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Sho Iizuka
February 02, 2015
Programming
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50
FM-index による全文検索
https://kujira16.hateblo.jp/entry/2015/02/06/210630
Sho Iizuka
February 02, 2015
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Transcript
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• จॻ͔ΒจࣈྻΛݕࡧ͢Δํ๏2௨ΓʹྨͰ͖Δ A. લॲཧ͕ෆཁͳํ๏ (ྗͤͳํ๏, KMP๏, BM๏) B. લॲཧ͕ඞཁͳํ๏ (సஔΠϯσοΫε,
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લॲཧ̍ɿඌࣙྻͷߏங จॻ mississippi mississippi$ ΤϯυϚʔΧ$ΛՃ mississippi$ ississippi$ ssissippi$ sissippi$ issippi$
ssippi$ sippi$ ippi$ ppi$ pi$ i$ $ ඌࣙͷྻڍ
લॲཧ̍ɿඌࣙྻͷߏங 0 mississippi$ 1 ississippi$ 2 ssissippi$ 3 sissippi$ 4
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લॲཧ̎ɿBWT (Burrows-Wheeler Transform) 11 $ 10 i$ 7 ippi$ 4
issippi$ 1 ississippi$ 0 mississippi$ 9 pi$ 8 ppi$ 6 sippi$ 3 sissippi$ 5 ssippi$ 2 ssissippi$ ݩͷจࣈྻʹ͓͚Δ ͻͱͭલͷจࣈʹ͢Δ i p s s m $ p i s s i i BWTจࣈྻT
ݕࡧॲཧ • BWTจࣈྻT = ipssm$pissii ʹ͍ͭͯ, ࣍ͷؔΛఆٛ͢Δ • Rank(c,p) :
T[0,p)ͷൣғͰ, ΞϧϑΝϕοτcͷग़ݱΛฦ͢ • RankLT(c) : TશମͰ, cΑΓॱҐ͕খ͍͞ ΞϧϑΝϕοτͷग़ݱΛฦ͢
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ݕࡧॲཧ • FM-index, ݕࡧจࣈྻʹରԠ͢ΔҐஔͷߜΓࠐΈΛ LF-mappingͷ܁Γฦ͠ʹΑͬͯߦ͏ • LF-mapping Rank ͱ RankLT
Ͱߦ͑Δ • ͜ͷ2ͭͷॲཧ, ΣʔϒϨοτΣʔϒϨοτߦྻΛ͑ O(log σ) ࣌ؒͰՄೳ (σ ΞϧϑΝϕοτͷछྨ) • LF-mappingΛݕࡧจࣈྻQͷ͚ͩ͞܁Γฦ͢ͷͰ, Ұճͷݕࡧ͕O(m log σ) ࣌ؒͰՄೳ (m Q ͷจࣈ) • ݕࡧ͕࣌ؒจॻͷ͞ʹґଘ͠ͳ͍
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(C++), boost-pythonʹΑΓPython༻ͷ֦ுϞδϡʔϧʹม • Flask (Web App Framework@Python) ͔Βݺͼग़͢
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