薬学部出身の新卒営業がAmazon Bio Discoveryで自由研究してみた！

2026年10月24日に開催されたDevelopersIO 2026 Tokyoで、「薬学部出身の新卒営業がAmazon Bio Discoveryで自由研究してみた！」というタイトルで登壇しました！

Transcript

1. 薬学部出⾝の新卒営業が Amazon Bio Discoveryで ⾃由研究してみた！ クラスメソッド株式会社 楠 啓介 東⽇本営業本部 アカウント営業部
2. ⾃⼰紹介 名前：楠 啓介 所属：アカウント営業部 ⼊社：2026年 新卒（営業） 出⾝：⼤阪(⾼校まで)→京都(⼤学) ⼤学時代：薬学部💊 好きな国：フィンランド ⼊社のきっかけ : AIにオススメされ、クラメソを発⾒！
3. 今⽇は何について話す？？ AWS Summit Japan 2026で出会ったサービス Amazon Bio Discovery というサービスについて話します！！ 多少薬学の知⾒はあるが、AWSはほとんど触ったことない そんな⾃分でも実験はできるのか！？ そもそも、Amazon Bio Discoveryとは何なのか？
4. 1. どんなサービスなのか？
5. 公式ブログとDevelopersIOにしか情報がない！
6. Amazon Bio Discoveryとは AI駆動型の抗体医薬開発に特化した統合クラウドアプリケーション AIモデルに直接アクセス 40以上の創薬‧バイオAIモデルを環境構築不要 で利⽤可能 候補の⽣成と評価 タンパク質構造データから抗体候補を設計 提携ラボへ発注‧⾃動連携 画⾯から直接ウェットラボへ委託し、その結果 を戻せる Build：モデルを選ぶ ↓ Design：候補を作る ↓ Test：ラボへ出す ↓ Learn：結果を戻す https://aws.amazon.com/jp/biodiscovery/
7. なにが変わったか 薬ができるまで ① 設計する ② 実物を作る ③ 結合を測定 ④ 効くか見る これまで このサービス 計算環境 GPUを⽤意しモデルを⼊れる ブラウザだけ。40以上のモデル モデル選び 論⽂を読んで⾃分で選ぶ ベンチマーク付きのカタログ 試験の発注 ⾃分たちでor別々に⼿配 画⾯から提携ラボへ 結果の反映 ⾃分で突き合わせる 元の実験に⾃動で戻る 期間（事例） 従来の設計⼿法では最⼤1年 数週間(公式ブログ)
8. 今回やってみたこと PD-1にくっつく抗体を設計する（抗体医薬） 抗体：決まったタンパク質だけにくっつく分⼦ 今回の標的タンパク質は PD-1 PD-1は、免疫の働きを抑えるタンパク質 働きを⽌めると、免疫ががんを攻撃できる PD-1を発⾒した本庶佑⽒らが、 2018年にノーベル⽣理学‧医学賞を受賞 ※今回やるのは設計だけで、実物はつくらない
9. 2. 実際に触ってみた！！
10. 今回やったのは、この5ステップ STEP1 プロジェクト作成 STEP2 レシピ選択 STEP3 標的を取り込む STEP4 狙う部位を選ぶ STEP5 実⾏
11. 拡⼤するとこんな感じ
12. 押す前に⾒積もりが出たが... ⾒積 実消費 0.50 EU 0.50 EU EU = Experiment Unit（実験単位） ただし、実⾏には57分56秒かかった
13. 3. 果たして、できたのか？？？
14. ⽣成された！！！1つ⽬ rfantibodyが出した構造 ⼊⼒：PD-1の構造と、狙う部位の指定 ▪ オレンジ：標的のPD-1 ▪ 緑：設計された抗体
15. ⽣成された！！！2つ⽬ boltz2が出した構造 ⼊⼒：rfantibodyがつくった配列の⽂字 列 ▪ オレンジ：標的のPD-1 ▪ 緑：設計された抗体
16. 10候補に増やしてみた！ 1件では分からないので、10件に増やした • • • • • AI要約に「候補が1件では順位がつかない」と出た 同じ設定で9件追加 計10件、全部ちがう配列 同じ設定でも候補ごとに分散あった 可視化してみよう！
17. 10候補を重ねてみた
18. 2つのモデルはどう違うのか
19. 注意点 ただし、実際にこれらがくっつくかはわからない なぜ分からない？ 確かめるには 計算で詰めるなら これはパソコンの 中の予測であり、 実際に測定したわ けではないから ラボで実物を作っ て測定する必要が ある（Amazon Bio Discoveryにはこの 機能があるが、今 回は未使⽤） 分⼦動⼒学（MD） シミュレーション などの⼿がある
20. 4. 感想とまとめ
21. ⽣成はできたが、確かめる⼒は別に必要 できたこと ⾒えた課題 • 操作にコードは要らなかった • インフラ構築なしで抗体の構 造候補を⽣成できた たくさん出てくる構造や数字を どう読むかには、さらなる知識 が必要だと分かった
22. まとめ サミットで⾒つけた、あまり知られていないサービスに触れられてよ かった！！これを機に知っていただきたいです！ 実際に触ってみると、知識が⼗分ある⼈にはかなり便利そうだとわかった ただし、まだすべての機能を触れたわけではない これを機にもっと触ってみたい！！