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1. BioInformática
2. O Que é • Biologia Molecular ✔ DNAs, RNAs, proteínas, aminoácidos,etc. • Matemática ✔ Estatística,probabilidade,etc. • Química ✔ Estrutura ,composições, processos químicos, etc. • Computação ✔ Mineração de dados, algoritmos de alinhamento de grandes estruturas, Big Data, etc.
3. Surgimento • Com o surgimento dos sequenciadores automáticos gerou-se grande volume de dados • Ao longo dos sequenciamentos genéticos surgiu a necessidade de ferramentas computacionais mais eficientes • Projeto Genoma Humano(final dos anos 80- início do século XXI)
4. Problemáticas • Montagem de DNA ✔ Um genoma de bactéria tem por volta de 3 a 4 milhões de bases. ✔ As máquinas sequenciadoras, porém, conseguem ler apenas pedaços de cerca de 1000 bases. ✔ A solução seria fragmentar em milhares de fatias e depois juntá-las ✔ Para montar esse quebrar cabeça um programa computacional resolve.
5. Problemáticas • Alinhamento de Sequências ✔ Consiste no processo de comparar duas sequências (de nucleotídeos ou proteínas) de forma a se observar o grau de semelhança, se há certa similaridade e portanto mesmas propriedades
6. Problemáticas • Com uma certa frequência ou fragmento de uma sequência, encontrar sequências no banco de dados que sejam similares à esta sequência • Dada uma sequência de proteína de estrutura desconhecida, encontrar estruturas no banco de dados que adotem estruturas tridimensionais similares. • Dada uma estrutura protéica, encontrar sequências no banco de dados que correspondam a estruturas similares.
7. Código
8. Código
9. Código • Arquivo Fasta
10. Ferramentas • Linguagem de programação mais utilizada: ✔ PERL • Alguns dos bancos mais utilizados em bioinformática: ✔ Genbank, ✔ GDB ✔ EBI • CLUSTALW • FASTA • TAIR
11. FIM