Gorontalo didirikan pada tahun 1996 oleh Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas umat Islam melalui program Science and Technology Equity Program (STEP).
baik di Serpong maupun di Gorontalo dilimpahkan oleh BPPT kepada Departemen (kini Kementrian) Agama RI dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 490 tahun 2001, SMU Insan Cendekia diubah menjadi MAN Insan Cendekia Serpong dan MAN Insan Cendekia Gorontalo. Dengan subsidi pemenuhan kebutuhan pendidikan selama belajar, diharapkan MAN Insan Cendekia dapat menjadi madrasah impian untuk semua kalangan.
Desember 2004 dengan kualifikasi Madrasah Unggulan sebagai bukti dari komitmen Kementrian Agama untuk senantiasa meningkatkan kualitas pendidikan di Madrasah. Kemudian pada tanggal 22 januari 2007 MAN Cendekia Jambi melakukan joint manajemen Persiapan dan Operasional dengan MAN Insan Cendekia Serpong. Pada tahun ajaran 2013/2014 ketiga MAN tersebut bergabung dalam satu sistem Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB) secara nasional.
meraih medali perunggu pada Computer Science International Olympiad di Italia 2012 Beberapa Prestasi Internasional: 1. Medali Emas dalam Olimpiade Fisika Internasional di Bali tahun 2002 2. Medali Perak dalam Olimpiade Biologi Interasional di Kanada tahun 2007 3. Medali Perunggu dalam Olimpiade Biologi Internasional di Korea Selatan tahun 2010 4. Medali Perak dalam Olimpiade Kebumian Internasional di Yogyakarta tahun 2010 5. Medali Perak dalam Olimpiade Biologi Internasional tahun 2011 di Taiwan 6. Medali Perunggu dalam Olimpiade Ilmu Komputer Internasional di Italia tahun 2012
tahun pelajaran 2012/2013 2. Berusia Maksimal 17 tahun pada 1 Juli 2013 3. Pada semester 1 Kelas IX berada pada ranking terbaik pararel (dibuktikan dengan surat keterangan dari kepala madrasah/sekolah) dengan ketentuan sbb: a. 1-‐5 kelas berhak mengirimkan maksimal 5 siswa/i b. > 5 kelas berhak mengirimkan maksimal 7 siswa/i c. termasuk di dalamnya kelas unggulan atau kelas akselerasi 4. Khusus untuk siswa yang memiliki sertifikat kompetisi bidang sains tingkat nasional atau internasional serperti KSM, OSN, KIR yang diselenggarakan oleh Kemendikbud, Kemenag, Kemenristek, atau LIPI bisa masuk lewat jalur siswa berprestasi dibuktikan dengan surat rekomendasi siswa berprestasi dari kepala madrasah/sekolah dan sertifikat di luar kuota di atas. 5. Mempunyai minat yang kuat untuk melanjutkan studi
lengkap kelas IX semester 1 yang telah dilegalisir 2. Surat Rekomendasi (Surat keterangan ranking pararel atau surat keterangan siswa berprestasi dari kepala madrasah/sekolah) 3. Surat keterangan dari pimpinan pondok pesantren bagi yang tinggal dan belajar di MTs Pondok Pesantren 4. Pas foto berwarna ukuran 3 x 4 cm 5. Foto kopi akta kelahiran
2. Tes Akademik (Matematika, IPA, Bahasa Inggris, PAI dan Bahasa Arab) Kanwil Kemenag Provinsi seluruh Indonesia yang memiliki pendaftar minimal 30 peserta seleksi. Tempat Tes