Open Data in de Wetenschap

"""Egon Willighagen is docent bioinformatica aan de Universiteit Maastricht en laat zien hoe Open Data in wetenschappelijk onderzoek gebruikt wordt. Op het gebied van biologische systemen speelt niet alleen het delen van de onderzoeksresultaten op wereldwijde schaal een belangrijke rol maar ook de beschrijving van de uitgevoerde experimenten. Naast het vergroten van kennis levert het delen van de manier waarop kennis vergaard wordt enorme sprongen op in het onderzoek.
Naast deze wetenschappelijke ontwikkeling laat Egon ons zien hoe Open Data de afstand tussen onderzoek, student, burgerwetenschappers en maatschappij beïnvloed en hoe wij, als gewone stervelingen baat kunnen hebben bij deze ontwikkelingen."""

Transcript

1. Department of Bioinformatics - BiGCaT 1 Open Data in de wetenschappen 22 April 2015 The Great Wide Open Data, SMC040, Strijp-S, Eindhoven Egon Willighagen @egonwillighagen, 0000-0001-7542-0286 chem-bla-ics.blogspot.nl
2. Department of Bioinformatics - BiGCaT 2 Wat is wetenschap? 1.Kennis verzamelen – “experimenten”
3. Department of Bioinformatics - BiGCaT 3 Het experiment • Test een hypothese (een vraag) • Geeft bij herhaling hetzelfde antwoord (reproduceerbaar) • Sluit alternatieve verklaringen uit • Resultaat Data →
4. Department of Bioinformatics - BiGCaT 4 Wat is wetenschap? 1.Kennis verzamelen – “experimenten” 2.Kennis delen – Hoe Open? • Closed data was noodzakelijk kwaad – en soms nog steeds! • Open data is de toekomst
5. Department of Bioinformatics - BiGCaT 5 Wetenschap != Universiteit • Rol: wetenschap doen • Rol: onderwijs – Een deel is kennis • Kennis kunnen gebruiken (bachelor) – Een deel is academische vaardigheden • Kennis kunnen beoordelen (bachelor) • Kennis kunnen vergaren (master) • Vragen kunnen verzinnen (promotie)
6. Wat is Open Data? 1.Bekijken 2.Veranderen 3.Delen 1. … in en naar elk land
7. Department of Bioinformatics - BiGCaT 7 Levenswetenschappen
8. Department of Bioinformatics - BiGCaT 8 Componenten van het leven • Genen (verstopt in chromosomen) • RNA en eiwitten • Peptiden/miRNAs • Metabolieten
9. Department of Bioinformatics - BiGCaT 9 Human Genome Project
10. Department of Bioinformatics - BiGCaT 10 Eiwitstructuur
11. Department of Bioinformatics - BiGCaT 11 Kunnen we atomen zien? Source: Wikipedia, 2011, AFM picture of pentacene by IBM.
12. Kunnen we atomen zien? Source: Wikipedia, 2011, AFM picture of pentacene by IBM.
13. Department of Bioinformatics - BiGCaT 13 En zelfs interacties tussen moleculen! Source: A. Rathi, First pictures of hydrogen bonds unveiled, Chemistry World 2013
14. Department of Bioinformatics - BiGCaT 14 Metabolieten: NMR van urine Bryan et al. BMC Bioinformatics 2008 9:470 doi:10.1186/1471-2105-9-470
16. Department of Bioinformatics - BiGCaT 16 The Blue Obelisk Movement
17. Department of Bioinformatics - BiGCaT 17 Open Notebook Science
18. Open Notebook Science
19. Department of Bioinformatics - BiGCaT 19 Open Source Malaria
20. Department of Bioinformatics - BiGCaT 20 Linked Open Data Cloud
21. LOD Cloud – Life Sciences
22. Department of Bioinformatics - BiGCaT 22 Voordelen • Onderzoek – Grotere en meer accurate bibliotheek • Onderwijs – Stimuleert dat de student vragen stelt • “Burger” – Transparantie – Mee doen
23. Department of Bioinformatics - BiGCaT 23 Mee doen ?! Waar kan ik terecht? • Open Science werkgroep van de Open Knowledge Foundation • Crowdsourcing initiatives • Wikidata
24. Department of Bioinformatics - BiGCaT 24 Crowdsourcing & Citizen Science
25. Department of Bioinformatics - BiGCaT 25 Wikidata
26. Department of Bioinformatics - BiGCaT 26 Wikidata4Research
27. Department of Bioinformatics - BiGCaT 27 Meer informatie, per slide 1: ORCID → http://orcid.org/ 2: (ander plaatje dan woensdag, omdat ik het origineel niet meer als Open kan vinden). Plaatje: CC0, http://pixabay.com/en/biology-research-laboratory-220005/ 3: een experiment kan vele vormen aannemen, en sluit niet per se een gedachtenexperiment uit (ook daar kan je tellen) 4: plaatje van “Interior of the George Peabody Library”, CC-BY-SA 3.0, http://en.wikipedia.org/wiki/George_Peabody_Library#/media/File:George-peabody-library.jpg. Zie ook http://en.wikipedia.org/wiki/Open_data Redenen voor "gesloten data" zijn ondermeer: duur om te onderhouden (steeds minder door IT!), privacy issues, en mogelijke negatieve impact (dat is een moeilijk, vaag gebied). 5: De rol van de universiteit is zeker ook onderwijs. Google naar "eindtermen universitaire opleiding" om meer info te vinden over deze slide. 6: CCZero logo: https://creativecommons.org/choose/zero/?lang=nl Aanpasses is belangrijk om bv fouten te kunnen herstellen! Verder verspreiden is in onderwijs kritiek, bv aan studenten geven om te bestuderen. 7: Plaatje is een biologisch "pathway" uit WikiPathways: http://www.wikipathways.org/ (CC-BY licentie) 8: Onderwerpen: kijk eens in Wikipedia. Plaatje: CC-BY 3.0, http://en.wikipedia.org/wiki/Composition_of_the_human_body#/media/File:201_Elements_of_the_Human_Bod y-01.jpg 9: Plaatje: Publiek Domein, http://en.wikipedia.org/wiki/GWAS_in_allergy#/media/File:GWAS.png 10: Plaatje uit eigen slides (CC 4.0) laat twee eiwitten zien die samen een klein molecuul binden. De eiwitstructuur database is http://pdb.org/. 12: Plaatje en meer info in Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Pentacene 13: Plaatje is niet open (ik claim "fair use"): http://www.sciencemag.org/content/342/6158/611
28. Department of Bioinformatics - BiGCaT 28 Meer informatie, per slide 14: NMR = "nuclear magnetic resonance", dezelfde techniek als een MRI apparaat in het ziekenhuis gebruikt. Hiermee kunnen we kleine moleculen meten, zoals hier in een urine monster. Plaatje uit een "Open Access" artikel (CC-BY): http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-9-470 15: Adem bevat ook veel kleine moleculen. Plaatje is niet open, en uit een artikel van Maastricht Universiteit. 16: De "Blue Obelisk Movement" is een beweging van chemici die Open Data promoot (inclusief ondergetekende). Zie http://link.springer.com/article/10.1186/1758-2946-3-37 17: Jean-Claude Bradley, pioneer van de Open Notebook Science, krijgt hier de Blue Obelisk Award uitgereikt. Zie http://en.wikipedia.org/wiki/Jean-Claude_Bradley Foto door Christoph Steinbeck: http://www.steinbeck-molecular.de/steinblog/index.php/2014/05/14/in-memory-of-open-science-pioneer- jean-claude-bradley/ 18: Zie http://onschallenge.wikispaces.com/ 19: OSM project: http://opensourcemalaria.org/ 20: Zie http://lod-cloud.net/ 23: Open Knowledge Foundation: https://okfn.org/ en de bijbehorende Nederlands Open Science mailinglijst: https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/open-science-nl Wikidata kan gevonden worden achter http://wikidata.org/ 24: Zie https://mark2cure.org/ 25: Een Nederlandstalige inleiding: http://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Introduction/nl 26: Wikidata4Research: https://zenodo.org/record/13906