TFUG_PPL_compare_HELLOCYBER.pdf

This article was a slide used at TFUG bayes branch in Japan which was created by HELLOCYBERNETICS.

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1. TFUG: ベイズ分科会 2020/9/6 ブログ : HELLO CYBERNETICS Twitter : ML_deep やってます 近年の PPL の動向
2. 自己紹介 • 学生時代： Brain Computer Interface の分野 – 制御や最適化に興味があった（応用対象は問わず） – 流れの中で機械学習を学ぶことを決意（ブログ） • 今：ロボティクスの分野 – 制御や認識を扱っている興味の分野に戻ってきた – 逆に機械学習・確率モデリング楽しい
3. 自己紹介 • 基本的に当該分野は独学です • むしろ教わりたいことが沢山あります • このウェビナーに参加できたのは光栄です （恐らく発表側でなければリアルタイムで参加しなかった） 　須山さん、運営のみなさん。ありがとうございます。
4. 目次 • PPL の役割と意義 • PPL 速度比較 • モデリング、推論 API を簡単に比較 • Pyro で Gaussian Mixture Model の MCMC, ADVI
5. なぜ PPL を利用するのか ▪ データ分析の大まかな流れ – 仮説を構築 – データ収集 – データと現象のモデリング – 推論実行 – 説明、予測実施
6. なぜ PPL を利用するのか ▪ データ分析の大まかな流れ – 仮説を構築 – データ収集 – データと現象のモデリング – 推論実行 – 説明、予測実施 ここを助けてもらうため 近年データは複雑化・巨大化 計算機が重要に
7. モデリングと推論実行の概要 X Y W X Y W μ ∑ σ p( X ,Y ,W )=p(X) p(W ) p(Y|X ,W ) p(Y ,W|X)=p(W ) p(Y|X ,W ) p(W )=N (W|μ ,Σ) p(Y ,W|X)= p( X ,Y ,W ) p(X) =p(W ) p(Y|X ,W ) p(Y|X ,W )=N (Y|f (W , X),σ) X Y W μ ∑ σ N p(W|( X ,Y )N )= p(W ,(X ,Y )N ) p(( X ,Y)N ) １．予測したい変数を取り巻く確率変数の関係性を整理 ２．各変数、パラメータに確率分布を設定（具体的な同時分布が形成） ３．観測データによるパラメータの事後分布を計算（紙とペン or MCMC or 変分推論） = ∏ i=1 N p(W , X i ,Y i ) ∫ W ∏ i=1 N p(W , X i ,Y i )dW = p(W )∏ i=1 N p(Y i |X i ,W ) ∫ W p(W )∏ i=1 N p(Y i |X i ,W )dW
8. モデリングと推論実行の概要 X Y W X Y W μ ∑ σ p( X ,Y ,W )=p(X) p(W ) p(Y|X ,W ) p(Y ,W|X)=p(W ) p(Y|X ,W ) p(W )=N (W|μ ,Σ) p(Y ,W|X)= p( X ,Y ,W ) p(X) =p(W ) p(Y|X ,W ) p(Y|X ,W )=N (Y|f (W , X),σ) X Y W μ ∑ σ N p(W|( X ,Y )N )= p(W ,(X ,Y )N ) p(( X ,Y)N ) １．予測したい変数を取り巻く確率変数の関係性を整理 ２．各変数、パラメータに確率分布を設定（具体的な同時分布が形成） ３．観測データによるパラメータの事後分布を計算（紙とペン or MCMC or 変分推論） = ∏ i=1 N p(W , X i ,Y i ) ∫ W ∏ i=1 N p(W , X i ,Y i )dW = p(W )∏ i=1 N p(Y i |X i ,W ) ∫ W p(W )∏ i=1 N p(Y i |X i ,W )dW この領域を PPL が対応
9. 様々な PPL • Wikipedia 　 https://en.wikipedia.org/wiki/Probabilistic_programming　参照 , 一部抜粋 近年は深層学習ライブラリベースの GPU 対応 PPL が出てきている • TensorFlow Probability (TensorFlow) • Pyro (PyTorch) • NumPyro (Jax) • PyMC4 (TensorFlow Probability) • Stan (TensorFlow Probability 予定？ ) 等
10. 可視化ライブラリ ArviZ • 共通のデータ構造である InferenceData を提供 • Python, Julia から利用可能 • TFP, PyMC, Pyro, PyStan 対応 pip install arviz https://arviz-devs.github.io/arviz/
11. ざっくりとした雰囲気 ArviZ 粒度小 粒度大 • TF Probability • Pyro / NumPyro • Stan • PyMC
12. 実行時間ベンチマーク 1 (by Turing.jl team) Slowest Fastest Dirichlet Process Gaussian mixture model の推論速度を検証 4 Intel(R) Xeon(R) Platinum 8124M CPU @ 3.00GHz 引用： https://luiarthur.github.io/TuringBnpBenchmarks/
13. 実行時間ベンチマーク 2 (by Turing.jl team) Slowest Fastest Gaussian Process regression model の推論速度を検証（ c5.xlarge AWS instance. ） 引用： https://luiarthur.github.io/TuringBnpBenchmarks/
14. 実行時間ベンチマーク 3 (by Turing.jl team) Slowest Fastest Gaussian Process classifier model の推論速度を検証（ c5.xlarge AWS instance. ） 引用： https://luiarthur.github.io/TuringBnpBenchmarks/
15. 新しい PPL も十分に実用的速度 • 基本的に Stan は速い • Compile 時間を含めると New PPLs は速い モデル自体を何度も弄るなら PPLs は十分な選択肢
16. 各 PPL のコードを比較 性能は分かった。使いやすさはどうか。 単回帰を MCMC で推論するコードを比較 （本来 MCMC を持ち出すモデルではないが…） それぞれの書き方、 API の雰囲気を見る
17. モデリングと推論実行の概要 X Y W X Y W μ ∑ σ p( X ,Y ,W )=p(X) p(W ) p(Y|X ,W ) p(Y ,W|X)=p(W ) p(Y|X ,W ) p(W )=N (W|μ ,Σ) p(Y ,W|X)= p( X ,Y ,W ) p(X) =p(W ) p(Y|X ,W ) p(Y|X ,W )=N (Y|f (W , X),σ) X Y W μ ∑ σ N p(W|( X ,Y )N )= p(W ,(X ,Y )N ) p(( X ,Y)N ) １．予測したい変数を取り巻く確率変数の関係性を整理 ２．各変数、パラメータに確率分布を設定（具体的な同時分布が形成） ３．観測データによるパラメータの事後分布を計算（紙とペン or MCMC or 変分推論） = ∏ i=1 N p(W , X i ,Y i ) ∫ W ∏ i=1 N p(W , X i ,Y i )dW = p(W )∏ i=1 N p(Y i |X i ,W ) ∫ W p(W )∏ i=1 N p(Y i |X i ,W )dW
18. Stan で単回帰 1. モデル作成 　（ Stan ファイルフォーマットに従う） ２． MCMC サンプル取得 Stan (C++) を Python や R から叩く Stan にやらせたいことは Stan ファイルに書ききる
19. TFP で MCMC ：単回帰モデル分散既知 1. モデル作成（同時分布の定義） 2. 同時確率関数作成 3. 確率遷移核の作成 4. MCMC サンプラ関数呼び出し サンプラ周りのコードが少し重い 推論対象のパラメタもユーザが管理
20. TFP で MCMC ：単回帰モデル分散未知 1. モデル作成（同時分布の定義） 2. 同時確率関数作成 3. 確率遷移核の作成 4. MCMC サンプラ関数呼び出し サンプラ周りのコードがだいぶ重い 推論対象のパラメタもユーザが管理
21. PyMC4 で MCMC : 単回帰 ( 分散未知 ) PyMC4 モデルを推論関数に渡すだけ（パラメタ管理等を任せられる） 別途モデルを解釈できる関数で予測モデルなどを構築可能 １．モデルを書く 2 ． sample 関数に渡す
22. Pyro で MCMC : 単回帰（分散未知） Pyro / NumPyro モデルを推論クラスに渡す（パラメタ管理等を任せられる） 別途モデルを解釈できる関数・クラスで予測モデルなどを構築可能 １．モデルを書く 3 ． MCMC 関数に渡して run()! 2 ．確率遷移核インスタンス作成
23. 書きやすさに関する所感 • TensorFlow Probability は一段低いとこから書く 細かいことを書ける / 書かなければいけない • 個人的には Pyro のインターフェースが気に入っている • PyMC4 は完成すれば第一候補 （ PyMC4 で弄れない時に仕方なく TFP を使う感じ）
24. 現在の状況 ・ TFP 　基本的には研究用 + バックエンドの立ち回り ? 　 (Stan3, PyMC4, Edward2 等 TFP を基礎に置く PPL, TFP for Jax, for numpy 開発中 ) 　 tf.Variable を tf.Module で管理 , tf.keras.Model で管理が両方いる 　 tfp.layers, tfp.sts, tfp.glm, tfp.vi 等の高レベルモジュールあり ・ Pyro / NumPyro 　本体は必要最小限の機能を提供（ MiniPyro でコアが分かる） 　 　 contrib に特定用途用の高レベルモジュールが点在 　 Pyro は特に変分推論と NN の組み合わせが非常に柔軟 ・ PyMC4 　 Mixture や TimeSeries 等の整備はこれから、本格利用はまだ早い
25. Pyro で GMM を一通り • TFP の使い方、例は他の発表で見られる • PPL 比較のために Pyro の例を出していく
26. クラスタリングの例 ３つの異なる多変量正規分布から ランダムにデータを取得 色分け：各クラスタを表現 データのクラスタ割当は知らない設定
27. 同時分布の記述 p μ ∑ X Z K N 事前分布からの サンプリング
28. 事後分布の推論 ・推論はたった３行 ・推論するパラメタは自動判定 ・離散パラメタは自動で周辺化 ・ summary() メソッドで結果確認 p μ ∑ X Z K N
29. 事後分布の可視化 arviz フォーマット対応 可視化が楽！！ （ TFP も PyMC4 も PyStan も対応）
30. 推論済のパラメタで生成モデル p μ ∑ X Z K N 1. 事後分布（ mcmc サンプル）から 各パラメタの平均を計算 2. 元のモデルから条件付き確率モデル作成 3. 条件付き確率モデルからサンプル生成
31. パラメタとデータで潜在変数推論 p μ ∑ X Z K N 設計した同時分布から潜在変数以外の条件付き分布を求め MAP 推定
32. 変分推論モジュールも充実 ・変分分布の設定を自動で行ってくれる機能あり ・マニュアルで作成することも可能 ・ Flow 系各種も取り揃えられている ・パラメタの事前分布を把握し、自動で再パラメタ化
33. 最後に • Deep Learning がライブラリの整備で隆盛した • Julia Lang でも Turing.jl や Gen.jl 等が開発中 • 今後 PPL の整備で確率モデリングの人口増加、有用性認知 • TFP と PyMC4 は確率モデリングをブーストするはず • 今は個人的に Pyro が使いやすいが、今後の整備に注目
34. 参考 DynamicPPL: Stan-like Speed for Dynamic Probabilistic Model https://arxiv.org/abs/2002.02702 Turing.jl チームメンバによる PPL の比較 https://luiarthur.github.io/TuringBnpBenchmarks/dpsbgmm ArviZ https://arviz-devs.github.io/arviz/ TensorFlow Probability https://www.tensorflow.org/probability?hl=ja