Upgrade to Pro — share decks privately, control downloads, hide ads and more …

Statistical approaches for differential expression analysis in metatranscriptomics

Y-h. Taguchi
August 25, 2021

Statistical approaches for differential expression analysis in metatranscriptomics

ISMB/ECCB2021読み会
https://connpass.com/event/221002/
2021/8/30 14:00ー18:00

Y-h. Taguchi

August 25, 2021
Tweet

More Decks by Y-h. Taguchi

Other Decks in Science

Transcript

  1. Bioinformatics, 37, 2021, i34–i41 doi: 10.1093/bioinformatics/btab327 ISMB/ECCB 2021 Statistical approaches

    for differential expression analysis in metatranscriptomics Yancong Zhang, Kelsey N. Thompson , Curtis Huttenhower and Eric A. Franzosa
  2. Metatranscriptomics = Metagenomeのトランスクリプトランスクリプトーム版版 微生物集団の転写物をのトランスクリプ転写物をHTS(high throughput sequencing)で計測、で計測、計測、 種ごとの転写物ラごとのトランスクリプ転写物ライブラリにマッピング(計マッピング(計測ごとに「種計測ごとにマッピング(計「種種ごとの転写物ラ×転写物量 のトランスクリプ表」が出来ている」が出来ている、と出来ている、というている、という前提)前提)で計測、 問題点: 転写物のトランスクリプ量=一個体あたりの遺伝子あたりのトランスクリプ遺伝子の発現量のトランスクリプ発現量(A)×個体あたりの遺伝子数(B)

    なのトランスクリプで計測、(A)と(B)を分離できないと発現で計測、きないと発現差のある(のトランスクリプある(計測ごとに「種A)で計測、のトランスクリプ同定は不能。は不能。不能。 発現差のある(が出来ている、とあるかどう前提)は不能。(A)で計測、比べるべき。 べるべき。 (B)は不能。別途、メタゲノム版解析をしておけば推をしておけば推定出来るが、推定は不能。出来ている、というるが出来ている、と、そのトランスクリプ情報がが出来ている、と 無い場合もある。い場合もある。その場もある。そのトランスクリプ場合もある。その場どう前提)すれば推定出来るが、いいか?
  3. Work flow for taxon- specific normalization. (PeerJ, 2017年 http://dx.doi.org/10.7717/ peerj.3859)

    このトランスクリプ論文にはにマッピング(計は不能。taxon-specific normalizationのトランスクリプ説明が一が出来ている、と一 言もないので別論もないのトランスクリプで計測、別論文にはから 引用。 種ごとの転写物ラごとにマッピング(計RNA量を 規格化した後、遺伝子した後、遺伝子の発現量ごと にマッピング(計足し直してから発し直してから発現差してから発現差のある(が出来ている、と あると遺伝子の発現量を探す、といす、とい う前提)方法(計測ごとに「種黄と青が別種。濃と青が別種。濃が出来ている、と別種ごとの転写物ラ。濃 淡が遺伝子の種類が出来ている、と遺伝子の発現量のトランスクリプ種ごとの転写物ラ類)で計測、。 条件1 条件2 種ごとの転写物ラ2 種ごとの転写物ラ1 種ごとの転写物ラ1 種ごとの転写物ラ2 種ごとの転写物ラ1 種ごとの転写物ラ2 遺 伝 子の発現量 5 種ごとの転写物ラ 類 発 現 差のある( あ り
  4. x ijk :遺伝子の発現量iのトランスクリプ種ごとの転写物ラjのトランスクリプ条件kにマッピング(計おける転写量, x ik =Σ j x ijk C:

    x ijk /(Σ i=1 Nx ik /N),T: x ijk /(Σ i=1 Nx ijk /N),Tax RNA : Σ i=1 Nx ijk (計測ごとに「種個体あたりの遺伝子数のトランスクリプ代用)で計測、 DNAと書かれているものかれているものトランスクリプは不能。x ijk をメタゲノム版解析をしておけば推で計測、検出した遺伝子の発現量 数で計測、置き換えたもの。き換えたもの。えたものトランスクリプ。pは不能。形質(計測ごとに「種実験条件)で計測、依存性
  5. なんで計測、採択されたか?されたか? 正直してから発現差、わかりません。Eric A. Franzosaは不能。2016年以降一万回以年以降一万回以 上、引用されているMetatranscrpitomicsのトランスクリプ専門家のようなのでのトランスクリプよう前提)なのトランスクリプで計測、 それで計測、採択されたか?されたのトランスクリプで計測、は不能。ないか。 新しい分野で世界しい分野で世界に先駆けで計測、世界に先駆けてにマッピング(計先駆けてけてNature Methodにマッピング(計論文にはを出せれば推定出来るが、 ISMB/ECCBにマッピング(計も論文にはが出来ている、と採択されたか?されると言もないので別論えるだろう前提)。 だが出来ている、と、実験機器の開発現場からのトランスクリプ開発現場から遠い日本人にはこい日本人にはこれは難しにマッピング(計は不能。これは不能。難しいしい

    し、Nature Methodにマッピング(計論文には通すほうがすほう前提)が出来ている、とISMB/ECCBにマッピング(計論文には通すほうがすよ り難しいしそう前提)なのトランスクリプで計測、、日本人にはこれは難しが出来ている、と、ISMB/ECCBにマッピング(計論文には通すほうがすにマッピング(計は不能。どう前提)す べきかという前提)問のトランスクリプ答えにはならないえにマッピング(計は不能。ならないと思います。います。