(in Spanish) Case study: visualization of genomics data in R

Example on the use of R to visualize genomics data, suitable for heatmap or colored matrix representation in R with the ComplexHeatmap package.

Transcript

1. Uso de R para estudiar cepas de Acinetobacter haemolyticus Maria Semiramis Castro Jaimes Doctorado en Ciencias Biomédicas Programa de Genómica Evolutiva Centro de Ciencias Genómicas - UNAM 26 de junio de 2017
2. Acinetobacter haemolyticus: en el ambiente, en la piel sana y patógeno emergente Bacteremia, Neumonía, UTIs, meningitis Akbulut S, et al (2014), Boucher HW, et al (2009), Dijkshoorn et, al (2007), Gundi, et al (2009), Icgen B y Yilmaz F (2014), Luna, et al (2014), Morfin-Otero, et al (2012), Mujumdar SS, et al (2014), Yavankar SP, et al (2007), http://photos1.blogger.com/blogger2/3238/3582/1600/ba36%20copy.jpg
3. …en bacterias es complicado definir especies Griffiths, et al. An Introduction to Genetic Analysis, 8th ed. Chapt. 5, https://image.slidesharecdn.com/resistenciaaantibioticos-140520205318- phpapp02/95/resistencia-a-antibioticos-26-638.jpg?cb=1400619343
4. Las pruebas bioquímicas y medios diferenciales/selectivos: una aprox. http://www.scienceprofonline.org/science-image-libr/sci-image-libr-macconkeys-agar-2.html http://www.chromagar.com/fichiers/1498046145LF_EXT_057_V6.0_SC_WEB.pdf http://www.biomerieux-usa.com/clinical/api
5. Secuenciar uno o más genes nos ayuda a distinguir entre algunas especies https://www.youtube.com/watch?v=iQsu3Kz9NYo&t=32s
6. ¡Ahora podemos tener todo el genoma! https://www.illumina.com/ http://www.pacb.com/ https://nanoporetech.com/ …etc
7. …pero hay nuevos retos • ¿Dónde secuenciar?, ¿cuántas cepas? https://hmri.org.au/sites/default/files/research-sub-pages/bioinformatics-research.jpg • ¿Quién, cómo, dónde y con qué va a ensamblar los genomas? • ¿Qué preguntas tenemos? • ¿Es necesario tener todo el genoma?
8. Hibridación DNA-DNA (el estándar de oro) y cálculo de ANI (una aprox) Diferencia entre Tm homodúplex y Tm heterodúplex < 5 °C Rosselló-Mora R & Amann R, FEMS Microbiology Reviews 25: 39-67
9. Hibridación DNA-DNA (el estándar de oro) y cálculo de ANI (una aprox)
10. Analizar todo el genoma ahora es posible
11. Súper filogenias con genes core y el árbol de la vida L. A. Hug et al., Nat Microbiol 1, 16048 (2016)
12. El contenido de genes permite distinguir grupos de cepas
13. Sesión práctica
14. Figuras a reproducir con ComplexHeatmap (R/Bioconductor) pyANI Prokka + Roary Input
15. Prokka para uniformizar anotaciones + Roary para delimitar el core Richarson EJ & Watson M, Briefings in Bioinformatics, 14(1):1-12
16. Vista general de ComplexHeatmap()
17. Cómo usar ComplexHeatmap() • Entrada: matriz o data.frame • Datos / colores: [usar colors() para ver lista] – Discretos: vector de caracteres con structure() – Continuos: colorRamp2() de circlize
18. Cómo usar ComplexHeatmap() myHeatmap=Heatmap(mydataframe, name = "my first heatmap", col = my colors) • + Dendogramas, títulos, leyendas, anotaciones, etc… https://bioconductor.org/packages/release/ bioc/html/ComplexHeatmap.html