DP obhajoba

Transcript

1. Zpracování a vizualizace hmotnostních spekter diplomový projekt Bc. Ondřej Beneš
2. převzato z bart.chemi.muni.cz Hmotnostní spektrometrie • metoda analytické chemie • lze pomocí ní získat zastoupení jednotlivých částic ve vzorku • uplatnění v chemii, fyzice, biologii, forenzní analýze, geologii, medicíně, … • laserová desorpce/ionizace za účasti matrice (MALDI) • průletový analyzátor (TOF) • zobrazovací MALDI TOF převzato z článku MALDI imaging mass spectrometry: statistical data analysis and current computational challenges
3. Výstup ze spektrometru • spektrum • hypespektrální obrázek převzato z pnas.org
4. Cíle • vytvořit aplikaci • z požadavků vědeckých pracovníků MUNI • zpracování imzML • předzpracování dat • vizualizace hypespektrálních obrázků
6. Použíté metody předzpracování • kalibrace lineární a kvadratická • normalizace Total Ion Current a medián • vyhlazování pomocí klouzavého průměru a Savitzky-Golay • vyhledávání píku pomocí spojité vlnkové transformace (existující algoritmus v R)
8. Shrnutí • samostatný balíček pro čtení dat ve formátu imzML • multiplatformní otevřená aplikace v jazyce Ruby • modulární, možnost využívat existujicí algoritmy (např. v jazyce R či C) • otestována na reálných datech
9. drobeček spolupráce s Laboratoří bioanalytické instrumentace prof. Jana Preislera
10. Otázky oponenta • Nezvažoval jste i implementaci jiných vyhlazovacích filtrů než Savitzky-Golay - například Gaussian filter či Kaiser window? Dovedete případně odhadnout užitečnost a náročnost jejich implementace?