Let's enjoy open science

https://github.com/Mishima-syk/20/blob/main/iwatobipen

Transcript

1. Let’s enjoy open science 2023/11/11 Mishima.syk #20
2. 自己紹介 • 某製薬企業でケモインフォマティクスやってます • 最近Blueskyのアカウント持ちました • たまにBlog書いてます https://bsky.app/profile/iwatobipen.bsky.social https://twitter.com/iwatobipen https://github.com/iwatobipen https://iwatobipen.wordpress.com/ 2
3. 祝　Mishimasyk10周年!!!! 1回目はRedmineのハンズオンでしたね〜 3
4. 突然のクイズ（Andrewさんのクイズ） １，RDKit の RDはなんの略でしょうか？ 4
5. 突然のクイズの答え（Andrewさんのクイズ） RDKit の RDはなんの略でしょうか？　Rational Discovery “Rational Discovery”, the company which started RDKit development. 5
6. RDKitはChemoinfoでは非常に重要なOSSです ▪RDKit ▪OpenBabel 6
7. RDKit UGM 2023 Hackathon 7
8. Knime node development with python https://github.com/iwatobipen/rdkitugm2023_hackathon/tree/main/python_knime_node 8 自分でノードが開発できるとそれを配布できる＝環境揃える呪縛から開放
9. なぜ外に情報発信をするのか？ • Give&Take（自分がたくさんお世話になってる） • GithubやMailing listなど相談できるコミュニティは重要 • 公開しているコードはOSSベースであり誰でも実装できる 9 • お互いに情報交換しつつレベルアップできればHappyですよね？
10. ということで今日も便利なOSSの紹介(From UGM2023) 10 • 引き続き情報発信、続けていきたい所存ですｗ
11. その名はScikit-Mol! 11 https://github.com/EBjerrum/scikit-mol
12. Why we should try to use scikit-mol? • Esben Jannik Bjerrum氏の開発したパッケージ • Scikit-learnとRDKitの融合によりケモインフォフレンドリーなAPIを提供 • Apache License Version 2.0 12
13. ということで早速 1. Transform conversions.SmilesToMolTransformer() descriptors.MolecularDescriptorTransformer() fingerprints.MorganFingerprintTransformer(radius, nBits) などを利用することで簡便に記述し、Fingerprintの計算が可能です。 13
14. Transformを利用したデータ処理のコード 14 • SMILES>>>RDKitMOL>>>Fingerprintが全部これでできちゃいますね！
15. Pipelineを使えばRDKit Mol objectから モデル構築まで一気通貫〜 15
16. DefaultでもLightGBM優秀 16
17. （FYI）Scikit-molの実装から sklearn.base.TransformerMixin, sklearn.base.BaseEsitmater を継承させることでScikit-learnに準拠した独 自のTranfomerを作成できる。 Regressor, Classifierも同様に作成可能 17 https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.base.TransformerMixin.html
18. まとめ • Scikit-mol 便利 • RDKit ＆ Scikit-learn(や同じAPIをサポートしているパッケージ)をいい感じにイン テグレートして利用可能 • Open Scienceでテンポよくケモインフォをしていきましょ〜 18
19. ご清聴ありがとうございました！ 19