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kubernetesでGPUを 管理するために スケジューラをいじってみた

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September 17, 2018

kubernetesでGPUを 管理するために スケジューラをいじってみた

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uesyn

September 17, 2018
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  1. kubernetesでGPUを 管理するために スケジューラをいじってみた

  2. • 名前:上村 真也(@uesyn) • 所属:KDDI株式会社 • 主な業務内容 ◦ 新しいサーバインフラ基盤の検証 (NFV向け/コンテナ/GPU)

    ◦ NFV人材育成講師 • 趣味 ◦ ゲーム(特にFPS) 自己紹介 Gopher君
  3. 皆さん kubernetes 使ってますか?

  4. それでは本題

  5. 背景〜ある会社の研究所のお話〜 • 研究者がGPUを欲しがる • GPUを割り当てたリソースをユーザに提供(手動) GPUを1つください 研究者 研究者 兼 研究所インフラ担当者

    はい、どうぞ 社内の GPU搭載サーバ群
  6. Problems 丹精込めた愛情たっぷり手作り GPUリソース • 管理者がボトルネックとなり払い出しに時間がかかる 社内で利用するGPUリソースを共通化できていない • 規模の経済が働かない パブリッククラウドの GPUリソースを利用できない

    • 社外に出せないデータの存在 • 必然的に社内基盤が必要 共通GPU演算基盤が必要!!!
  7. Can we solve them with kubernetes? 7

  8. GPUをkubernetesで管理する 検証環境を作ってみました!

  9. kubernetes Master GPU Servers CPU Servers Ingress Controller(ユーザごとに分離) ストレージ Kubernetesのワーカーノード

    GPUを使わない処理用 実際に作った環境の構成
  10. 基板上に作ったサンプルアプリ アプリについて • 動画上の物体検出 • アップロードされた動画を リアルタイム処理 ・解析するワーカーをいつでも増減可能   ・GPUでもCPUでも解析可能

  11. やったこと 1) GPUを使うコンテナのスケジューリング 2) 1クラスタでマルチテナント環境な基盤 • GPU搭載ノードは共有 • GPU非搭載ノードは専有 3)

    コンテナ基盤のセキュリティの検証 • スケジューラに関しては ドキュメントがない部分も。。。 • セキュリティは社内利用なので甘々に 今日はここのお話
  12. kubernetesのGPUリソースの管理 • kubeletでは最小限のデバイスディスカバリのみサポート ◦ CPUやメモリやディスク ◦ GPUは標準で管理されない • ベンダー固有のデバイスはExtended ResourceとDevice

    Pluginとで管理
  13. Extended ResourceとDevice Plugin Extended Resource • Built-inされているリソース以外の数を表現 ◦ ResourceNameと数(integer) ◦

    0.5個GPUが欲しいといった要求不可能 • コンテナ間の共有・オーバーコミット不可能 Device Plugin • ベンダー固有デバイスを kubeletへ通知 • デバイスをAllocateする情報をkubeletへ渡す • kubernetesのコアコードをいじらず実装可能 • NVIDIAのGPUを扱うにはNVIDIA/k8s-device-plugin ◦ https://github.com/NVIDIA/k8s-device-plugin
  14. Device Pluginについて • Registry ◦ Device Pluginをkubeletへ登録 ◦ 利用するExtended ResourceNameを通知

    • ListAndWatch ◦ 利用可能なデバイスをkubeletへ通知 • Allocate ◦ コンテナ作成前にCRI-Specへ下記の値を挿入 ▪ 環境変数 ▪ マウント ▪ デバイス ▪ アノテーション 出典:https://github.com/kubernetes/community/blob/master/contributors/ design-proposals/resource-management/device-plugin.md
  15. NVIDIAのGPU用Device Pluginのコードを読んでみると・・・ 15 NVIDIA/k8s-device-plugin • NVIDIAのGPUをkubernetesで扱うためのDevice Plugin • Allocateで実装されているのは 環境変数をコンテナ作成時に挿入するのみ

    https://github.com/NVIDIA/k8s-device-plugin/blob/v1.10/server.go
  16. Device PluginだけじゃGPUは使えない! NVIDIA container runtime • コンテナでNVIDIAのGPUを利用できるようにしたものの総称 ◦ libnvidia-containerやツール等 •

    特定の環境変数(NVIDIA_VISIBLE_DEVICES)が入っていればGPUを割り当て • OCIで定義されるprestart hookでnvidia-container-runtime-hookを呼び出す ◦ コイツがGPUをコンテナに割り当てる 出典:https://devblogs.nvidia.com/wp-content/uploads/2018/05/pasted-image-0-27.png
  17. GPUを持ったコンテナの起動 • CPUやmemoryのようにrequests, limitsを指定して利用 • GPUの場合limitsのみで動作 ◦ limitsのみを指定した場合requestsも同じ値になる ◦ requestsを書く場合limitsも同じ値を指定する必要

  18. GPUコンテナのスケジューリングの課題 実際に発生した状況 • GPUを2つ搭載するノードが2台ある • 以下の順番でPodを起動 1. GPUを1つ使うPod① → ◦ 2. GPUを1つ使うPod② → ◦

    3. GPUを2つ使うPod③ → X • でも2つのGPU空きリソースが存在 ノード1 ノード2 Pod① Pod③ Pod②
  19. GPUコンテナのスケジューリングの課題 理想としては・・・ • リソース効率を考えると GPUは使用率が高くなるように 埋まってくれると嬉しい ノード1 ノード2 Pod③ Pod②

    Pod①
  20. スケジューリングを実施するコンポーネント kube-apiserver kube-scheduler kube-controller-manager kubelet kube-proxy これがスケジューリングする マスター側 ノード側

  21. スケジューラの設定を変えれば いけるんじゃないか?

  22. kubernetesのスケジューリング • kube-schedulerがPodをスケジューリング ◦ Predicates ▪ Podを配置可能なノードを通すフィルタ ◦ Priorities ▪

    Podが配置できるノードの中で最適なノードを決定 ノード A ノード B ノード C ノード A ノード B Predicates (フィルタ) ノード C Priorities (ランキング付け) ノード A ノード B この設定を変更すれば…?
  23. Prioritiesのざっくりとした仕組み PriorityC のスコア PriorityA のスコア PriorityB のスコア 重み 重み 合計がノードのスコア

    Priorities • いくつかのPriorityを付ける処理の組み合わせで構成 ◦ 例: ▪ LeastRequestedPriority: PodのリソースのRequest合計が少ないノード優先 ▪ BalancedResourcePriority: CPUとメモリの使用率のバランスをとるように 重み
  24. 使えそうなPriorityを探してみた(1/2) • pkg/scheduler/algorithm/prioritiesの中で使えそうなPriorityはないか? ◦ ImageLocalityPriority ◦ InterPodAffinityPriority ◦ NodeAffinityPriority ◦

    NodeLabelPriority ◦ NodePreferAvoidPodsPriority ◦ ResourceLimitsPriority ◦ SelectorSpreadPriority ◦ TaintTolerationPriority ◦ LeastRequestedPriority ◦ BalancedResourcePriority ◦ MostRequestedPriority • 漏れがあったらごめんなさい 使えそう?
  25. • CPUとメモリの使用率が高いノードを優先的にコンテナを起動する設定は存在 • GPU(Extended Resource)は対象外 https://github.com/kubernetes/kubernetes/blob/release-1.10/pkg/scheduler/algorithm/priorities/most_requested.go 使えそうなPriorityを探してみた(2/2)

  26. なら、スケジューラを拡張 するしかない!

  27. kubernetesのschedulerの拡張方法 1. kube-schedulerに手を加えて、既存のものと置き換える • 基盤をVerUPするたびに手を加える必要があり 2. Multiple-scheduler • 実はkubernetesでは複数のスケジューラを起動可能 ▪

    実際に使うスケジューラはどれか一つ ▪ 既存のものと拡張したものを配置すれば • PodのSpecにスケジューラを指定 • ユーザ側の操作が不可欠なため、好ましい方法ではない 3. Scheduler extender • kube-schedulerが呼び出す外部APIとして実装される 今回はこれを採用
  28. Scheduler extenderの作り方 Scheduler extenderを利用したスケジューリング kube-scheduler Predicates kube-scheduler Priorities ノード A

    ノード B ノード scheduler-extender Predicates scheduler-extender Priorities • 標準のkube-schedulerで管理されていないリソースのスケジューリングのために必要だと書いてあった 出典:https://github.com/kubernetes/community/blob/master/contributors/design-proposals/scheduling/scheduler_extender.md
  29. Scheduler Extenderをこんな感じで作ろう ノード1 ノード2 • GPUの専有枚数の多いほどがスコアが高くなるように ◦ Priorityのみ実装 • スコア

    =  ( リクエストGPU数 + ノード上の専有されている GPU数) / ノードが持ってるGPU数 * 10 ◦ Maxが10になるように正規化 ▪ Priorityのルール Pod① GPUを1つください スコア = (1+1) / 2 * 10 = 10 スコア = (1+0) / 2 * 10= 5
  30. Scheduler extenderの実装 • ↓こんなリクエストがくるので https://github.com/kubernetes/kubernetes/blob/release-1.10/pkg/scheduler/api/types.go

  31. Scheduler extenderの実装 • ↑こんなリプライを返してあげる https://github.com/kubernetes/kubernetes/blob/release-1.10/pkg/scheduler/api/types.go https://github.com/kubernetes/kubernetes/blob/release-1.10/pkg/scheduler/api/types.go

  32. 実装していい感じに動きました!

  33. Scheduler Extenderが動作していない時の挙動 https://github.com/kubernetes/kubernetes/blob/release-1.11/pkg/scheduler/api/v1/types.go • v1.10 ◦ Ignorableがtrueの挙動 • v1.11 ◦

    Configで設定可
  34. Scheduler Extenderが動作していない時の挙動 https://github.com/kubernetes/kubernetes/blob/release-1.10/pkg/scheduler/api/v1/types.go

  35. GPU何枚使ってるかどうやって調べるの? ~ノード単位で見る場合①~ • とりあえずkubectl describe node (Client v1.10) 何枚使ってるかわからん!

  36. GPU何枚使ってるかどうやって調べるの? ~ノード単位で見る場合②~ • とりあえずkubectl describe node (Client v1.11) ◦ 1.11からExtended

    ResourceのAllocated resoucesも見れるように!
  37. GPU何枚使ってるかどうやって調べるの? ~クラスタ全体で見る場合~ • kube-state-metricを使う ◦ v1.4.0からExtended Resourceもmetricsとして収集可能に! https://github.com/kubernetes/kube-state-metrics/pull/451

  38. おわり