(in Spanish) Introduction to the Python libraries argparse, SeqIO and NetworkX

Examples with Python modules argparse for passing named command-line arguments, SeqIO to load and read biological data (genomic sequences), and NetworkX for the analysis of biological networks.

Transcript

1. argparse, SeqIO y un poco de networkx en el estudio de bacterias problemáticas en los hospitales LCG Ma. Semiramis Castro Jaimes Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
2. Acinetobacter baumannii: un patógeno oportunista problemático en los hospitales https://images.pexels.com/photos/236380/pexels-photo-236380.jpeg?auto=compress&cs=tinysrgb&dpr=2&h=650&w=940
3. Secuenciación masiva de genomas completos: las piezas del rompecabezas https://www.pacb.com/wp-content/uploads/20190322_10476_PacBio_Sequel2_R.jpg https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/images/systems/v2/systems-carousel/system-carousel-miseq-front.png Photo by Hans-Peter Gauster on Unsplash: https://images.unsplash.com/photo-1494059980473-813e73ee784b?ixlib=rb-1.2.1&ixid=eyJhcHBfaWQiOjEyMDd9&auto=format&fit=crop&w=500&q=60
4. Evaluación de los ensambles * Uso de distintos ensambladores y parámetros => muchos ensambles posibles organizados en carpetas •¿Es del tamaño esperado de un genoma del org. de interés? •¿Qué tan fragmentado está? •¿Tengo pedazos grandes?
5. argrparse: opciones y documentación usage: getAssemblyStats_v4.py [-h] [-p PATH] [-f FILE] [-m MIN] [-s SEQ] [-a ASSEMBLER] [-e EXCLUDE] optional arguments: -h, --help show this help message and exit -p PATH, --path PATH COMPLETE path with input file(s)/folder(s). The output file will be written there. BioPython and Numpy must be installed -f FILE, --file FILE Input file name. Examples: contigs.fa, final_contigs.fasta, polished_assembly.fasta -m MIN, --min MIN Min. contig length (# bases). Recommended: 300 -s SEQ, --seq SEQ Sequencing technology name. Examples: HiSeq, MiSeq,PacBio, etc -a ASSEMBLER, --assembler ASSEMBLER Assembler name. Examples: velvet, spades, ABySS, smrtools, other -e EXCLUDE, --exclude EXCLUDE Exclude contigs with len lesser than the m parameter. Default False. If True, it will write a new file with prefix minLen_
6. getAssemblyStats_v4.py
7. También podemos especificar tipo de dato y valor por default
8. SeqIO: Manejo de archivos de secuencia •Sequence Input/Output •Inspirado en Bio::SeqIO de Perl •Formatos: fasta, fastq, genbank, embl, pdb https://biopython.org/wiki/SeqIO
9. Formatos Genbank y Fasta https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP015366.1
10. Plásmidos de A. baumannii, organizados en distintos linajes - plásmidos que se parecen Datos de Salgado-Camargo et al, unpublished
11. networkx: ¿Cómo es la red? https://networkx.github.io/
13. Photo by Jens Johnsson on Unsplash: https://images.unsplash.com/photo-1470753937643-efeb931202a9?ixlib=rb-1.2.1&ixid=eyJhcHBfaWQiOjEyMDd9&auto=format&fit=crop&w=750&q=80
15. Conclusiones •Documentación user-friendly •Código para compartir •Programación - una herramienta indispensable para análisis de datos masivos