごい！！ 創薬ちゃんが構造式を描いてくれている！！！ 13

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    華麗にbot 機 能を身に付 けた創薬ち ゃん 14

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    構造式を描くのはたのしい SMILES を投げると構造式を描いてくれるだけ 単純だけどTwitter に無い機能 全ユー ザー が待ち望んだbot が誕生 創薬ちゃんかわいい

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    確かにこういう のもSMILES で 書けるけど も・・・ 16

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    大喜利が始まる 17

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    ChemDraw かなにかで お絵描きし てから SMILES 貼り 付けたな？ 18

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    実在する 化合物か どうなの かがわか らない 19

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    なるほど？ 20

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    テトリス 21

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    まだまだあるよ！ 創薬ちゃん構造式集 創薬ちゃんのメディアペー ジも楽しい 22

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    IUPAC 名で詠唱したい方が現れる SMILES 詠唱機能を身に付けた同日（2017/4/23） 23

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    IUPAC 名 で詠唱で きる機能 を作った 24

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    ベンゼンだ！ 25

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    #souyakuchan_magic 最近はハッシュタグを付けるようにしています 26

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    bot 機能はどうだったか フォロワー が増えた 27

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    bot 機能はどうだったか ユー ザー の反応がリアルタイムに返ってきて開発 側としてもすごく楽しい！ 有機の課題も助かったみたいで嬉しい 28

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    どうやって作ったのか Python3 + Docker + RDKit ddquest/chem_bot 29

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    仕組み Twitter Userstreaming を監視（Tweepy） メンションを受けるとRDKit で構造式を描画 IUPAC 名はSMILES に変換（OPSIN） JPEG

    バイナリ付きのツイー トをTwitter API を 叩いて送信 #souyakuchan_magic！ 30
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    Docker で動いているよ FROM kubor/alpine-rdkit:latest MAINTAINER kubor COPY . /chem_bot WORKDIR

    /chem_bot ENV LC_ALL=C RUN python setup.py install && \ (cd java/ && sh get_opsin.sh) RUN apk update && \ apk --no-cache add openjdk8 CMD ["python", "-u", "bin/run_twitter_client.py"] 31
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    RDKit が動く軽量なDocker Image も作った kubor/alpine-rdkit Alpine Linux ベー スで軽量（ 圧縮済みで465

    MB） miniconda rdkit の動作に必要なライブラリも内包 TRY! docker -it run kubor/alpine-rdkit bash 32
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    注意 @kubor_ は創薬ちゃんの中の人ではないし、 創薬ち ゃんに中の人などいません 33

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    おしまい 創薬ちゃん先生の今後の活躍にご期待下さい 34