Linux Cluster Sederhana

Pengenalan Linux cluster untuk perhitungan komputasi material.

Transcript

1. Linux Cluster Sederhana Untuk perhitungan komputasi material by @phpurwoko
2. Linux Cluster http://www.pd4pic.com/images/-computer-linux-server-mail-icon-electronic-large.png http://publicdomainvectors.org/photos/softswitch.png Sekelompok komputer yang menjalankan sistem operasi Linux dan saling terhubung satu sama lain di dalam sebuah jaringan lokal.
3. High Performance Computing High Performance Computing (Komputasi Kinerja Tinggi) adalah metode menggunakan pemrosesan informasi secara paralel untuk menjalankan program komputer khusus untuk menyelesaikan permasalahan rumit di bidang sains, teknik, atau ekonomi. https://www.soilvision.com/consulting/img/high_perf ormance_computing.jpg
4. HPC/Superkomputer di ITB? http://i0.wp.com/TechAcute.com/wp-content/uploads/2015/06/Denise-Harwood-Hardware-Operations-Google-Data-Center-T he-Dalles-Oregon-blue-lights-led.jpg?resize=800%2C445
5. HPC/Superkomputer di ITB? Tempat kalkulasi TA Penggunaan HPC sebagai salah satu fasilitas untuk memecahkan permasalahan kompleks semakin umum, tidak hanya di institusi riset tetapi juga industri. Salah satu lembaga di Indonesia yang sudah membangun fasilitasi HPC: LIPI Banyak tawaran pemanfaatan HPC dari institusi luar negeri. Apakah kita cukup hanya menjadi user saja?
6. Hambatan • Anggaran • User • Engineer • Interest http://www.freeiconspng.com/uploads/go-back--gallery-for--financing-icon-6.png http://files.softicons.com/download/internet-icons/user-icons-by-2shi/png/256/user1.png
7. Solusi • Maksimalkan penggunaan fasilitas yang ada • Sharing ilmu/pengalaman • Buat SIG (special interest group)
8. Membuat Linux Cluster Sederhana Latar belakang: • Banyak server yang under-utilized (load < 10%) • Akses ke banyak server fisik (5 buah server dengan core >= 8) Contoh monitoring Linux cluster: http://mailadm.itb.ac.id/ganglia
9. Spesifikasi Master Node: • AMD (4 threads) • 8 GB RAM • Harddisk 300GB (shared to compute nodes using NFS) • Gigabit Ethernet Compute Nodes: • Intel (3x16 threads dan 2x8 threads) • 3x64 GB dan 2x32 GB RAM • Gigabit Ethernet
10. Alat Manajemen Konfigurasi Untuk melakukan manajemen konfigurasi digunakan aplikasi Ansible. Ansible dapat digunakan untuk melakukan konfigurasi pada beberapa server secara bersamaan sehingga administrator tidak perlu login satu per satu dan melakukan konfigurasi setiap server sendiri-sendiri. Ansible populer sebagai alat manajemen konfigurasi dalam praktik DevOps di bidang IT tetapi fiturnya yang sangat luas bisa diterapkan dalam praktik HPC. Alat manajemen konfigurasi yang lebih dulu populer untuk HPC adalah C3.
12. Modules Dalam penggunaan HPC, user dapat melakukan konfigurasi aplikasi-aplikasi apa saja yang diperlukan untuk menyelesaikan permasalahannya dengan menggunakan aplikasi Modules. User cukup me-load aplikasi-aplikasi yang dibutuhkan, selain itu juga mempermudah manajemen aplikasi-aplikasi yang terinstall di dalam HPC.
16. Alat manajemen kluster dan penjadwalan pekerjaan Untuk manajemen kluster dan penjadwalan pekerjaan (job scheduling) digunakan aplikasi SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management) karena aplikasi ini adalah salah satu aplikasi manajemen kluster open source yang tidak memerlukan modifikasi pada kernel dan mempunyai skalabilitas tinggi dan toleransi kesalahan yang tinggi.
22. Performa Linux Cluster... Quantum ESPRESSO 5.4.0 compiled using Intel Parallel Studio XE 2017.1 Kasus: Relaksasi Hydrazin Konformasi Anti Jumlah Node Jumlah Core per Node CPU Time Wall Time Energi Ground State 1 4 33m31.14s 43m17.89s -61.0774196698 Ry 2 4 34m42.08s 48m26.88s -61.0774196686 Ry 1 8 24m45.44s 31m47.78s -61.0774196686 Ry 2 8 18m52.86s 47m27.89s -61.0774196906 Ry
23. Performa Linux Cluster... GAMESS Aug 18, 2016 compiled using Intel Parallel Studio XE 2017.1 Kasus: exam01.inp: Methylene...1-A-1 state...RHF/STO-2G, 2x4 core CPU Time: 0.1 s Wall Time: 0.7 s
24. Semoga Bermanfaat NEXT: Research Software Engineer (http://www.rse.ac.uk/) “The People Behind Research Software”