Tu pregunta de investigación

Primera semana de la primera edición del curso «Bioinformática Aplicada a Tu Proyecto».

Transcript

1. Bioinformática Aplicada a Tu Proyecto Módulo 1: Tu Pregunta de Investigación Joshua Haase 2020-05-04 1
2. Si estás aquí, tienes un objetivo: saber cómo analizar tus datos bioinformáticos. 2
3. Los problemas que tienes ahora mismo: • No sabes cómo hacer el análisis bioinformático en tu proyecto de investigación. 3
4. Los problemas que tienes ahora mismo: • No sabes cómo hacer el análisis bioinformático en tu proyecto de investigación. • Asististe a algún curso pero no sabes cómo hacerlo en tu computadora. 3
5. Los problemas que tienes ahora mismo: • No sabes cómo hacer el análisis bioinformático en tu proyecto de investigación. • Asististe a algún curso pero no sabes cómo hacerlo en tu computadora. • Tienes idea de cómo hacer tu análisis bioinformático pero te atoraste con un aspecto técnico del proceso. 3
6. Las expectativas que puedes tener para el curso son: • Tendrás un plan de trabajo para el análisis bioinformático de tu proyecto. 4
7. Las expectativas que puedes tener para el curso son: • Tendrás un plan de trabajo para el análisis bioinformático de tu proyecto. • Sabrás qué herramienta usar en cada etapa del plan de trabajo, cómo y porqué. 4
8. Las expectativas que puedes tener para el curso son: • Tendrás un plan de trabajo para el análisis bioinformático de tu proyecto. • Sabrás qué herramienta usar en cada etapa del plan de trabajo, cómo y porqué. • Tendrás un proceso para hacer gráficas que muestran los resultados claramente. 4
9. Para tener resultados debes comprometerte a avanzar en el proyecto diariamente. Figure 1: Para obtener resultados necesitamos tu compromiso de trabajo. 5
10. Puedes esperar sentir durante el curso: • Frustración cuando aprendes algo nuevo y complejo. 6
11. Puedes esperar sentir durante el curso: • Frustración cuando aprendes algo nuevo y complejo. • Pero si hago bien mi trabajo, menos que haciéndolo solo. 6
12. Puedes esperar sentir durante el curso: • Frustración cuando aprendes algo nuevo y complejo. • Pero si hago bien mi trabajo, menos que haciéndolo solo. • Molestia por hacer cosas que no tienen recompensa inmediata. 6
13. Puedes esperar sentir durante el curso: • Frustración cuando aprendes algo nuevo y complejo. • Pero si hago bien mi trabajo, menos que haciéndolo solo. • Molestia por hacer cosas que no tienen recompensa inmediata. • Lo más avanzado es hacer lo básico consistentemente. 6
14. Puedes esperar sentir durante el curso: • Frustración cuando aprendes algo nuevo y complejo. • Pero si hago bien mi trabajo, menos que haciéndolo solo. • Molestia por hacer cosas que no tienen recompensa inmediata. • Lo más avanzado es hacer lo básico consistentemente. • Hacer el trabajo difícil primero hará más fácil el final. 6
15. Puedes esperar sentir durante el curso: • Frustración cuando aprendes algo nuevo y complejo. • Pero si hago bien mi trabajo, menos que haciéndolo solo. • Molestia por hacer cosas que no tienen recompensa inmediata. • Lo más avanzado es hacer lo básico consistentemente. • Hacer el trabajo difícil primero hará más fácil el final. • Seguridad de que hiciste un buen trabajo cuando veas los resultados. 6
16. Las expectativas que NO pueden tener para el curso: • Si el proyecto es muy complejo probablemente no terminemos todo el análisis. 7
17. Las expectativas que NO pueden tener para el curso: • Si el proyecto es muy complejo probablemente no terminemos todo el análisis. • Pero tendrás un plan paso a paso para continuar. 7
18. Las expectativas que NO pueden tener para el curso: • Si el proyecto es muy complejo probablemente no terminemos todo el análisis. • Pero tendrás un plan paso a paso para continuar. • Que yo resuelva el proyecto y haga el trabajo por ti. 7
19. Las expectativas que NO pueden tener para el curso: • Si el proyecto es muy complejo probablemente no terminemos todo el análisis. • Pero tendrás un plan paso a paso para continuar. • Que yo resuelva el proyecto y haga el trabajo por ti. • Estás aquí para aprender y se aprende haciendo. 7
20. Las expectativas que NO pueden tener para el curso: • Si el proyecto es muy complejo probablemente no terminemos todo el análisis. • Pero tendrás un plan paso a paso para continuar. • Que yo resuelva el proyecto y haga el trabajo por ti. • Estás aquí para aprender y se aprende haciendo. • Ese es otro servicio y tiene otra cuota. 7
21. Cómo saber qué necesitas para responder tu pregunta
22. Para responder la pregunta vamos a seguir estos pasos: 8
23. Documentar la pregunta de investigación (Tu pregunta de Investigación) 9
24. Evaluar las fuentes de error del diseño experimental (Tu experimento) 10
25. Seleccionar papers afines a la pregunta de investigación (Tu literatura) 11
26. Generar el plan de trabajo para el análisis bioinformático (Tu flujo de trabajo) 12
27. Buscar o generar un conjunto de datos para validar el análisis (Tus controles) 13
28. Instalar el software en un contenedor (Tu equipo de cómputo) 14
29. Programar un flujo de trabajo reproducible para tu análisis (Tu implementación) 15
30. Ejecutar el análisis con tus datos (Tus resultados) 16
31. Contar la historia que transmiten tus datos (Tu defensa) 17
32. Por qué es muy importante que escribas claramente la pregunta de investigación en el README.md de tu proyecto
33. La investigadora que secuenció una laguna y no encontró nada nuevo. Figure 3: Después de cientos de miles de pesos en experimentos no publicó paper. 18
34. ¡El análisis exploratorio de datos (EDA) no garantiza resultados publicables! 19
35. El proyecto que llevaba tres años sin definir su pregunta (y aún no concluye 2 años después. . . ) En este proyecto no tenía: • Definición de proyecto 20
36. El proyecto que llevaba tres años sin definir su pregunta (y aún no concluye 2 años después. . . ) En este proyecto no tenía: • Definición de proyecto • Objetivos claros 20
37. El proyecto que llevaba tres años sin definir su pregunta (y aún no concluye 2 años después. . . ) En este proyecto no tenía: • Definición de proyecto • Objetivos claros • Plan de trabajo 20
38. El proyecto que llevaba tres años sin definir su pregunta (y aún no concluye 2 años después. . . ) En este proyecto no tenía: • Definición de proyecto • Objetivos claros • Plan de trabajo • Bitácoras 20
39. El asesor que tenía una nueva idea cada día. . . • La definición del proyecto puede ayudarte a defender tu tiempo. 21
40. El asesor que tenía una nueva idea cada día. . . • La definición del proyecto puede ayudarte a defender tu tiempo. • Si tenemos la pregunta en el README.md podemos preguntar: 21
41. El asesor que tenía una nueva idea cada día. . . • La definición del proyecto puede ayudarte a defender tu tiempo. • Si tenemos la pregunta en el README.md podemos preguntar: • ¿Cómo esta actividad nos acerca al objetivo? 21
42. El asesor que tenía una nueva idea cada día. . . • La definición del proyecto puede ayudarte a defender tu tiempo. • Si tenemos la pregunta en el README.md podemos preguntar: • ¿Cómo esta actividad nos acerca al objetivo? • ¿Qué nos acerca más a responder la pregunta: esto nuevo o lo que ya estamos haciendo? 21
43. El asesor que tenía una nueva idea cada día. . . • La definición del proyecto puede ayudarte a defender tu tiempo. • Si tenemos la pregunta en el README.md podemos preguntar: • ¿Cómo esta actividad nos acerca al objetivo? • ¿Qué nos acerca más a responder la pregunta: esto nuevo o lo que ya estamos haciendo? • Tip: anota las actividades sugeridas y la razón por la que se pospusieron, tu asesor se va a acordar de su idea pero no de que se pospuso y porqué. 21
44. Una buena pregunta de investigación es como un brújula que te ayuda a encontrar el camino 22
45. Tener el proyecto documentado hace más fácil y rápido pedir ayuda. • Tener tu proyecto documentado demuestra competencia. 23
46. Tener el proyecto documentado hace más fácil y rápido pedir ayuda. • Tener tu proyecto documentado demuestra competencia. • No quieres ser la persona que pide ayuda sin hacer la tarea. 23
47. Tener el proyecto documentado hace más fácil y rápido pedir ayuda. • Tener tu proyecto documentado demuestra competencia. • No quieres ser la persona que pide ayuda sin hacer la tarea. • Quieres ser la persona que ya hizo su trabajo y pide ayuda muy específica. 23
48. Tener el proyecto documentado hace más fácil y rápido pedir ayuda. • Tener tu proyecto documentado demuestra competencia. • No quieres ser la persona que pide ayuda sin hacer la tarea. • Quieres ser la persona que ya hizo su trabajo y pide ayuda muy específica. • Tener el proyecto documentado ahorra el tiempo de explicar cada vez. 23
49. El objetivo de la semana: Escribir un README.md con lo necesario para tomar decisiones en tu proyecto: • Describir tu proyecto con la plantilla de PMBoK que adapté para proyectos de investigación (Project Management Institute 2017). 24
50. El objetivo de la semana: Escribir un README.md con lo necesario para tomar decisiones en tu proyecto: • Describir tu proyecto con la plantilla de PMBoK que adapté para proyectos de investigación (Project Management Institute 2017). • Formular el objetivo de tu proyecto como una pregunta. 24
51. El objetivo de la semana: Escribir un README.md con lo necesario para tomar decisiones en tu proyecto: • Describir tu proyecto con la plantilla de PMBoK que adapté para proyectos de investigación (Project Management Institute 2017). • Formular el objetivo de tu proyecto como una pregunta. • Hacer un diagrama del experimento del que salieron los datos. 24
52. Vamos a trabajar en el análisis de datos en tu proyecto de investigación. • Trabajaremos un proyecto en GitLab. 25
53. Vamos a trabajar en el análisis de datos en tu proyecto de investigación. • Trabajaremos un proyecto en GitLab. • Iré proponiendo actividades y antes de integrarlas al proyecto pasarán por una revisión. 25
54. Estas son las actividades que tenemos que hacer esta semana 1. Registrar una cuenta de GitLab. 26
55. Estas son las actividades que tenemos que hacer esta semana 1. Registrar una cuenta de GitLab. 2. En el proyecto que se te compartirá rellenar el README.md. 26
56. Estas son las actividades que tenemos que hacer esta semana 1. Registrar una cuenta de GitLab. 2. En el proyecto que se te compartirá rellenar el README.md. 3. Hacer un diagrama del experimento para analizarlo en el siguiente módulo. 26
57. Referencias
58. Estas personas o instituciones donaron a Unsplash las imágenes de esta presentación: • Agence Olloweb • Avel Chuklanov • Bill Oxford • Bousbia Kadhem • Christian Wiediger • Clay Banks • Cole Keister • Ethan Sykes • Kaleidico • Markus Spiske • National Cancer Institute 27
59. La plantilla de proyecto que usaremos está basada en: Project Management Institute, ed. 2017. A Guide to the Project Management Body of Knowledge / Project Management Institute. Sixth edition. PMBOK Guide. Newtown Square, PA: Project Management Institute. 28