ソーシャル創薬美少女活動日記

ソーシャル創薬美少女活動日記第6 回ケモインフォマティクス若手の会久保竜一 @kubor_ 1

WHO ARE YOU ?? DeNA ライフサイエンスのバイオインフォマティシャン趣味でソーシャルメディアを活用した研究活動 2

RDKit ユーザー会作ったりしてます https://rdkit-users-jp.github.io/ 3

今日話したいこと創薬ちゃんのこと創薬ちゃんの化合物詠唱機能のこと Twitter bot Docker で簡単にアプリをデプロイする Flask を使った簡単なWEB API
実装 4

創薬ちゃんって？すごく可愛いケミカルスペースを旅してるかわいい創薬研究者とにかくかわいい Twitter: @souyakuchan 5

創薬ちゃんTwitter モーメント時事ネタを含めた創薬化学全般の話題を提供 BRAF を例にキナーゼの活性化機構についてエンドセリン type B
受容体の活性化機構ボツリヌス毒素抗マラリア薬 6

なんでも知ってる創薬ちゃん難しいけどわからないわけじゃない重水素化医薬品 - 創薬ちゃんTwitter モーメントより 7

構造式を描くBOT 機能を実装 8

創薬ちゃんが構造式を描いてくれる 9

ユーザーの反応 10

確かにこういうのもSMILES で書けるけども・・・ 11

大喜利が始まる 12

ChemDraw かなにかでお絵描きしてから SMILES 貼り付け様子 13

サルフラワーもなんだか怪しいけど描ける 14

円形 15

テトリス 16

bot 機能はどうだったかフォロワーが増えた 17

bot 機能はどうだったかユーザーの反応がリアルタイムに返ってきて開発側としてもすごく楽しい！有機の課題も助かったみたいで嬉しい 18

技術の話どうやって作ったのか 19

Python3 + Docker + RDKit ddquest/chem_bot 20

仕組み Twitter Userstreaming を監視（Tweepy）メンションを受けるとRDKit で構造式を描画 IUPAC 名はSMILES に変換（OPSIN） JPEG
バイナリ付きのツイートをTwitter API を叩いて送信 21

RDKit で構造式を描くプロセスを簡略化 22

rdkit.Chem.Draw.MolDraw2DCairo() をラップして使用 from chem_bot import SmilesEncoder encoder = SmilesEncoder('C(CN(CC(=O)O)CC(=O)O)N(CC(=O)O)CC(=O)O' encoder.to_png()
encoder.to_file('edta.png') 23

IUPAC 名の変換 24

OPSIN Java 製のコマンドラインツール Cannonical SMILES ではない RDKit で変換 Lowe,
D. M., Corbett, P. T., Murray-Rust, P., & Glen, R. C. (2011). Chemical name to structure: OPSIN, an open source solution. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci100384d “ “ 25

Docker 環境 26

デプロイを簡単にするためDocker で環境構築 FROM kubor/alpine-rdkit:latest MAINTAINER kubor COPY . /chem_bot WORKDIR
/chem_bot ENV LC_ALL=C RUN python setup.py install && \ (cd java/ && sh get_opsin.sh) RUN apk update && \ apk --no-cache add openjdk8 CMD ["python", "-u", "bin/run_twitter_client.py"] 27

RDKit が動く軽量なDocker Image も作った kubor/alpine-rdkit Alpine Linux ベースで軽量（圧縮済みで465
MB） miniconda rdkit の動作に必要なライブラリも内包 TRY! docker -it run kubor/alpine-rdkit bash 28

構成図 Azure 上でDocker コンテナを稼働 29

Docker を使うメリット環境設定がテキストなのでGit 管理しやすい開発環境と同じ環境をクラウド上に再現できるアプリケーションを自動で再起動できる docker run --restart=always
30

chem_bot の描画機能をWEB API として実装してみた https://chemical.space/api/v1.0/smi2img?smi=BBBBBB&width=420&hei 31

FlaskWEB API 化構造式を描画機能をWEB API 化しておくと汎用性が増して応用範囲が広がりそうオンラインならPubChem API(PUG REST)
もあるけど、ローカルで完結させたい https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/com pound/smiles/CCCCC=O/PNG 32

30 行程でWEB API を作ることができる 33

まとめ RDKit の構造式を描画関数を簡易に扱うよう Python でラップした一般の方でも体験してもらえるようTwitter bot 化した環境構築にDocker
を利用し、Azure にデプロイした Flask を使ってWEB API 化すると更に汎用化できる 34

注意 @kubor_ は創薬ちゃんの中の人ではないし、創薬ちゃんに中の人などいません 35

おしまい創薬ちゃん先生の今後の活躍にご期待下さい 36

ソーシャル創薬美少女活動日記

ソーシャル創薬美少女活動日記

More Decks by kubor

Other Decks in Science

Featured

Transcript