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CDSB2021

 CDSB2021

Inauguración de CDSB 2021

Leonardo Collado-Torres

August 09, 2021
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Transcript

  1. Talleres CDSB 2021:
    (1) Construyendo flujos de trabajo con RStudio
    (2) Bioconductor para datos transcriptómicos
    de célula única (scRNA-seq)
    #EBM2021 #CDSB2021
    @CDSBMexico
    @lcolladotor
    @RBioinformatica
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor

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  2. https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_workflows https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_scRNAseq
    Material de un taller de
    rstudio::conf(2020)
    +
    Material del libro de OSCA

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  3. https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cs_and_s_event_fund_award/
    https://www.r-consortium.org/

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  4. https://comunidadbioinfo.github.io/es/codigo-de-conducta/
    ● Queremos que todxs disfruten del taller
    ● Ayúdanos a que esto se cumpla,
    ¡gracias!

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  5. https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/bioc2019-code-of-conduct-violation-response/
    ● Si alguien se pierde de
    oportunidades por sentirse
    excluidx nos afecta a todxs
    como comunidad
    ● Los castigos son severos

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  6. Datos masivos en la investigación biológica
    https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/06/30/sra-rfi/

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  7. ¿Qué es Bioconductor?
    https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/06/30/sra-rfi/
    • Software estadístico para el análisis de
    experimentos biológicos.
    • Open-source, open-development, y muy
    usado:
    ○ > 1,100 paquetes (librerías)
    ○ > 14,000 citas
    ○ > 250,000 IPs
    • Basado en R.
    • Establecido en 2002.

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  8. Interés → Usuarios → Desarrolladores

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  9. ¿Quién conoce ?
    Sandrine Dudoit:
    ¡Es una de las fundadoras de @Bioconductor!
    @cendrinou
    https://www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/
    @lcgunam
    Otoño 2007
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  10. Ciclo educativo
    ● Alguien enseña en una comunidad local
    ● Participantes locales toman la iniciativa de aprender más
    ● (idealmente) participantes locales le enseñan a más
    personas de la comunidad
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  11. http://www.wholebiome.com/team.html#james-bullard
    James Bullard
    Enero 2008
    1 semana de curso
    intensivo
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  12. @AlexielMedyna
    http://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/
    Leonardo Collado Torres
    +
    Alejandra Medina Rivera
    BioC2008
    Día para desarrolladores +
    2 días de congreso
    Con apoyo de @lcgunam
    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
    @CDSBMexico

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  13. @fellgernon & Osam
    http://lcolladotor.github.io/courses/Courses/R/
    Otoño 2008

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  14. Ciclo educativo: problemas
    ● Depende de lxs voluntarixs
    ● Una vez que lxs voluntarixs se van, es difícil de continuar
    ● Es difícil conseguir fondos
    ● Barreras de lenguaje
    ● Resilencia: no todo sale bien a la primera

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  15. Datos de los últimos 667 paquetes contribuidos a
    Bioconductor a través de GitHub (Hecho en 2018)
    Alejandro Reyes
    @areyesq
    http://alejandroreyes.org/
    BioC2017

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  16. http://congresos.nnb.unam.mx/
    https://twitter.com/nnb_unam

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  17. Interesadxs → Usarixs → Desarrolladores
    ¿Cómo le hacemos para fomentar este paso
    en México y Latino América?

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  18. Comunidad de
    Desarrolladores de
    Software en
    Bioinformática (CDSB)
    ¿Cómo quitamos las barreras?
    ● Talleres enfocados en el desarrollo de software
    ● Asesoramiento y desarrollo de proyectos de software libre
    ● Intercambio de ideas y colaboraciones por medio de slack (simulando un
    departamento universitario)
    ● Alentamos y apoyamos a nuestros miembros en sus aplicaciones para becas
    y oportunidades
    ● Promovemos el trabajo de nuestros miembros (networking)
    ● Promover un ciclo de educación

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  19. Logros de la CDSB
    ● 3 talleres anuales de desarrollo de software (>20 personas
    c/u, materiales disponibles en Github y YouTube)
    ● > 10 becas otorgadas a nuestros miembros para congresos
    internacionales (RStudio y BioC)
    ● > 5 presentaciones en congresos internacionales (BioC)
    ● 1 proyecto de software libre en Bioconductor y decenas en
    GitHub
    ● 1 publicación científica (Bioinformatics)
    ● Primeros alumnos están tomando el liderazgo del proyecto y
    formando sus propias comunidades (e.g. R-ladies)

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  20. • 2017:
    ○ idea en BioC2017 e inicio de la fundación de CDSB
    • 2018:
    ○ primer taller ^_^, con instructores de Bioconductor: Martin Morgan &
    Benilton Carvalho
    • 2019:
    ○ BioC2019: apoyo a solicitud de becas
    ○ Taller con materiales adaptados de RStudio
    • 2020:
    ○ regutools: primer paquete en Bioconductor
    ○ Taller con RStudio & Bioconductor
    • 2021:
    ○ primera vez con 2 talleres https://comunidadbioinfo.github.io/

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  21. @doctor_calvo
    @josschavezf1

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  22. @AnaBetty2304
    Co-fundadora
    @RLadies_Qro

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  23. Formación de redes
    ● Aprender de otros
    ● Conocer posibles
    instructores
    ● Pedir apoyo
    ● Asegurarse que personas
    nuevas sean incluidas
    ● ...

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  24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa575

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  25. Junta Directiva CDSB hasta 2019

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  26. ¿Es sostenible o nos desgastaremos?
    > Estoy orgulloso y emocionado de lo que hemos logrado con nuestros talleres de la CDSB
    de una semana, pero también de cómo hemos usado las herramientas que aprendimos de
    otras comunidades y que nos permiten seguir interactuando y comunicando durante todo el
    año. El tiempo nos dirá si nuestros esfuerzos crearon una onda que creció hasta
    convertirse en ola o si terminaremos desgastados. La sostenibilidad es un desafío, pero
    estamos muy motivados por el impacto que hemos tenido y solo podemos imaginar un
    futuro más brillante.
    En español: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XyeViyhKguU
    bit.ly/cdsb2020post → https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico

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  27. Evitar repetir el pasado:
    ¡atraer nuevxs voluntarixs!
    Joselyn Chavez @josschavezf1
    ● CDSB 2018 & 2019 alumna
    ● Parte de la Junta Directiva desde 2019
    ● Fundó R-Ladies Cuernavaca en 2019
    ● Instrutora del taller CDSB2020
    ● ...
    ● Organizadora mini-cursos CDSB2020/21
    ● Instructora del taller CDSB2021

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  28. Evitar repetir el pasado:
    ¡atraer nuevxs voluntarixs!
    Erick Cuevas @ErickCuevasF
    ● CDSB 2018, 2019, 2020 alumno
    ● Parte de la Junta Directiva desde 2020
    ● Organizador mini-cursos CDSB2020/21
    ● Instructor del taller CDSB2021
    https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/the_impact_of_cdsb_on_me/

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  29. Canal de YouTube de la CDSB (en sus inicios)
    https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

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  30. Canal de YouTube de la CDSB (hoy en día)
    https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

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  31. BioC2020: primer año virtual

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  32. @alabasti1 @AnaBetty2304 @Carlos_Aplysia @josschavezf1
    @M2RUseR @AleMedinaRivera @areyesq @fellgernon @TeresaOM
    CDSB2020: ¡tú eres el futuro! + el presente y la base

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  33. Instructores CDSB 2021
    https://comunidadbioinfo.github.io/es/#people
    Jesús Vélez Santiago
    @jvelezmagic
    Kevin Emmanuel
    Meza Landeros
    @KevsGenomic
    Mónica Padilla Gálvez
    @mpadilla905
    Ayudantes

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  34. No estamos solos, tenemos una amplia red de apoyo
    LCG-UNAM

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  35. Conoce a la comunidad de R-Ladies México
    https://rladiesmx.netlify.app

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