Rによるネットワークデータのプロット

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1. Tokyo.R #92 Rによるネットワークデータの プロット orca_mcmc
2. 自己紹介 • 名前: 越智 宏朗(おち ひろあき) • 大学院博士課程 • 専攻: 社会心理学 & 心理統計学 • 集団のパフォーマンスについての研究をしてます • TokyoR初発表
3. Rでネットワークデータを扱う Rでネットワークデータを使うには主に statnet igraph の2つのパッケージのどちらかを使う
4. Rでネットワークデータを扱う statnet • ネットワーク分析やプロットに使うパッケージが一通り入っ てる(sna,network…) • matrixやlistなど標準的なオブジェクトクラスに対応 • ネットワーク専用のクラスのnetworkも使える
5. Rでネットワークデータを扱う igraph • (statnetほどじゃないけど)基本的な関数はそろっている • オンラインチュートリアルがある (https://igraph.org/redirect.html) • ネットワークデータを専用のigraphクラスで扱う
6. Rでネットワークデータを扱う 今回はstatnetで行きます
7. ネットワークデータの可視化 • statnetパッケージではgplot()でプロットできる • igraphパッケージではplot.igraph()でプロットできる gplot()でプロット plot.igrah()でプロット
8. ネットワークデータの可視化 •(デフォルトだと)ほとんど同じ • 2つともかなりの数の引数が用意されているので、 それらをうまく使えば色々かっこいいプロットができる • ただ、慣れ親しんだプロットの方法ggplot2がある
9. ネットワークデータの可視化 • 実は、ggplot2はネットワークのプロットにも使える! 1. ggnetwork(statnet) 2. Ggally(statnet) 3. Ggraph(igraph)
10. ネットワークデータの可視化 • これらのパッケージを用いることで、 1. 複数のレイヤーを重ねるようなプロットができる 2. ggplot2と同じように色の指定ができる 3. 書き方がggplot2と同じ感じ 使いやすい!
11. 使用するデータ 実際にやってみよう! 今回使うデータ • ergmパッケージにある高校生の関係性ネットワーク ノードの属性 • 人種、性別、学年、次数中心性(いくつのノードと つながっているか)
12. ggnetwork
13. ggnetwork
14. Ggally
15. Ggally
16. 終わりに • ggnetworkとGgally、どちらも同じようなプロットが可能 •使いやすい方をつかおう！！ • 今回はやらなかったけど、Ggraphでも同じようなことが できる…はず
17. 参考資料 • 鈴木努，2017，『Rで学ぶデータサイエンス8 ネットワー ク分析 第2版』共立出版
18. Enjoy! hochi(at)psy.senshu-u.ac.jp ※(at)は@に変換してください