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ソーシャル創薬美少女活動日記

kubor
October 25, 2017

 ソーシャル創薬美少女活動日記

第6回ケモインフォマティクス入門講座で発表した内容です。
http://cicsj.chemistry.or.jp/wakate/news-contents/news170822.html

kubor

October 25, 2017
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Transcript

  1. OPSIN Java 製のコマンドラインツー ル Cannonical SMILES ではない RDKit で変換 Lowe,

    D. M., Corbett, P. T., Murray-Rust, P., & Glen, R. C. (2011). Chemical name to structure: OPSIN, an open source solution. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci100384d “ “ 25
  2. デプロイを簡単にするためDocker で環境構築 FROM kubor/alpine-rdkit:latest MAINTAINER kubor COPY . /chem_bot WORKDIR

    /chem_bot ENV LC_ALL=C RUN python setup.py install && \ (cd java/ && sh get_opsin.sh) RUN apk update && \ apk --no-cache add openjdk8 CMD ["python", "-u", "bin/run_twitter_client.py"] 27
  3. RDKit が動く軽量なDocker Image も作った kubor/alpine-rdkit Alpine Linux ベー スで軽量( 圧縮済みで465

    MB) miniconda rdkit の動作に必要なライブラリも内包 TRY! docker -it run kubor/alpine-rdkit bash 28
  4. FlaskWEB API 化 構造式を描画機能をWEB API 化しておくと汎用性 が増して応用範囲が広がりそう オンラインならPubChem API(PUG REST)

    もあるけ ど、 ロー カルで完結させたい https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/com pound/smiles/CCCCC=O/PNG 32