Slide 9
Slide 9 text
階層的クラスタリング
白血病または非白血病の
60患者の
骨髄サンプルの遺伝子発現データ
library(pheatmap)
# 変動の大きいトップ
1000遺伝子のみを使用
expFile=system.file("extdata","leukemiaExpressionSu
bset.rds",package="compGenomRData"
)
mat=readRDS(expFile)
# 白血病のタイプを指定
annotation_col = data.frame(
LeukemiaType = substr(colnames(mat),1,3))
rownames(annotation_col)=
colnames(mat)
pheatmap(mat,show_rownames=
FALSE,
show_colnames=
FALSE,annotation_col=
annotation_col,
scale = "none",clustering_method=
"ward.D2",
clustering_distance_cols=
"euclidean")