tiempo • Permite probar tu código automáticamente en winOS, macOS, linux, docker ◦ https://docs.github.com/en/actions/reference/virtual-environments-for-github-host ed-runners • Marco de referencia para reproducibilidad ◦ Particularlmente cuando usas docker http://bioconductor.org/help/docker/ ◦ Gracias a https://www.rocker-project.org/ • También es de vanguardia ◦ Puedes encontrarte con los errores más nuevos de R ◦ Potencialmente te encontrarás con problemas de instalación • https://github.com/r-lib/actions • https://www.jimhester.com/talk/2020-rsc-github-actions/
GHA con tu paquete de R • Incluye código GitHub Actions que es amigable con Bioconductor ◦ https://lcolladotor.github.io/biocthis/reference/use_bioc_github_action.html ◦ Bioconductor docker + macOS + winOS ◦ R CMD build + check + BiocCheck ◦ covr: covertura de código ◦ pkgdown: sitio web de documentación de tu paquete • Tiene funciones similares a usethis adaptadas a las necesidades de Bioconductor (y/o mías) ◦ https://lcolladotor.github.io/biocthis/reference/use_bioc_vignette.html crea una vignette con BiocStyle y la estructura que uso en mis paquetes de R/Bioconductor • Incluye 4 scripts dev/*.R que te guiarán para hacer tu paquete de R/BioC
Abre RStudio (con R 4.0.x) 2. Instala BiocManager: install.packages("BiocManager") 3. Instala biocthis: BiocManager::install("biocthis") 4. Crea tu paquete: usethis::create_package("biocthistest") 5. Agrega los 4 scripts de prueba: biocthis::use_bioc_pkg_templates() 6. Empieza con el primer script de R en biocthistest/dev https://lcolladotor.github.io/biocthis/