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Genomeeting 2016 Mexico

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recount: facilitando el análisis de miles de muestras de RNA-seq

Leonardo Collado-Torres

October 26, 2016
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Transcript

  1. recount: facilitando el análisis de miles de muestras de RNA-seq

    Leonardo Collado-Torres @fellgernon Genomeeting 2016
  2. Problema inicial: identificar regiones del genoma cuya expresión cambia a

    lo largo de la vida en los cerebros de los humanos
  3. Línea de investigación - annotation-agnostic - análisis reproducibles - datos

    accesibles - herramientas estadísticas para la comunidad genómica
  4. Genoma (ADN) Alineamiento de lecturas Adaptado de @jtleek Tipos de

    análisis comunes: • Conteo(genes, exones) • Ensamblado del transcriptoma
  5. Tamaño de proyectos ha aumentado 2009 (11) 2010 (46) 2011

    (121) 2012 (235) 2013 (408) 2014 (625) 2015 (548) 2016 (18) 7 8 9 10 11 12 Project size in base−pairs over the years log10 base−pairs per project https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/
  6. DER finder approach • Find contiguous base pairs with Differential

    Expression signal  DE Regions or DERs • Find nearest annotated feature
  7. Vector de covertura 2 6 0 11 6 Genoma (ADN)

    Covertura de lecturas Adaptado de @jtleek
  8. Identificando DERs del cerebro a través del desarrollo Fetal Infant

    Child Teen Adult 50+ 6 / grupo, N = 36 Datos iniciales Null: Alt: Modelos Resultados iniciales Jaffe et al, Nat. Neuroscience, 2015 50,650 DERs replicaron 63,135 DERs Resultados finales
  9. DERs asociadas a la edad no son específicas del DLPFC

    BrainSpan data Jaffe et al, Nat. Neuroscience, 2015
  10. Proportion of Cells Cambios de expresión podrían ser por un

    cambio de la población de células Jaffe et al, Nat. Neuroscience, 2015 Estimation method: Houseman et al, BMC Bioinformatics, 2012
  11. Problema inicial: identificar regiones del genoma cuya expresión cambia a

    lo largo de la vida en los cerebros de los humanos 1. derfinder permite descubrir regions diferencialmente expresadas y pegadas 2. Identificamos regiones que cambian su expresión en el cerebro 3. Creamos herramientas para compartir reportes reproducibles 4. Vía recount se pueden usar estas herramientas para analizar 2,040 projectos públicos
  12. Agradecimientos Asesores Jeffrey Leek Andrew Jaffe Colaboradores Alyssa Frazee Abhinav

    Nellore Michael Love Ben Langmead Rafael Irizarry EpiMap project SciServer Apoyo NIH LIBD JHU-Biostats CONACyT México
  13. Referencías + software + código: @fellgernon • Collado-Torres, et al.

    Nucleic Acids Research (2016) doi: 10.1093/nar/gkw852 – http://bioconductor.org/packages/derfinder – http://leekgroup.github.io/derSupplement/ • Collado-Torres, et al. F1000Research (2015) doi:10.12688/f1000research.6379.1 - http://www.bioconductor.org/packages/regionReport - http://leekgroup.github.io/regionReportSupp/ • Collado-Torres and Nellore, et al. bioRxiv (2016) doi: 10.1101/068478 – http://bioconductor.org/packages/recount – https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount • Nellore, Collado-Torres, et al. Bioinformatics (2016) doi:10.1093/bioinformatics/btw575 - rail.bio •Nellore, …, Collado-Torres, et al. bioRxiv (2016) doi:10.1101/038224 -intropolis.rail.bio • Jaffe, Shin, Collado-Torres, et al. Nat. Neurosci. (2015) doi:10.1038/nn.3898 – https://github.com/lcolladotor/libd_n36 – https://github.com/leekgroup/enrichedRanges