Upgrade to Pro — share decks privately, control downloads, hide ads and more …

DP obhajoba

Avatar for beny beny
June 14, 2014

DP obhajoba

Avatar for beny

beny

June 14, 2014
Tweet

More Decks by beny

Other Decks in Technology

Transcript

  1. převzato z bart.chemi.muni.cz Hmotnostní spektrometrie • metoda analytické chemie •

    lze pomocí ní získat zastoupení jednotlivých částic ve vzorku • uplatnění v chemii, fyzice, biologii, forenzní analýze, geologii, medicíně, … • laserová desorpce/ionizace za účasti matrice (MALDI) • průletový analyzátor (TOF) • zobrazovací MALDI TOF převzato z článku MALDI imaging mass spectrometry: statistical data analysis and current computational challenges
  2. Cíle • vytvořit aplikaci • z požadavků vědeckých pracovníků MUNI

    • zpracování imzML • předzpracování dat • vizualizace hypespektrálních obrázků
  3. Použíté metody předzpracování • kalibrace lineární a kvadratická • normalizace

    Total Ion Current a medián • vyhlazování pomocí klouzavého průměru a Savitzky-Golay • vyhledávání píku pomocí spojité vlnkové transformace (existující algoritmus v R)
  4. Shrnutí • samostatný balíček pro čtení dat ve formátu imzML

    • multiplatformní otevřená aplikace v jazyce Ruby • modulární, možnost využívat existujicí algoritmy (např. v jazyce R či C) • otestována na reálných datech
  5. Otázky oponenta • Nezvažoval jste i implementaci jiných vyhlazovacích filtrů

    než Savitzky-Golay - například Gaussian filter či Kaiser window? Dovedete případně odhadnout užitečnost a náročnost jejich implementace?