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第6回ケモインフォマティクス若手の会-山崎発表

yamasakih
October 25, 2017

 第6回ケモインフォマティクス若手の会-山崎発表

yamasakih

October 25, 2017
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  1. WHO ARE YOU? 研究 機械学習 デー タベー スを用いた創薬研究 趣味 テニス

    ボー ドゲー ム スキあらばボー ドゲー ムとケモインフォをやろうと 言ってくるので注意 2
  2. 入門講座とかもしてます ケモメトリックス中級編 11/5 分子動力学入門講座 with Shinya Nakamura 11/11 量子化学入門講座 11/12

    ビデオで受講もできます 締め切りまでもう少し 10/27 ディスカッションしている場合じゃねぇ!! 4
  3. インデックスを貼る( レコー ド数=37 億個のとき) インデックス: なし SELECT COUNT(*) FROM substructure_records

    WHERE id = 1 実行時間: 1198.8 (s) インデックス: あり CREATE INDEX idx ON substructure_records USING gist(id) SELECT COUNT(*) FROM substructure_records WHERE id = 1 実行時間: 1.157 (ms) 1,000,000 倍速い! 10
  4. 15

  5. 準備してみる 1. Docker をインストー ルする 2. ター ミナルで以下のコマンドを打ち込む docker run

    --name my-db -p 5432:5432 \ -e POSTGRES_USER=dev -e POSTGRES_PASSWORD=secret \ -d informaticsmatters/rdkit_cartridge docker run --name my-db -p 5432:5432 \ -e POSTGRES_USER=dev -e POSTGRES_PASSWORD=secret \ -d informaticsmatters/rdkit_cartridge これだけで PostgreSQL + RDKit Database Cartridge が使える! 25
  6. docker run --name my-db -p 5432:5432 \ -e POSTGRES_USER=dev -e

    POSTGRES_PASSWORD=secret \ -d informaticsmatters/rdkit_cartridge informaticsmatters/rdkit_cartridge をpostgres:9.6 に 変更すればPostgreSQL だけ使える --name 実行するコンテナの名前の指定 -p 解放するポー トの設定 -e ENRIONMENT_VARIANT 環境変数の設定 -d バックエンドでの実行 参考にしたサイト http://kimulla.hatenablog.com/entry/2017/04/01/23 5355 29
  7. ぼくがかんがえたさいきょうのどっかぁー docker volume create --name pgdata docker run -it --name

    my-db \ -v pgdata:/var/lib/postgresql/data \ -e POSTGRES_USER=dev -e POSTGRES_PASSWORD=secret \ -d informaticsmatters/rdkit_cartridge docker run -it --rm --link my-db:db \ informaticsmatters/rdkit_cartridge \ psql -h db -U postgres -v HOST_PATH:CONTAINER_PATH ディレクトリのマウント これで仮想環境が破棄されてもデー タは消えない 30
  8. 使ってみる ベンゼン環を含む化合物を取り出す 従来のSQL SELECT * FROM Compound WHERE mol @>

    'c1ccccc1' django-rdkit Compound.objects.filter(mol__has_substructures='c1ccccc1') 36