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biocthis_ConectaR2021

 biocthis_ConectaR2021

biocthis: crea paquetes de R/Bioconductor

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Leonardo Collado-Torres

January 27, 2021
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Transcript

  1. biocthis: crea paquetes de R/Bioconductor Leonardo Collado Torres lcolladotor.github.io 2021-01-28

  2. LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT usethis: infraestructura que facilita crear

    paquetes de R • https://usethis.r-lib.org/ • usethis::create_package() https://usethis.r-lib.org/refer ence/create_package.html
  3. LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT GitHub Actions • Te ahorran

    tiempo • Permite probar tu código automáticamente en winOS, macOS, linux, docker ◦ https://docs.github.com/en/actions/reference/virtual-environments-for-github-host ed-runners • Marco de referencia para reproducibilidad ◦ Particularlmente cuando usas docker http://bioconductor.org/help/docker/ ◦ Gracias a https://www.rocker-project.org/ • También es de vanguardia ◦ Puedes encontrarte con los errores más nuevos de R ◦ Potencialmente te encontrarás con problemas de instalación • https://github.com/r-lib/actions • https://www.jimhester.com/talk/2020-rsc-github-actions/
  4. LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT GHA provee computadoras gratis (hasta

    6 horas)
  5. LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT biocthis: te ayuda a usar

    GHA con tu paquete de R • Incluye código GitHub Actions que es amigable con Bioconductor ◦ https://lcolladotor.github.io/biocthis/reference/use_bioc_github_action.html ◦ Bioconductor docker + macOS + winOS ◦ R CMD build + check + BiocCheck ◦ covr: covertura de código ◦ pkgdown: sitio web de documentación de tu paquete • Tiene funciones similares a usethis adaptadas a las necesidades de Bioconductor (y/o mías) ◦ https://lcolladotor.github.io/biocthis/reference/use_bioc_vignette.html crea una vignette con BiocStyle y la estructura que uso en mis paquetes de R/Bioconductor • Incluye 4 scripts dev/*.R que te guiarán para hacer tu paquete de R/BioC
  6. LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT Ejemplos: recount3 • https://github.com/LieberInstitute/recount3 •

    http://research.libd.org/recount3/ • http://research.libd.org/recount3/reference/create_rse.ht ml • Bookdown: http://research.libd.org/SPEAQeasy/ • Sitio de R Markdown: https://lcolladotor.github.io/twitter-stats/CDSB2020.html • ¿Más? https://lcolladotor.github.io/pkgs/
  7. LIEBER INSTITUTE for BRAIN DEVELOPMENT ¿Te animaste a probarlo? 1.

    Abre RStudio (con R 4.0.x) 2. Instala BiocManager: install.packages("BiocManager") 3. Instala biocthis: BiocManager::install("biocthis") 4. Crea tu paquete: usethis::create_package("biocthistest") 5. Agrega los 4 scripts de prueba: biocthis::use_bioc_pkg_templates() 6. Empieza con el primer script de R en biocthistest/dev https://lcolladotor.github.io/biocthis/