Carlo Usala Roy De Brouwer | BI Consultant | AXI Wessel de Vries Tomas Stevens | Breeding Value Estimation | Topigs Norsvin Data Science & Rstudio bij Topigs Norsvin ‘s Werelds meest innovatieve varkensfokkerij

Disclaimer De gegevens (hierna: Informatie) die Topigs Norsvin ter beschikking stelt of aan u verstrekt, zijn alleen ter informatie. Topigs Norsvin heeft de Informatie met zorg opgesteld. Zij geeft geen garantie ten aanzien van de juistheid of de volledigheid van de Informatie of ten aanzien van het resultaat van het gebruik van de Informatie. Noch garandeert zij dat de Informatie passend is voor uw persoonlijke activiteiten of dat zij geen inbreuk maakt op intellectuele eigendomsrechten van anderen. De Informatie is niet bedoeld als een persoonlijk advies van Topigs Norsvin aan u. De Informatie is gebaseerd op algemene omstandigheden en niet gebaseerd op uw persoonlijke omstandigheden. Het is uw eigen verantwoordelijkheid om na te gaan of de Informatie passend is voor uw activiteiten. U bent zelf verantwoordelijk voor het gebruik van de Informatie. Het uiteindelijke resultaat van het gebruik van de Informatie is afhankelijk van uw persoonlijke omstandigheden. Voor zover het toepasselijk recht dat toestaat, sluit Topigs Norsvin iedere aansprakelijkheid uit voor schade in welke vorm dan ook die u lijdt doordat u de Informatie gebruikt of een Advies opvolgt of doordat u vertrouwt op de juistheid en de volledigheid van de Informatie of het Advies.

Topigs Norsvin Door boeren voor boeren Wereldleider in hightech en data gedreven varkensgenetica met een sterke positie in innovatieve genetica 3 27 miljoen € R&D budget 14 miljoen doses/jaar 56 landen 2.3 miljoen gelten/jaar 150 miljoen slachtvarkens

Genetische Vooruitgang Wat is ons Product? 4

Genetische Vooruitgang Total Feed Efficiency In de afgelopen 10 jaar is het genetisch potentieel voor totale voer efficiëntie toegenomen wat resulteert in minder kg voer voor zelfde kg vlees. Per slachtvarken per jaar! ▪ Drukt de belasting op het milieu ▪ Minder nodig voor zelfde hoeveelheid vlees 5 1 kg 1 kg

6 P = G + E Phenotype Wat tot uiting komt – wat je “ziet” of kan meten Genetica Environment De rest – omgeving Genetica onderschieden van de Omgeving

Hoe dan? 7 DATA METEN EN METEN

Phenotypes 8

Pig Atlas “Uitsnijdingen” op levende dieren voor carcass kwaliteit en robuustheid 9

10

Genetica ▪ Varken: 2,7 biljoen base pairs ▪ Mens: 3,0 biljoen base pairs ▪ 23.000+ merkers / dier ▪ 685.000 dieren ▪ Imputeren naar 660.000 merkers / dier ▪ 660.000 * 685.000 = 452.100.000.000 merkers ▪ 452.100.000.000 * X (bytes/bit) = BIG DATA ▪ DNA informatie = BIG Data en BIG Breakthroughs 11 A A C A T C G A G G T T G T A G C T C C A A C G T C G A G G T T G C A G C T C C Dier 1 Dier 2 Merker (SNP) Base Pair

Big Data? Sensor data 12

Feedback loops vergemakkelijken Innovatieve Data Science Solution voor R&D Samenbrengen van alle databronnen Implementatie van R&D-resultaten versnellen Moderne manier van werken aannemen RStudio Project Doel Centrale Data Platform om time- to-market te reduceren 13

Visie Huidige en toekomstige 14 Oracle PigBase Azure OneDrive/ Sharepoint bitbucket Google Cloud Studenten, Onderzoekers, Data Analisten Business, Foktechnische medewerker, Boeren HPC-WUR V7 Darwin PLINK Feedback loops - Data monitoring - Documentatie - Rapporten - Adviezen

15

Toekomst Veel gebouwd en veel te bouwen 16

About RStudio

Open-source The premier IDE for R RStudio Desktop RStudio anywhere using a browser RStudio Server Put Shiny applications online Shiny Server Shiny, R Markdown, Tidyverse and more R Packages

16GB 8GB 4GB 12GB

Professional Products

Supports both R and Python Collaboration and project sharing Scale with Kubernetes and SLURM Load balancing Authentication, access & security Run multiple concurrent R and Python sessions Auditing and monitoring Advanced session management Rstudio Workbench (Previously Rstudio Server Pro)

Rstudio Connect Publishing platform for the work your teams create in R and Python. RStudio Connect allows you to share the following, and more, in one convenient place: • Shiny applications • R Markdown reports • Plumber APIs • Dashboards • Jupyter Notebooks • Interactive Python content

✓Logging in ✓Content Page ✓Searching Content Consuming ✓Connecting ✓Deploying ✓Examples Contributing ✓Metadata ✓Access ✓Scheduling Configuring ✓Logs ✓Rollback Monitoring RStudio Connect

Package management built for R & Python RStudio Package Manager is a repository management server to organize and centralize packages across your team, department, or entire organization. Get offline access to CRAN, PyPI, and Bioconductor, share local packages, restrict package access, find packages across repositories, and more. Experience reliable and consistent package management, optimized for data science. RStudio Package Manager

Faster Installs with Binaries •Don't interrupt your work. Your packages will now install much, much faster. Time Travel •Avoid broken packages by navigating checkpoints and freezing repositories to specific dates, so code that used to work always will. PyPI Support •Stop manually supporting a PyPI mirror, get full documentation, automatic syncs, and historic snapshots. Bioconductor Support •The easiest way to reproduce life science research, even in regulated environments. RStudio Package Manager

No content

No content

To posit means to put forth an idea for discussion. Data scientists spend much of their day positing hypotheses that they then evaluate with data Broader focus, open source and commercial software for R, Python and beyond October 2022 RStudio is becoming Posit

www.axi.be | [email protected] | www.axi.nl | [email protected] Bedankt voor uw aandacht Tomas Stevens | [email protected] Roy De Brouwer | [email protected]