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July 05, 2019
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Tsuyama

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  1. Deep learning can predict microsatellite instability directly from histology in

    gastrointestinal cancer https://www.nature.com/articles/s41591-019-0462-y (Published: 03 June 2019) Jakob Nikolas Kather et al. Department of Medicine III, University Hospital RWTH Aachen, Aachen, Germany LPixel Inc. Presents Image Analysis x Machine Learning #4 4th July. 2019 @LPixel Inc. 発表者 Tu-chan
  2. 免疫担当細胞に よる監視機構 MSI Highの癌は免疫チェックポイント阻害薬がよく効く 胃癌,大腸癌の10〜15%はMSI High ーCACACACACAー ーGTGTGTGTGTー CとAの繰り返し配列 マイクロサテライトは複製エラーが起こりやすい

    マイクロサテライト不安定性 Microsatellite instability (MSI) ミスマッチ 修復遺伝子 ーCACACAー ーGTGTGTー ーCACACACACAー ーGTGTGTGTGTー A A A T G A T T C T T G C G T A G G C C T A C C G A A G T A C A C G T G T C がんはゲノムの異常によって起こる 合計30億の塩基対 がん化 mutation MSI Highのがん PD-L1 PD-1 PD-1 普通に検査すると診断料プラス¥21,000 MSI High っぽい MSI High っぽくない MSI Highの癌は形態学的特徴がある
  3. ▪ がんの手術 200,000前後 ▪ 病理診断 10,000〜30,000 ▪ 追加染色検査 〜20,000 ▪

    PD-L1染色 27,000 ▪ MSI検査 21,000 ▪ スキャナー 数千万(施設負担) ▪ クリニカルシーケンス(自費) 例)網羅的遺伝子検査 700,000 治療,診断にかかる費用 MSI検査込み大腸癌手術(ざっくりと) 保険診療では個人負担はこの3割 高額療養費適応時は月90,000くらい デジタル診断環境構築にかかる費用 シカゴ大学におけるMSI検査費用とワークフロー
  4. – Supplementary Tables 1-5– TCGA-STAD TCGA-CRC- KR TCGA-CRC- DX TCGA-UCEC

    DACHS KCCH Material FFPE snap frozen FFPE FFPE FFPE FFPE Staining HE HE HE HE HE HE N patients 315 387 360 327 378 185 Median age [years] 67 67 67 63 68 65 % UICC stage 1 13% 17% 17% 69% 20% 0% % UICC stage 2 31% 37% 37% 6 % 33% 39% % UICC stage 3 44% 29% 30% 19% 33% 55% % UICC stage 4 10% 12% 13% 4% 14% 6% Supplementary Table 1: Clinico-pathological variables of all patient cohorts. STAD = stomach adenocarcinoma, CRC = colorectal cancer, KR = snap-frozen slides, DX = diagnostic slides with FFPE processing, FFPE = formalin-fixed and paraffin-embedded, HE = hematoxylin and eosin, UICC = Union internationale contre le cancer, UCEC = uterine corpus endometrial carcinoma, KCCH = Yokohama gastric cancer cohort, DACHS = German colorectal cancer cohort, MSI = microsatellite instable, NA = not applicable. スタディコホート 胃癌 大腸癌 子宮体癌 胃癌 大腸癌 4mm 癌の領域を自動で分類
  5. 4mm 癌の領域の分類 VGG19, accuracy rate 98.7% JN Kather, PLoS Med.

    2019 色の標準化,ラベル付け MSIを予測 切り出し 256um (512px) がん領域を自動で同定 MSIの予測 25 epochs learning rate; 1x10e-6, 1x10e-5 (outlined) 再訓練後,AUC >0.99