なんでもできるPython-脳機能画像とPython-

なんでもできるPython-脳機能画像とPython-
みんなのpython勉強会#47で初LT

https://startpython.connpass.com

Transcript

1. なんでもできるPython 脳機能画像とPython
2. ࣗݾ঺հ • Twitterなど:βshort • Stapy歴：今⽇で３回 • ⼤学で勉強していること -fMRI(脳機能)データの解析 • 趣味：ブログやってます！ https://betashort-lab.com Kaggleも⼀応やってます！！ ⼈⽣初のLTです!!
3. 伝えたいこと 1. Pythonのライブラリが幅広い件 なんでも出来る!!(簡単に) 2. 脳機能画像とPython NIfTIファイルも扱える!! オリジナリティ
4. ϥΠϒϥϦͰͳΜͰ΋Ͱ͖Δ1ZUIPO 画像処理 したいな~ OpenCV Pillow
5. OpenCV
6. ϥΠϒϥϦͰͳΜͰ΋Ͱ͖Δ1ZUIPO 深層学習 したいな~ TensorFlow PyTorch
7. Keras
8. ϥΠϒϥϦͰͳΜͰ΋Ͱ͖Δ1ZUIPO Pydicom Kaggle気胸コンペ DICOM形式 って何？？？
9. Pythonのライブラリがあれば、 • どんなファイルも読み込める!! • なんでも出来る！！ Pandas matplotlib Numpy OpenCV PyTorch Django Scikit-Learn TensorFlow Mayavi pyaudio
10. 脳機能画像とPython 脳機能画像は、NIfTI形式が⼀般的 NIfTIって、 Pythonで読み込めるの？？ NIfTIとは、医⽤画像を扱うもの。 脳の座標など様々な情報と、画像データが保存されている。 2Dや3Dだけではなく、時間領域を含めた4Dデータを扱える。
11. 脳機能画像とPython Nipyライブラリで、NIfTI読み込めます！！ Pythonライブラリの充実×脳機能画像
12. Nipyを使ってみる #NipyでNIfTIファイルを読み込む img = nipy.load_image(data_path) #座標情報 coor = img.coordmap print(coor.function_domain.coord_names) print(coor.function_range.coord_names) function_domain.coord_names ('i', 'j', 'k', 't’) function_range.coord_names ('aligned-x=L->R’, 'aligned-y=P->A’, 'aligned-z=I->S’, 't') 出⼒
13. NiPy×matplotlib #NipyでNIfTIファイルを読み込む img = nipy.load_image(data_path) #Dataだけ、抽出する data = img.get_data() #アニメーションを作成 fig = plt.figure() ims = [] for i in range(data.shape[2]): im = plt.imshow(data[:, :, i, 1].T, cmap='gray', animated=True) plt.gca().invert_yaxis() ims.append([im]) ani = animation.ArtistAnimation(fig, ims, interval=100) ani.save('Axial.gif' ,writer = 'imagemagick’) 脳の下から上に移動しているGif
14. まとめ • Pythonは、なんでも出来る！ • ライブラリの充実で、簡単に実⾏ができる！ • 特殊なNIfTIファイルも簡単に読み込める！！
15. 初めてのLT終わり ご清聴ありがとうございました。