[mishima.syk #10] 創薬ちゃんの化合物詠唱機能について

mishima.syk #10 の発表資料です。
https://connpass.com/event/57469/

Transcript

1. 創薬ちゃんの化合物詠唱機能 について mishima.syk #10 ソー シャル創薬美少女 @kubor_ 1
2. はじめまして 某ソー シャルゲー ム運営したり球団経営したりし てるIT 企業のバイオインフォマティシャン NGS デー タの解析がメイン 前回の mishima.syk #9 でIT 創薬デビュー 美少女は心の持ちよう 2
3. RDKit ユー ザー 会作ったりしてます https://rdkit-users-jp.github.io/ 3
4. 今日話したいこと 創薬ちゃんのこと 創薬ちゃんの化合物詠唱機能のこと Twitter bot 4
5. 創薬ちゃんって？ すごく可愛い ケミカルスペー スを旅してる かわいい 創薬研究者 とにかくかわいい Twitter: @souyakuchan 5
6. 創薬ちゃんTwitter モー メント 時事ネタを含めた創薬化学全般の話題を提供 BRAF を例にキナー ゼの活性化機構について エンドセリン type B 受容体の活性化機構 ボツリヌス毒素 抗マラリア薬 6
7. なんでも知ってる創薬ちゃん 難しいけどわからないわけじゃない 重水素化医薬品 - 創薬ちゃんTwitter モー メントより 7
8. どうやら活動資金は科研費で戦ってるらしい 8
9. うー ん。 創薬ちゃんかわいい！！ 創薬ちゃんをもっと知っても らいたい 9
10. そうだ！！ 最近流行りのbot 機能で遊ん でもらえたらいいのでは とりあえず作って早速交渉し てみた 10
11. 化合物詠唱術に興味はないかなあ？ 面白そうだ。 詳しく聞かせていただこう。 （ かわいい・・・） フォロワー からのリプライ を構造式で打ち返すのです。 なるほど。 具体的にはどうするんだ。 あ、 じゃあですねここにアクセスして、 出て来 るPIN コー ドを入力してください。 そうすると僕が、 創薬ちゃんのかわりにツイー ト出来るので、 つまり僕 が創薬ちゃんの中に入ると言うか、 その、1 つになれ るというか。 うへ、 うへへへへ。 11
12. SMILES キー を含むTweet を受 け取って構造式を描くbot 機 能を実装した 12
13. すごい！！ 創薬ちゃんが構造式を描いてくれている！！！ 13
14. 華麗にbot 機 能を身に付 けた創薬ち ゃん 14
15. 構造式を描くのはたのしい SMILES を投げると構造式を描いてくれるだけ 単純だけどTwitter に無い機能 全ユー ザー が待ち望んだbot が誕生 創薬ちゃんかわいい 15
16. 確かにこういう のもSMILES で 書けるけど も・・・ 16
17. 大喜利が始まる 17
18. ChemDraw かなにかで お絵描きし てから SMILES 貼り 付けたな？ 18
19. 実在する 化合物か どうなの かがわか らない 19
20. なるほど？ 20
21. テトリス 21
22. まだまだあるよ！ 創薬ちゃん構造式集 創薬ちゃんのメディアペー ジも楽しい 22
23. IUPAC 名で詠唱したい方が現れる SMILES 詠唱機能を身に付けた同日（2017/4/23） 23
24. IUPAC 名 で詠唱で きる機能 を作った 24
25. ベンゼンだ！ 25
26. #souyakuchan_magic 最近はハッシュタグを付けるようにしています 26
27. bot 機能はどうだったか フォロワー が増えた 27
28. bot 機能はどうだったか ユー ザー の反応がリアルタイムに返ってきて開発 側としてもすごく楽しい！ 有機の課題も助かったみたいで嬉しい 28
29. どうやって作ったのか Python3 + Docker + RDKit ddquest/chem_bot 29
30. 仕組み Twitter Userstreaming を監視（Tweepy） メンションを受けるとRDKit で構造式を描画 IUPAC 名はSMILES に変換（OPSIN） JPEG バイナリ付きのツイー トをTwitter API を 叩いて送信 #souyakuchan_magic！ 30
31. Docker で動いているよ FROM kubor/alpine-rdkit:latest MAINTAINER kubor COPY . /chem_bot WORKDIR /chem_bot ENV LC_ALL=C RUN python setup.py install && \ (cd java/ && sh get_opsin.sh) RUN apk update && \ apk --no-cache add openjdk8 CMD ["python", "-u", "bin/run_twitter_client.py"] 31
32. RDKit が動く軽量なDocker Image も作った kubor/alpine-rdkit Alpine Linux ベー スで軽量（ 圧縮済みで465 MB） miniconda rdkit の動作に必要なライブラリも内包 TRY! docker -it run kubor/alpine-rdkit bash 32
33. 注意 @kubor_ は創薬ちゃんの中の人ではないし、 創薬ち ゃんに中の人などいません 33
34. おしまい 創薬ちゃん先生の今後の活躍にご期待下さい 34