Upgrade to Pro — share decks privately, control downloads, hide ads and more …


Y-h. Taguchi
September 30, 2021



Y-h. Taguchi

September 30, 2021

More Decks by Y-h. Taguchi

Other Decks in Science


  1. データセット(マウス) GSE1278GSE127892 2遺伝子形:APP_NL-F-G GSE1278と C57Bl/6 2臓器:皮質と海馬と海馬 4週齢:3, GSE12786, GSE127812, GSE127821

    GSE1278週 2性別: ♂と♀と♀ 4枚の の神経疾患の創薬 96 GSE1278well GSE1278plates 1well=1細胞 2×2×4×2×4×96= 12288細胞!
  2. j 1 : well j 2 :遺伝子形(j 2 =1: APP_NL-F-G,

    j 2 =2: C57Bl/6) j 3 :臓器(j 3 =1:皮質と海馬,j 3 =2:海馬) j 4 :週齢(j 4 =1から4:3,6,12,21週) j 5 :性別(j 5 =1:♂,j 5 =2:♀) j 6 :プレート i:遺伝子
  3. TOP: alvocidib(別名:flavopiridol ) Leggio GM, Catania MV, Puzzo D, et

    al. The antineoplastic drug flavopiridol reverses memory impairment induced by Amyloid-ß1- 42 oligomers in mice.a1-42 Pharmacol Res 2016; 106: 10-20. 第2位: AZD-8055 Hein LK, Apaja PM, Hattersley K, et al. A novel fluorescent probe reveals starvation controls the commitment of amyloid precursor protein to the lysosome. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res 2017; 1864(10): 1554-65. “In line with this finding, suppression of mTOR signalling using AZD8055 also strongly induced trafficking of APP to the endo- lysosomal system.”
  4. “DrugMatrix” 1,5,10位; cyclosporin-A Van Den Heuvel C, Donkin JJ, Finnie

    JW, et al. Downregulation of amyloid precursor protein (APP) expression following post-traumatic cyclosporin-A administration. J Neurotrauma 2004; 21(11): 1562-72.
  5. “Drug Perturbations from GEO up” Eisele YS, Baumann M, Klebl

    B, Nordhammer C, Jucker M, Kilger, E. Gleevec increases levels of the amyloid precursor protein intra-cellular domain and of the amyloid-egrading enzyme neprilysin. Mol Biol Cell 2007; 18(9): 3591-600.
  6. 401遺伝子を用いた遺伝子発標的とする転写因子 “ENCODE and ChEA Consensus TFs from ChIP-X” MYC, NELFE,

    TAF7, KAT2A, SPI1, RELA, TAF1, PML → アル分解を用いた遺ツハイマーに最も大きな影響関係 401遺伝子を用いた遺伝子発標的とするmiRNA “miRTarBase 2017” hsa-miR-320a, hsa-miR-1260b, hsa-miR-652-3p, hsa-miR-744-5p, hsa-miR-16-5p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-615-3p, hsa-miR-484, hsa-miR-296-3p, hsa-miR-423-5p → アル分解を用いた遺ツハイマーに最も大きな影響関係
  7. 教師あり法との比較あり法との比較(法との神経疾患の創薬比較(by GSE1278reviewers): coupled GSE1278matrix GSE1278and GSE1278tensor GSE1278factorization(CMTF) χ:テンソル分解を用いた遺 A,B,C:テンソル分解を用いた遺分解を用いた遺伝子 Y:教師あり法との比較データ

    → 遅くて全く動かなくて全く動かなかっ全く動かなかったく動かなかったかな影響を与えるとかった遺伝子発現から...。 (∵教師あり法との比較あり法との比較(学習は収束するまでは使えるか?収束するまで何回もするまで化合物をランキ何回も計算がいも大きな影響を与計算がいが補正い るが補正教師あり法との比較な影響を与えるとし学習は収束するまでは使えるか?一回も計算がいしか計算がいしな影響を与えるとい)