CRANパッケージの作成・投稿とコードレビュー対応 〜 GoogleImage2Array パッケージでの事例紹介 〜 @ BioPackathon

CRANパッケージの作成・投稿とコードレビュー対応
〜 GoogleImage2Array パッケージでの事例紹介 〜
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1. Satoshi Kume CRANパッケージの作成・投稿と コードレビュー対応 〜GoogleImage2Arrayパッケージでの事例紹介〜 211013 @ BioPackathon
2. 今回の内容 ・ GoogleImage2Arrayパッケージの概要 ・ CRANへの投稿とコードレビュー対応 ・ RコードのTips: ・Exampleコードのラップ⽅法(donttest{} etc) ・サンプル実⾏時にローカル保存させない ・on.exit() ・ CRANでのコンパイルエラー
3. 今回の内容 ・ GoogleImage2Arrayパッケージの概要 ・ CRANへの投稿とコードレビュー対応 ・ RコードのTips: ・Exampleコードのラップ⽅法(donttest{} etc) ・サンプル実⾏時にローカル保存させない ・on.exit() ・ CRANでのコンパイルエラー
4. https://cran.r-project.org/web/packages/GoogleImage2Array/index.html GoogleImage2Arrayパッケージ 主な⽤途: ・R上で使う画像取得全般 ・機械学習などで使うデータ GANとか分類問題とか 次元圧縮とか 概要: ・Google画像検索の結果をR に取り込んで、4次元アレイ形 式に変換する ・画像の可視化 ・ 4次元アレイの結合 (New)
5. R Array (アレイ, 配列) とは？？ R Array/配列とは、⾏列を多次元に拡張したもの。 Matrix/⾏列: 2次元のデータ構造 Array/配列: 3次元、4次元、それ以上の次元のデータ構造。 http://venus.ifca.unican.es/Rintro/dataStruct.html 要素 ex. numeric
6. 多次元テンソルの⼤まかな考え⽅ https://www.javatpoint.com/pytorch-tensors 要素 ex. numeric 2D画像の扱いは、 2D テンソル ？？ 2D画像の扱いは、 ・横ピクセル数 ・縦ピクセル数 ・チャネル（RGBなど原色数） ・画像の枚数
7. GoogleImage2Arrayパッケージでできること Google画像検索をすると 画像のサムネイルが表⽰される 検索 R アレイ/テンソル (20 images/query) 画像取得&変換 R上での可視化 （ラスター表⽰） 20 images以上取得したい場合 RSeleniumパッケッージを使うことに
8. 実⾏コード アレイの取得: GoogleImage2array関数 (20, 幅ピクセル数, ⾼さピクセル数, チャネル数) アレイの結合 （１次元⽅向で） アレイの可視化: display.array関数
9. GoogleImage2array関数の中⾝をちょっと説明 https://github.com/kumeS/GoogleImage2Array/blob/main/R/GoogleImage2array.R URL⽣成 + %エンコード 検索⾔語の指定 Webスクレイピング + 画像URL取得 画像処理、アレイへの変換 などの処理と続く 関数の引数 wh: 縦横ピクセル数 Col: カラー(T) or グレイ(F) Save: ローカル保存の有無 gl: 検索エリア指定
10. CRANへの投稿 https://cran.r-project.org/submit.html 必要事項の記載 gzファイルを選択 ここをクリック
11. CRANへの投稿(準備)について、詳しくは を参照のこと
12. CRANから本⼈確認メールが届く ココをクリック
13. 次に、投稿完了のメールが届く
14. 次に、CRANでのコンパイルが⾛る OKなら、レビューが始まる
15. 約11時間後、、コードレビュー結果が返ってくる ハヤっ！！ WebサービスのURLを概要 に⼊れてください。 コメントは４点 Exampleは、dontrun{}ではなく、 donttest{}を使ってください。 テストの途中ファイルをローカ ルに保存しないでください。 ユーザーの設定を変えない でください。この場合、 on.exit()を使ってください。
16. 修正して再投稿 〜投稿時と同じところで〜 https://cran.r-project.org/submit.html ココにレスポンス・ 修正点を書く。 論⽂のレスポンスレターというより、 カジュアルな返事でOK!!
17. 次の⽇にOKメールが届く 同⽇中には、CRANに登録されていた。
18. 今回の内容 ・ GoogleImage2Arrayパッケージの概要 ・ CRANへの投稿とコードレビュー対応 ・ RコードのTips: ・Exampleコードのラップ⽅法(donttest{} etc) ・サンプル実⾏時にローカル保存させない ・on.exit() ・ CRANでのコンパイルエラー
19. RコードのTips: Exampleコードのラップ⽅法/例外ルール https://runebook.dev/ja/docs/r/library/utils/html/example コードが本当に実⾏でき ない時だけ # Not run: ⾏を追記 (1)実⾏が5秒以上かかる (2)途中でデータダウン ロードを実⾏する 実⾏が正常かつ5秒未満なら、unwrapする 結果として、サンプルコードは、 donttestか、unwrapを推奨
20. RコードのTips: ローカル保存させない https://github.com/kumeS/GoogleImage2Array/blob/main/R/GoogleImage2array.R デフォルト値が「Save=TRUE 」 になっていたのを突っ込まれる。 引数 wh: 縦横ピクセル数 Col: カラー(T) or グレイ(F) Save: ローカル保存の有無 gl: 検索エリア指定 どうしても保存したい場合は、 tempdir()で作成される⼀時ディレ クトリに出⼒するようにとのこと。
21. RコードのTips: on.exit()を使って、ユーザーオプション (作図の設定 etc)を元に戻すこと。 http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/31.html
22. RコードのTips: CRANでのコンパイルエラー CRANでは、毎回、コンパイル環境が違う？ １つくらいなら、Errorがでててもあまり気にしなくてもよそさそう。
23. RコードのTips: CRANでのコンパイルエラー CRANでは、毎回、コンパイル環境が違う？ １つくらいなら、Errorがでててもあまり気にしなくてもよそさそう。
24. まとめ ・ パッケージ作成 2⽇、投稿・レビュー・再投稿1.5⽇ => 今回、コードの下書きがあったので、 パッケージ化から3⽇程度で、CRANに採択された。 ・ コードレビューは、コードの中⾝というより CRANポリシーに合っているかどうかが審査される。 ・ 普段のデータ解析⽤途では、気にしてないところを突っ込まれる