Introdução ao RMarkdown e ao Git

Minicurso ministrado para discentes da Pós-Graduação em Ecologia e Evolução da Universidade Federal de Goiás

Transcript

1. Introdução ao RMarkdown e ao Git Gracielle Higino Karlo Guidoni Martins 10 de junho de 2018 Seminário dxs Alunxs Universidade Federal de Goiás Programa de Pós-Graduação em Ecologia & Evolução 1/25
2. • BREVE APRESENTAÇÃO • MOTIVAÇÃO • REPRODUTIBILIDADE • LEMBRETES 2/25
3. BREVE APRESENTAÇÃO 3/25
4. MOTIVAÇÃO 4/25
5. MOTIVAÇÃO1 1PhD Comics 5/25
6. MOTIVAÇÃO2 2PhD Comics 6/25
7. MOTIVAÇÃO3 3Trevor Branch on Twitter 7/25
8. MOTIVAÇÃO4 4Lowndes et al. 2017, Our path to better science in less time using open data science tools - Nature Ecology & Evolution 8/25
9. REPRODUTIBILIDADE 9/25
10. REPRODUTIBILIDADE5 5Baker 2016, 1,500 scientists lift the lid on reproducibility - Nature 10/25
11. REPRODUTIBILIDADE6 “Reproducibility is like brushing your teeth. Once you learn it, it becomes a habitat” 6Baker 2016, 1,500 scientists lift the lid on reproducibility - Nature 11/25
12. REPRODUTIBILIDADE7 7Parker et al 2016, Transparency in Ecology and Evolution: Real Problems, Real Solutions - Trends in Ecology & Evolution 12/25
13. OBJETIVOS & EXPECTATIVAS 13/25
14. OBJETIVOS & EXPECTATIVAS8 8Rodríguez-Sanchez et al. 2016, Ciencia reproducible: ¿qué, por qué, cómo? - Ecosistemas 14/25
15. OBJETIVOS & EXPECTATIVAS9 9Vuorre and Curley 2018, Curating Research Assets: A Tutorial on the Git Version Control System - Advances in Methods and Practices in Psychological Science 15/25
16. OBJETIVOS & EXPECTATIVAS10 Cenário ideal VS Objetivos reais 10R Markdown from RStudio 16/25
17. OBJETIVOS & EXPECTATIVAS11 Cenário ideal VS Objetivos reais 11Vincent Driessen - A successful Git branching model 17/25
18. LEMBRETES 18/25
19. LEMBRETES12 “True reproducibility is really hard, but do not let this put you off.” “Instead, challenge yourself to add one more aspect to each of your projects.” “Partially reproducible research is much better than completely non-reproducible research.” 12Cooper and Hsing 2017, A guide to reproducible code in ecology and evolution - BES Guides 19/25
20. 20/25
21. 21/25
22. LEMBRETES13 13Barnes 2010, Publish your computer code: it is good enough - Nature 22/25
23. LEMBRETES14 14Hadley Wickham on Twitter 23/25
24. LEMBRETES15 15The Practical Dev on Twitter 24/25
25. 25/25