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Circosプロット
# サークルの中に染色体を設定
p <- ggplot() + layout_circle(ideoCyto$hg19,
geom = "ideo", fill = "white",
colour = "white", cytoband = TRUE,
radius = 39, trackWidth = 2)
# CpGアイランドのスコアをドットに設定
p <- p + layout_circle(cpgi.gr, geom = "point",
grid=TRUE, size = 0.01,
aes(y = obsExp),color="red",
radius = 42, trackWidth = 10)
# 染色体名を設定
p <- p + layout_circle(as(seqinfo(ideoCyto$hg19),"GRanges"),
geom = "text", aes(label = seqnames),
vjust = 0, radius = 55, trackWidth = 7,
size=3)
# プロットを表示
p