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rstanの環境構築 / Set Up rstan

松村優哉
September 11, 2021

rstanの環境構築 / Set Up rstan

松村優哉

September 11, 2021
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  3. $ ίϯύΠϥͷΠϯετʔϧ 8JOEPXT • RStudioΛ࠷৽൛ʹ →https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ • rtools40v2-x86_64.exeΛμϒϧΫϦοΫ • جຊ͸ΠΤεϚϯͰ0,

    • ΠϯετʔϧͰ͖ͨΒɺύεΛ௨͢ • ҎԼͷίϚϯυΛɺ3্Ͱೖྗ • ύοέʔδΛιʔε͔ΒΠϯετʔϧͯ͠ɺΤϥʔͳ࣮͘ߦͰ͖Ε͹0, writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}¥¥usr¥¥bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron") install.packages("jsonlite", type = "source") 3ͷઃఆϑΝΠϧ
  4. STUBOύοέʔδͷΠϯετʔϧ • 8JOEPXT .BDڞ௨ • ҎԼͷίϚϯυΛɺ3্Ͱೖྗ • ؀ڥߏங͸ɺ͜ΕͰ׬ྃͰ͢ɻ • ָ͍͠ϕΠζ౷ܭϥΠϑΛʂ

    ΋͠ݹ͍STUBOύοέʔδ͕͋Δͱ͖͸ɺ িಥΛආ͚ΔͨΊʹɺ೦ͷͨΊ࡟আ͓ͯ͘͠ remove.packages("rstan") # rstan パッケージのインストール install.packages("rstan")
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    ͍ͯΔˠόʔδϣϯʹΑͬͯ͸Τϥʔʹɻ • ύοέʔδͷΞοϓσʔτΛͨ͠ΒɺṖͷΤϥʔ͕ग़ΔΑ͏ʹͳͬͨɻ • ࠶ݱੑͷ໰୊ • STUBO͸ґଘύοέʔδ͕ଟ͍ˠύοέʔδͷόʔδϣϯ͕ҧ͏͜ͱ Ͱɺܭࢉ݁Ռ͕มΘΔ͜ͱ΋ʜ ؀ڥʢ3 34UVEJP ֤छύοέʔδʣΛͻͱ·ͱ·Γʹͯ͠ɺ ௚઀Πϯετʔϧ͸ͤͣʹ࢖͏ͱ͍͏ൃ૝
  6. %PDLFSͰSTUBOೖΓ 34UVEJP4FSWFSΛಈ͔͢ • STUBOೖΓͷ34UVEJP4FSWFSͷ%PDLFSΠϝʔδ͸ɺ LPTVHJUUJSTUBOFOW͕࢖͍΍ͦ͢͏ͳͷͰഈआ • %PDLFS͕ΠϯετʔϧͰ͖͍ͯΕ͹ɺҎԼͷίϚϯυΛଧͯ͹ى ಈͰ͖Δʢ.BDͳΒλʔϛφϧ͔Βɺ8JOEPXTͳΒίϚϯυϓϩ ϯϓτ͔Βʣ •

    ϒϥ΢βͰMPDBMIPTUʹ઀ଓ docker pull kosugitti/rstan-env # ファイルを置いたりするディレクトリ(ここでは/Users/ymattu/Desktop/TokyoR94)を⽤意しておく docker run -e PASSWORD=hogehoge -v /Users/ymattu/Desktop/TokyoR94:/home/rstudio --rm -p 8787:8787 kosugitti/rstan-env
  7. %PDLFSར༻ͷࡍͷ஫ҙ఺ • ࠷ۙར༻ن໿͕සൟʹมΘ͍ͬͯΔͷͰ஫ҙ • %PDLFS )VCͰແྉϓϥϯͰ͸ΠϝʔδͷࣗಈϏϧυ͕Ͱ͖ͳ ͘ͳͬͨ • https://www.docker.com/blog/changes-to-docker-hub-autobuilds/ •

    %PDLFS%FTLUPQ͕৚݅෇͖Ͱ༗ྉʹ • ঎༻ར༻͸໊Ҏ্ͷࣾһ·ͨ͸.ZFBSͷചΓ্͕͛͋Δ૊ ৫Ͱ͸༗ྉαϒεΫϦϓγϣϯ͕ඞཁ • https://www.docker.com/blog/updating-product-subscriptions/
  8. ·ͱΊ • 8JOEPXT  3ͷΠϯετʔϧ  3UPPMTͷΠϯετʔϧ 3. insstall.packages("rstan") •

    .BD • 3ͷΠϯετʔϧ • $PNNBOEMJOFUPPMTGPS9DPEFͷΠϯετʔϧ • insstall.packages("rstan") • $-*ૢ࡞ʹ఍߅͕ͳ͍ਓ͸%PDLFS΋͋Γ