Upgrade to Pro
— share decks privately, control downloads, hide ads and more …
Speaker Deck
Features
Speaker Deck
PRO
Sign in
Sign up for free
Search
Search
MD-DSC研究会講演資料:『機械学習コンペティションの実際とその意義』/ Practice ...
Search
m_mochizuki
January 22, 2019
Science
1
1.1k
MD-DSC研究会講演資料:『機械学習コンペティションの実際とその意義』/ Practice on ML competition and its significance
2019年1月22日 医療・創薬 データサイエンスコンソーシアム研究会 講演資料
m_mochizuki
January 22, 2019
Tweet
Share
More Decks by m_mochizuki
See All by m_mochizuki
SIGNATE: 日本取引所グループ ファンダメンタルズ分析チャレンジ 1位解法 / the 1st place solution of JPX Fundamentals Analysis Challenge on SIGNATE
m_mochizuki
4
7.7k
SIGNATE: 日本取引所グループ ファンダメンタルズ分析チャレンジ 暫定1位解法 / the provisional 1st place solution of JPX Fundamentals Analysis Challenge on SIGNATE
m_mochizuki
3
8.9k
コンペティションから見るAI創薬/AI drug discovery in the view of competitions
m_mochizuki
2
1.4k
Other Decks in Science
See All in Science
Sociovirology
uni_of_nomi
0
100
重複排除・高速バックアップ・ランサムウェア対策 三拍子そろったExaGrid × Veeam連携セミナー
climbteam
0
110
深層学習を利用して 大豆の外部欠陥を判別した研究事例の紹介
kentaitakura
0
220
Improving Search @scale with efficient query experimentation @BerlinBuzzwords 2024
searchhub
0
240
(論文読み)贈り物の交換による地位の競争と社会構造の変化 - 文化人類学への統計物理学的アプローチ -
__ymgc__
1
100
論文紹介: PEFA: Parameter-Free Adapters for Large-scale Embedding-based Retrieval Models (WSDM 2024)
ynakano
0
150
マテリアルズ・インフォマティクスの先端で起きていること / What's Happening at the Cutting Edge of Materials Informatics
snhryt
1
130
第61回コンピュータビジョン勉強会「BioCLIP: A Vision Foundation Model for the Tree of Life」
x_ttyszk
1
1.5k
プロダクト開発を通して学んだナレッジマネジメントの哲学
sonod
0
150
ultraArmをモニター提供してもらった話
miura55
0
190
Coqで選択公理を形式化してみた
soukouki
0
190
Sarcoptic Mange
uni_of_nomi
1
110
Featured
See All Featured
Dealing with People You Can't Stand - Big Design 2015
cassininazir
364
24k
Keith and Marios Guide to Fast Websites
keithpitt
409
22k
Building a Modern Day E-commerce SEO Strategy
aleyda
38
6.9k
Performance Is Good for Brains [We Love Speed 2024]
tammyeverts
6
400
Documentation Writing (for coders)
carmenintech
65
4.4k
Adopting Sorbet at Scale
ufuk
73
9.1k
The Myth of the Modular Monolith - Day 2 Keynote - Rails World 2024
eileencodes
16
2.1k
Rails Girls Zürich Keynote
gr2m
94
13k
Save Time (by Creating Custom Rails Generators)
garrettdimon
PRO
27
830
Scaling GitHub
holman
458
140k
Teambox: Starting and Learning
jrom
133
8.8k
XXLCSS - How to scale CSS and keep your sanity
sugarenia
246
1.3M
Transcript
-) M S C AI : a 01 /01 21
( c 9 ( A C D 9 9
h a ( 21 1- 40 o( c A 76:
6:7 ) ) M 7 r ( z ( k I i u 7 s
0 S 234 43
1 S e 1 S e 1 S e 7 T 1 S e An J 6 DS GECJ 5A J AI o BE C P DS
n 4 n n
). 4 421 34 ( 42 42 5 42 !#"
$ #
"53 4(")) 6 -2*:1#'$&/, (96.+ !%7 804
7 n G l e n 11 y G n
s rt ce H S 7f R e o S n 7 l g 2 1 R7 g p S l n A f S 1 0 10R d 7 n Q i S G
n A DK
n A B I 4 n 4 O ( )
ONP4 Virtual screening … +(&,' ! !1 !2 !3 $ +(&,' " %!* # ) screening * # virtual screening
n K 967 ( # &).0 *! "%*@
=1;=>* *(400) 4?:<A5).0 “”* */$, 862?3' +(-OK
I T n 0,.. BD C7B99 icf [ L ?
1 20 N R ( ? F ,. 7 )7 0: : 0 . 0 R ( ] YSe y [ af ] ] : 9B B D ultm h s ui gi frns ui I ] ] [ vp [d [ Mg I 1 DC ? 2 C 8 ( ) ) ( 5
( 7 2 Extended Connectivity Fingerprint Functional Connectivity Fingerprint Topological
Torsions Atom Pairs Fingerprint RDKit Fingerprint Avalon fingerprint !fingerprint (6) 70 Random Forest Extremely Randomized Trees Gradient Boosted Trees Multilayer perceptron Support Vector Regression ! $)%(&' (5) 65 = 30# Elastic Net Pfinal Level 0 Level 1 " # 1 2 ) ):
Fingerprint ECFP FCFP TT AP RDK AVLN F-Stacking RF
0.848 0.855 0.816 0.686 0.652 0.722 0.892 ERT 0.869 0.889 0.844 0.798 0.671 0.768 0.907 GBT 0.852 0.864 0.835 0.808 0.733 0.758 0.891 MLP 0.802 0.777 0.623 0.814 0.651 0.712 0.895 SVR 0.856 0.852 0.688 0.763 0.662 0.693 0.877 L-Stacking 0.890 0.911 0.870 0.881 0.799 0.846 0.930 FL-Stacking Level0 ROC-AUC (3 )1)072 n 0 3 0 0
1 n o y mls))(,D ipF e n )- JA
H DN TB a e a n AB a e R )-0 1 18 2 6 1 - 6 1 0 1 r tqR ni +*, )('! #% )('! " $& +*,
1 5 n C ( 2 N3 8B? T DG
1 ) ) )1 1 ) ) ) ) 1 1 ) ) ) ) )1 1 1 1 1 1 1 6 A B 0 T DG 1 ) ) ) ) ) 1 1 ) ) ) 1 1 ) ) ) ) ) )1 1 1 1 1 1 1 0 J J :
)1 ( 6 1 3 n WR N TF.::A, c
n TF 22 a .2 32 iJ M eb gd h , A .: 1 5: B D8 , 0 /B: 2 CDB: C:8 ) (
B (A N 7 /: 7 n 5,-* 3/ %'
0)!(%'23/"1470)6 .#$+# & ) D 7 /: 7 7 /: 7J 1
1 8 B F J D n 0. 1 1
F : D B A 1 0 0 0 0.00 0.00 C 0 1 0 0 1.00 0.00 T 0 0 0 1 0.99 0.00 T 0 0 0 1 0.99 0.00 … G 0 0 1 0 0.41 0.00 A 1 0 0 0 0.00 0.00 ()
1 ( : 2 DJ B ) 9 n t
i D c Ai D A A he N D ? ? rs Aam n t ul o u Ai ? n D ( ( ) A Aam
: B 2 n A- U O10 26 . 0
n 2 . 8 0 ( J D : ) : (0)2 : 4 C A R
9B 00.1 5 AB: D 6 O C D J
C D C D ia k S 98 32 -4 ) ( n C - D n cg 3 ia k n B e N d n
n - 2
i I a v L ( we IT s I . 0 228 8 c n ) ) uhn yp n c bD I n log P r c bD t I d k( : ( . 0 .8 / 11 . 1 2
21 n ( e n a K l n 3
) g )
4 2 n 3 t 1 o r ru 2
a i 1 o ru ) 2 l1 ru 1es 2 1 r f K2 n (( h g g K2
5 5 n 2 5 ( ) ) n :
)
1 2 6 1 3 .(2 n 0 n 0
3 ) 2 n 0 0 1 1 3 n n 0 1 2