若手から生命情報科学を問い直す@IIBMP2020

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September 02, 2020

 若手から生命情報科学を問い直す@IIBMP2020

IIBMP2020のワークショップ「生命情報若手研究者の現在と未来を考える」の発表資料です。

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September 02, 2020
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Transcript

  1. 若⼿から⽣命情報科学を問い直す 板⾕琴⾳@IIBMP2020

  2. 承前 • あくまで私個⼈の⾒聞や体験に基づく意⾒です。 • 偏った⾒⽅だと思うのでご指摘を。 • ぜひ Twitter (@kotone_nyt) にリプライください。

    • ここに参加している⼈はわかってる⽅々だと思います。
  3. ⾃⼰紹介 • 慶應義塾⼤学 政策・メディア研究科 後期博⼠課程 • 理研BDR ⼤阪地区 ⾼橋恒⼀研究室 リサーチアソシエイト

    • 参加プロジェクト • 富岳萌芽的課題 (4) での基盤ソフトウェア開発 • 細胞シミュレーションのためのゲノム編集ツールの開発 • 実験⾃動化に向けた要素技術の開発
  4. 私の⽣命情報科学観

  5. 学部時代 • 2011年4⽉ - 慶應義塾⼤学 環境情報学部に⼊学 • 2011年9⽉ - 冨⽥

    勝 研究室に参加 • 荒川 和晴 先⽣の元でソフトウェア開発に従事 • 主にターミナルやWeb系のアプリが中⼼ • 2012年3⽉ - オープンバイオ研究会に参加 • 2012年-2017年 - DBCLS主催BioHackathonシリーズに参加
  6. 完全にエンジニア

  7. Informatics 情報科学 Bioinformatics ⽣命情報科学 Bio ⽣命 + =

  8. Informatics 情報科学 Bioinformatics ⽣命情報科学 Bio ⽣命 + =

  9. 「⽣命情報科学の本質は情報科学である」 という致命的な勘違いに陥る。

  10. 「若⼿研究者とギークな話ができる!!!」と ⽣命情報科学若⼿の会に参加して現実を知る。

  11. バイオインフォマティクスをやってて インフォに興味がある⼈が少ない。 ※いないわけではない

  12. 今年のエピソード 若⼿の会の講演者としてDBCLSの⽚⼭さんをご招待。 「やってることはメインストリームじゃないですが それでもいいですか?」と⾔われてしまう。 私がメインストリームだと信じてきたことを ⼀瞬で全否定されてしまった悲しさ。

  13. なぜ⽣命情報科学の世界に情報技術に強い学⽣が⼊ってこない? 情報科学寄りの若⼿の視点から考えてみた。

  14. インフォ系学⽣あるある インフォ⼈材不⾜なので優遇される ↓ 情報技術がちょっとできるだけでちやほやされる ↓ ⽣物学的に新しいことを提案することを期待される ↓ 興味の範囲外なので⽴ち去っていく ↓ ⾝体は闘争を求め、アーマード・コアの新作が出る。

  15. 成功体験という呪い たいていの場合「インフォができる」の⽔準が恐ろしく低い。 ↓ 少しできただけで逃すまいとものすごい囲い込みが起きる。 ↓ ⾃分の実⼒を過⼤評価してしまうようになる。 ↓ その程度に情報技術が扱える⼈はいるので次第に埋もれていく。

  16. そもそも何がしたい? • 情報系の学⽣なんだからインフォがしたい。 • ソフトウェア書いたりインフラ作ったりしたい。 • パイプラインを作るのは楽しかったりする。 • 本質的な興味は「情報科学>⽣命科学」 •

    これを⾒誤るとお互いが不幸になる。
  17. インフォ系の学⽣を呼び込みたいのであれば 純粋にインフォだけでやっていけるようお膳⽴てが必要。 ※バイオインフォではないことに注意

  18. インフォ学⽣のトリセツ • インフォ系学⽣はバイオに興味がないと思うこと。 • そのことを責めないであげてほしい。 • 科学者ではなく技術者を育てるつもりで接する。 • 良い技術者はどこに⾏っても通⽤する。

  19. 技術者は必要か? • データを持つ巨⼈がAI時代を制した (GAFA)。 • バイオロジーのブームが来てから焦っても遅い。 • ⽇本は巨⼈になれるポテンシャルを持っている。 • KEGGやDDBJなど世界に通⽤するインフラがある。

    • DBCLSのような研究機関もある。
  20. 情報技術軽視の傾向 • ⽇本に限った話ではないしバイオに限った話でもない。 • AI/ML界隈でも情報技術は現場では軽視される。 • フレームワークを開発する側は頑張ってる。 • 逆に⾔えばリードを取るチャンスでもある。 •

    世界を牽引する⼈材を排出できるかもしれない。
  21. 私からのお願い • 情報技術に⼼酔する若⼿に優しくしてあげてほしい。 • 技術者として育つことを妨げないであげてほしい。 • 今こそ情報技術そのものの研究が必要。

  22. 今から情報技術者に投資することで 未来の⽣命情報科学が加速される。

  23. ⽣命科学者と情報技術者が共存できる世界を願います。

  24. 謝辞 ⽣命情報科学若⼿の会 スタッフ各位