ソーシャル創薬美少女活動日記

第6回ケモインフォマティクス入門講座で発表した内容です。
http://cicsj.chemistry.or.jp/wakate/news-contents/news170822.html

Transcript

1. ソー シャル創薬美少女 活動日記 第6 回ケモインフォマティクス若手の会 久保 竜一 @kubor_ 1
2. WHO ARE YOU ?? DeNA ライフサイエンスのバイオインフォマティシ ャン 趣味でソー シャルメディアを活用した研究活動 2
3. RDKit ユー ザー 会作ったりしてます https://rdkit-users-jp.github.io/ 3
4. 今日話したいこと 創薬ちゃんのこと 創薬ちゃんの化合物詠唱機能のこと Twitter bot Docker で簡単にアプリをデプロイする Flask を使った簡単なWEB API 実装 4
5. 創薬ちゃんって？ すごく可愛い ケミカルスペー スを旅してる かわいい 創薬研究者 とにかくかわいい Twitter: @souyakuchan 5
6. 創薬ちゃんTwitter モー メント 時事ネタを含めた創薬化学全般の話題を提供 BRAF を例にキナー ゼの活性化機構について エンドセリン type B 受容体の活性化機構 ボツリヌス毒素 抗マラリア薬 6
7. なんでも知ってる創薬ちゃん 難しいけどわからないわけじゃない 重水素化医薬品 - 創薬ちゃんTwitter モー メントより 7
8. 構造式を描くBOT 機能を実装 8
9. 創薬ちゃんが構造式を描いて くれる 9
10. ユー ザー の反応 10
11. 確かにこういう のもSMILES で 書けるけど も・・・ 11
12. 大喜利が始まる 12
13. ChemDraw かなにかで お絵描きし てから SMILES 貼り 付け様子 13
14. サルフラ ワー もな んだか怪 しいけど 描ける 14
15. 円形 15
16. テトリス 16
17. bot 機能はどうだったか フォロワー が増えた 17
18. bot 機能はどうだったか ユー ザー の反応がリアルタイムに返ってきて開発 側としてもすごく楽しい！ 有機の課題も助かったみたいで嬉しい 18
19. 技術の話 どうやって作ったのか 19
20. Python3 + Docker + RDKit ddquest/chem_bot 20
21. 仕組み Twitter Userstreaming を監視（Tweepy） メンションを受けるとRDKit で構造式を描画 IUPAC 名はSMILES に変換（OPSIN） JPEG バイナリ付きのツイー トをTwitter API を 叩いて送信 21
22. RDKit で構造式を描くプロセ スを簡略化 22
23. rdkit.Chem.Draw.MolDraw2DCairo() をラップして使用 from chem_bot import SmilesEncoder encoder = SmilesEncoder('C(CN(CC(=O)O)CC(=O)O)N(CC(=O)O)CC(=O)O' encoder.to_png() encoder.to_file('edta.png') 23
24. IUPAC 名の変換 24
25. OPSIN Java 製のコマンドラインツー ル Cannonical SMILES ではない RDKit で変換 Lowe, D. M., Corbett, P. T., Murray-Rust, P., & Glen, R. C. (2011). Chemical name to structure: OPSIN, an open source solution. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci100384d “ “ 25
26. Docker 環境 26
27. デプロイを簡単にするためDocker で環境構築 FROM kubor/alpine-rdkit:latest MAINTAINER kubor COPY . /chem_bot WORKDIR /chem_bot ENV LC_ALL=C RUN python setup.py install && \ (cd java/ && sh get_opsin.sh) RUN apk update && \ apk --no-cache add openjdk8 CMD ["python", "-u", "bin/run_twitter_client.py"] 27
28. RDKit が動く軽量なDocker Image も作った kubor/alpine-rdkit Alpine Linux ベー スで軽量（ 圧縮済みで465 MB） miniconda rdkit の動作に必要なライブラリも内包 TRY! docker -it run kubor/alpine-rdkit bash 28
29. 構成図 Azure 上でDocker コンテナを稼働 29
30. Docker を使うメリット 環境設定がテキストなのでGit 管理しやすい 開発環境と同じ環境をクラウド上に再現できる アプリケー ションを自動で再起動できる docker run --restart=always 30
31. chem_bot の描画機能をWEB API として実装してみた https://chemical.space/api/v1.0/smi2img?smi=BBBBBB&width=420&hei 31
32. FlaskWEB API 化 構造式を描画機能をWEB API 化しておくと汎用性 が増して応用範囲が広がりそう オンラインならPubChem API(PUG REST) もあるけ ど、 ロー カルで完結させたい https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/com pound/smiles/CCCCC=O/PNG 32
33. 30 行程でWEB API を作ることができる 33
34. まとめ RDKit の構造式を描画関数を簡易に扱うよう Python でラップした 一般の方でも体験してもらえるようTwitter bot 化 した 環境構築にDocker を利用し、Azure にデプロイし た Flask を使ってWEB API 化すると更に汎用化できる 34
35. 注意 @kubor_ は創薬ちゃんの中の人ではないし、 創薬ち ゃんに中の人などいません 35
36. おしまい 創薬ちゃん先生の今後の活躍にご期待下さい 36