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CDSB2021

 CDSB2021

Inauguración de CDSB 2021

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Leonardo Collado-Torres

August 09, 2021
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Transcript

  1. Talleres CDSB 2021: (1) Construyendo flujos de trabajo con RStudio

    (2) Bioconductor para datos transcriptómicos de célula única (scRNA-seq) #EBM2021 #CDSB2021 @CDSBMexico @lcolladotor @RBioinformatica Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor
  2. @CDSBMexico

  3. https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_workflows https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2021_scRNAseq Material de un taller de rstudio::conf(2020) + Material

    del libro de OSCA
  4. https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cs_and_s_event_fund_award/ https://www.r-consortium.org/

  5. https://comunidadbioinfo.github.io/es/codigo-de-conducta/ • Queremos que todxs disfruten del taller • Ayúdanos

    a que esto se cumpla, ¡gracias!
  6. https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/bioc2019-code-of-conduct-violation-response/ • Si alguien se pierde de oportunidades por sentirse

    excluidx nos afecta a todxs como comunidad • Los castigos son severos
  7. Datos masivos en la investigación biológica https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/06/30/sra-rfi/

  8. ¿Qué es Bioconductor? https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/06/30/sra-rfi/ • Software estadístico para el análisis

    de experimentos biológicos. • Open-source, open-development, y muy usado: ◦ > 1,100 paquetes (librerías) ◦ > 14,000 citas ◦ > 250,000 IPs • Basado en R. • Establecido en 2002.
  9. Interés → Usuarios → Desarrolladores

  10. ¿Quién conoce ? Sandrine Dudoit: ¡Es una de las fundadoras

    de @Bioconductor! @cendrinou https://www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/ @lcgunam Otoño 2007 Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico
  11. Ciclo educativo • Alguien enseña en una comunidad local •

    Participantes locales toman la iniciativa de aprender más • (idealmente) participantes locales le enseñan a más personas de la comunidad Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico
  12. http://www.wholebiome.com/team.html#james-bullard James Bullard Enero 2008 1 semana de curso intensivo

    Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico
  13. @AlexielMedyna http://liigh.unam.mx/profile/dra-alejandra-medina-rivera/ Leonardo Collado Torres + Alejandra Medina Rivera BioC2008

    Día para desarrolladores + 2 días de congreso Con apoyo de @lcgunam Diapositivas: https://speakerdeck.com/lcolladotor @CDSBMexico
  14. @fellgernon & Osam http://lcolladotor.github.io/courses/Courses/R/ Otoño 2008

  15. Ciclo educativo: problemas • Depende de lxs voluntarixs • Una

    vez que lxs voluntarixs se van, es difícil de continuar • Es difícil conseguir fondos • Barreras de lenguaje • Resilencia: no todo sale bien a la primera
  16. Datos de los últimos 667 paquetes contribuidos a Bioconductor a

    través de GitHub (Hecho en 2018) Alejandro Reyes @areyesq http://alejandroreyes.org/ BioC2017
  17. http://congresos.nnb.unam.mx/ https://twitter.com/nnb_unam

  18. Interesadxs → Usarixs → Desarrolladores ¿Cómo le hacemos para fomentar

    este paso en México y Latino América?
  19. Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB) ¿Cómo quitamos

    las barreras? • Talleres enfocados en el desarrollo de software • Asesoramiento y desarrollo de proyectos de software libre • Intercambio de ideas y colaboraciones por medio de slack (simulando un departamento universitario) • Alentamos y apoyamos a nuestros miembros en sus aplicaciones para becas y oportunidades • Promovemos el trabajo de nuestros miembros (networking) • Promover un ciclo de educación
  20. Logros de la CDSB • 3 talleres anuales de desarrollo

    de software (>20 personas c/u, materiales disponibles en Github y YouTube) • > 10 becas otorgadas a nuestros miembros para congresos internacionales (RStudio y BioC) • > 5 presentaciones en congresos internacionales (BioC) • 1 proyecto de software libre en Bioconductor y decenas en GitHub • 1 publicación científica (Bioinformatics) • Primeros alumnos están tomando el liderazgo del proyecto y formando sus propias comunidades (e.g. R-ladies)
  21. • 2017: ◦ idea en BioC2017 e inicio de la

    fundación de CDSB • 2018: ◦ primer taller ^_^, con instructores de Bioconductor: Martin Morgan & Benilton Carvalho • 2019: ◦ BioC2019: apoyo a solicitud de becas ◦ Taller con materiales adaptados de RStudio • 2020: ◦ regutools: primer paquete en Bioconductor ◦ Taller con RStudio & Bioconductor • 2021: ◦ primera vez con 2 talleres https://comunidadbioinfo.github.io/
  22. None
  23. @doctor_calvo @josschavezf1

  24. @AnaBetty2304 Co-fundadora @RLadies_Qro

  25. Formación de redes • Aprender de otros • Conocer posibles

    instructores • Pedir apoyo • Asegurarse que personas nuevas sean incluidas • ...
  26. None
  27. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa575

  28. Junta Directiva CDSB hasta 2019

  29. ¿Es sostenible o nos desgastaremos? > Estoy orgulloso y emocionado

    de lo que hemos logrado con nuestros talleres de la CDSB de una semana, pero también de cómo hemos usado las herramientas que aprendimos de otras comunidades y que nos permiten seguir interactuando y comunicando durante todo el año. El tiempo nos dirá si nuestros esfuerzos crearon una onda que creció hasta convertirse en ola o si terminaremos desgastados. La sostenibilidad es un desafío, pero estamos muy motivados por el impacto que hemos tenido y solo podemos imaginar un futuro más brillante. En español: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/csdb-story-of-a-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico/#.XyeViyhKguU bit.ly/cdsb2020post → https://www.r-consortium.org/blog/2020/03/18/cdsb-diversity-and-outreach-hotspot-in-mexico
  30. Evitar repetir el pasado: ¡atraer nuevxs voluntarixs! Joselyn Chavez @josschavezf1

    • CDSB 2018 & 2019 alumna • Parte de la Junta Directiva desde 2019 • Fundó R-Ladies Cuernavaca en 2019 • Instrutora del taller CDSB2020 • ... • Organizadora mini-cursos CDSB2020/21 • Instructora del taller CDSB2021
  31. Evitar repetir el pasado: ¡atraer nuevxs voluntarixs! Erick Cuevas @ErickCuevasF

    • CDSB 2018, 2019, 2020 alumno • Parte de la Junta Directiva desde 2020 • Organizador mini-cursos CDSB2020/21 • Instructor del taller CDSB2021 https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/the_impact_of_cdsb_on_me/
  32. Canal de YouTube de la CDSB (en sus inicios) https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

  33. Canal de YouTube de la CDSB (hoy en día) https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw

  34. @CDSBMexico

  35. BioC2020: primer año virtual

  36. @alabasti1 @AnaBetty2304 @Carlos_Aplysia @josschavezf1 @M2RUseR @AleMedinaRivera @areyesq @fellgernon @TeresaOM CDSB2020:

    ¡tú eres el futuro! + el presente y la base
  37. Instructores CDSB 2021 https://comunidadbioinfo.github.io/es/#people Jesús Vélez Santiago @jvelezmagic Kevin Emmanuel

    Meza Landeros @KevsGenomic Mónica Padilla Gálvez @mpadilla905 Ayudantes
  38. No estamos solos, tenemos una amplia red de apoyo LCG-UNAM

  39. Conoce a la comunidad de R-Ladies México https://rladiesmx.netlify.app

  40. ¡Gracias!