Prof. Carlos Camargo ハーバード大学 Prof. Camargo/Hasegawa Lab (オミックス解析×一次予防戦略のトップ研究室) 1200種類のプロテインに機械学習・因果推論を適用。 アレルギー疾患の重症化を予測・予防するために、 IL-17とVSIGというプロテインを確認する必要があること、 またこれらのプロテインを制御するpathwayを明らかにした。 → 全てのオミックスでこれらのアプローチを実現したい Prof. Kohei Hasegawa
definitions worldwide • Acute lower respiratory infection with inflammation, caused by respiratory virus(es) – e.g., RSV, RV • Acute morbidity: #1 cause of infant hospitalizations in the US (~130,000 each year); 2%-3% of all infants • Chronic morbidity: Among hospitalized infants with bronchiolitis (“severe bronchiolitis”), 30%-40% will develop childhood asthma Camargo/Hasegawa研究室のメインテーマ (急性)細気管⽀炎 全⽶の乳児⼊院の原因No.1 RSウイルスによって引き起こされる 30-40%が⼩児喘息に移⾏する
Endotype A Endotype B Endotype C “Bronchiolitis” Endotype A Endotype B Endotype C “Asthma” Internal Environment External Environment Incl. viruses Theoretical model 体内のオミックス情報で 細気管⽀炎のタイプが 決定される タイプを決定して、 治療戦略を変える事で、 精密医療を実現 細気管⽀炎 には様々なタイプがある
clustering analysis A: glycerophosphocholine-high (n=79) B: amino acid-high, polyunsaturated fatty acid-low (n=72) C: amino acid-high, glycerophospholipid-low (n=363) D: glycerophospholipid-high (n=177) E: mixed (n=227) Derived metabotypes Nasopharyngeal airway metabolome endotyping of severe bronchiolitis in infancy and risk of childhood asthma Association of metabotypes with clinical outcomes Zhu et al. JACI, 2022b Recurrent wheeze by age 3 years with asthma at age 5 years A: glycerophosphocholine-high B: amino acid-high, polyunsaturated fatty acid-low VS. Asthma at age 5 years Adjusted odds ratio=2.18 (95% CI, 1.03-4.71) Adjusted hazards ratio=2.52 (95% CI, 1.16-5.47)
Age + sex + PC1 + PC2 +… × 1000万SNPs (i.e., for each SNP on each chromosome) e.g., childhood asthma (Yes/No) Plot P-values for all SNPs Adjusting for ancestry difference GWAS (genome-wide association study) 解析 Manhattan plot 二値アウトカムと全ての遺伝子(塩基多型)との関連を 網羅的にロジスティック回帰分析を用いて調べる解析 遺伝子(gene)と疾患(phenotypes)との関連 が分かる →遺伝子がどのように、何を通して疾患と関 わるかについてはわからない。
into an academic format) 2. 難しい⽤語・コンセプトについて調べる・理解する (e.g., Can you explain about transformer in the field of deep learning?) 3. メールへの返答や書類の草案を書いてもらう. (e.g., Please write a reply to the following email, … ) 4. 指⽰した内容のプログラムを書く、コーティング補助をする 53
Anonymized User data Developed deep-learning models for every disease/symptom 1. Real-time digital health data 2. Longitudinal multi-omics data 3. Medication/examination data -> Realize “precision medicine “ 0. Medical history/ Questionnaire Health check-up facilities Hospitals Pretraining with latest literature/expressions database Updated with a wide variety of App users’ data Daily life ウェアラブル データ オミックス データ 問診・ 家族歴 投薬・ 検査記録 匿名化 個別の改善提案 最新データベース を⽤いた随時更新 オミックス を⽤いた各 疾患モデル アプリユーザのデータを⽤いたモデル更新