01_Introduction_a_R_francais.pdf

Ouvrir R(studio) pour une première fois
Naviguer l’interface R(studio)
Entrer des commandes
commandes/expressions & résultats
fonctions habituelles
Termes techniques spécifiques à R
Comment obtenir de l’aide

Transcript

1. Premiers pas dans R Etienne Low-Décarie zerotorhero.wordpress.com
2. Impatient(e) de commencer? Essayez vous sur: http://www.codeschool.com/courses/try-r
3. http://zerotorhero.wordpress.com/ les présentations et le code est disponible sous Clients/QCBS Francais
4. Plan de l’atelier ›  Premiers pas avec R ›  Pizza!!! ›  Importation de données dans R ›  Production de graphiques dans R (avec ggplot) ›  À votre requête ›  changer le format des données (melt and cast with reshape) ›  division-application-recombinaison (avec plyr) ›  programmation avec R (boucle, automatisation)
5. Pourquoi ? › Libre et gratuit › utilisez le comme bon vous semble › distribuez le › améliorez le › langage informatique › automatisation › recherches reproductibles
6. Tableaux Graphiques Statistiques Interprétation Sigmaplot Excel SAS Données
7. Tables Data Graphs Statistics Interprétation Données Tableaux Graphiques Statistiques
8. Pourquoi est-il difficile d’apprendre › R est un langage informatique (commande textuelle vs interface graphique) › R ne vous dira pas quoi faire, ne vous guidera pas étape par étape (sauf quand vous venez de l’ouvrir) › R fait ce que vous demandez (pas nécessairement ce que vous voulez) › R est très flexible : peut faire ce que vous voulez de la façon que vous voulez
9. Objectifs d’apprentissage › Ouvrir R(studio) pour une première fois › Naviguer l’interface R(studio) › Entrer des commandes › commandes/expressions & résultats › fonctions habituelles › Termes techniques spécifiques à R › Comment obtenir de l’aide 9
10. Défis › Vous serez présenté avec des défis tout au long de l’atelier › Collaborez avec vos voisins!
11. Vous? ›  Utilisateurs à vos premiers pas ou expert invétérés? ›  Que voulez vous faire avec R?
12. Défi Ouvrir R-Studio 12
13. La Console
14. Resultats Commandes La console 14 Le texte dans la console R ressemble habituellement à: > Commandes [1] Résultats Représenté dans cette présentation comme suit:
15. [1] 2 1 + 1 R est une calculatrice ›  Les expressions sont evaluées et les resultats sont returnées (parfois de façon invisible). 15 2 * 2 [1] 4 2 ^ 3 [1] 8 10 - 1 [1] 9 8 / 2 [1] 4 sqrt(9) [1] 3
16. Défi 2 ›  Répondez à la question suivante en utilisant R
17. R vous fait des suggestions
18. demo(graphics) demo(image) demo(lm.glm) demo() R est un show-off ›  des graphiques que vous pouvez faire avec R ›  des images que vous pouvez faire avec R ›  une démonstration de régressions linéaires et de régressions généralizées ›  une liste de tous les démonstration présentement disponibles 18 pour encore plus de démonstration: demo(package = .packages(all.available = TRUE))
19. R indices console ›  Utilisez ▲▼ les touches flèches pour reproduire des commandes précédantes ›  Ceci vous permet de revoir votre historique de commandes (commande history: voir onglet History) 19
20. Objects ›  Enregistrez de l’information (objets) dans des variables symboliques (noms) en utilisant l’operateur d’assignement ›  Les noms de variables, peuvent inclurent › lettres a-z A-Z › numéros 0-9 › point . › sous-tiret _ ›  Les noms de variables doivent commencez par une lettre A <- 10 B <- 10*10 A_log <- log(A) B.seq <- 1:B <- assignez la valeur à droite au nom qui se trouve à gauche
21. Récupérez de l’information ›  Quand le nom d’une variable est évaluée, la valeur enregistrée est retournée A [1] 10 B [1] 100 A_log [1] 2.302585 x [1] 3 B.seq [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 [22] 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 [43] 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 [64] 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 [85] 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100
22. Défi 3
23. [1] 15 A +5 L’utilisation de variable dans des calcules [1] 20.76125 22.22222 22.26562 24.93075 32.87197 19.94460 B/A Weight <- c(60 , 72 , 57 , 90 , 95 , 72 ) Height <- c(1.7, 1.8, 1.6, 1.9, 1.7, 1.9) BMI <- Weight/Height^2 BMI [1] 10 plot(Height,Weight)
24. Fonctions ›  Prend des arguments et retourne une valeur (value). ›  Pour utiliser une fonction (call), nous devons utiliser la ’grammaire’ du langage R (syntax) log( 8 , base = 2 ) nom de la fonction
25. Fonctions ›  Prend des arguments et retourne une valeur (value). ›  Pour utiliser une fonction (call), nous devons utiliser la ’grammaire’ du langage R (syntax) log( 8 , base = 2 ) nom de la fonction parenthèses pas d’espace
26. Fonctions ›  Prend des arguments et retourne une valeur (value). ›  Pour utiliser une fonction (call), nous devons utiliser la ’grammaire’ du langage R (syntax) log( 8 , base = 2 ) nom de la fonction parenthèses pas d’espace premier argument virgule
27. Fonctions ›  Prend des arguments et retourne une valeur (value). ›  Pour utiliser une fonction (call), nous devons utiliser la ’grammaire’ du langage R (syntax) log( 8 , base = 2 ) nom de la fonction parenthèses pas d’espace premier argument (ici identité implicite par la localisation) virgule second argument (ici identifié par nom=)
28. Fonctions communément utilisées 28 sqrt log exp min max sum mean sd var summary plot par paste format head length str names typeof class attributes library ls rm setwd getwd file.choose (Mac) choose.file (PC) c seq rep tapply aggregate merge cbind rbind unique help ? help.search ?? help.start
29. Plusieurs valeurs dans un objet › Vous pouvez combinez des valeurs avec la commande c(): › Vous pouvez accéder au éléments de cet object en utilisant l’indexation mes_chiffres_preferes<-c(1, 4, 10, 444, 42) mes_chiffres_preferes[3] [1] 10
30. Vecteurs › Vecteur: objet unidimensionnel contenant un seul type de valeur › Les opérations appliqué à un vecteur sont appliqué à chaque item du vecteur mes_chiffres_preferes+20 mes_chiffres_preferes/2 +1 sqrt(mes_chiffres_preferes) mean(mes_chiffres_preferes) sum(mes_chiffres_preferes)
31. Défi
32. Comment puis-je utiliser une nouvelle fonction? Quels arguments prend-elle Solution: ?fonction ! À quoi sert cette fonction? Par exemple: ?seq
33. nom de la fonction (librairie contenant la fonction) long titre de la fonction arguments détails du fonctionnement de la fonction
34. publications relative à la fonction copier le code contenu dans la section exemple et l’entrer dans la console, puis modifier pour votre usage ou utiliser example(fonction) valeur retournée par la fonction suite des détails
35. R indice facilitant l’entré de commande ›  Utilisez la touche tab pour compléter votre commande de façon automatique ›  Avantage: accélère & évite des fautes de frappes ›  S’applique aussi à l’entré du répertoire d’un fichier
36. Défi 1) Créer un vecteur contenant vos chiffres préférés en désordre 2) explorer la fonction ?sort. 3) mettre votre vecteur de chiffres préféré en ordre croissant puis décroissant 4) créer un objet séparé pour vos chiffres en ordre croissant et vos chiffres en ordre décroissant
37. Comparisons ›  La comparaison (question) de deux valeurs résulte en
38. Défi
39. Erreurs (Errors) ›  Lorsque vous donnez une command à R qu’il ne sait exécuter ou qu’il ne peut pas exécuter, il vous renvoie une erreur (rien n’est exécuté après l’erreur) Error in 1 + "2" : non-numeric argument to binary operator Fail <- 1 + "2" Error: object 'fail' not found Fail
40. Advertisement (Warnings) ›  Si une commande ne fonctionne pas comme l’anticipe R, il vous renvoie un avertissment ›  utilisez warnings() pour voir ces avertissements ›  les avertissements ne bloque pas l’exécution du code Warning message:In log(-1) : NaNs produced oops <- log(-1)
41. Observer un objet met en mémoire des données disponible au sein de R voir les première 6 rangés de données structure structure de l’objet nom des variable contenue dans l’objet (colonnes) les charactéristiques de l’objet sommaire statistique de l’objet graphique par défaut d’un objet (habituellement un graphique de toutes les paires de variables contenu dans l’objet) data(CO2) head(CO2) str(CO2) names(CO2) attributes(CO2) summary(CO2) plot(CO2)
42. Indexation ›  Vous pouvez sélectionner une partie d’un objet en vous référent au nom de cette partie ou à son indice (index) CO2$Treatment CO2[1:6,3] nom de l’objet ici un objet à deux dimentions de type data.frame indice de la rangé (première dimension) indice de la rangé (seconde dimensions) nom de l’objet fonction $ nom de la colonne (chaque colonne d’un data.frame est un vecteur)
43. Indexation les noms inclues sélection de la colonne "Treatment » toutes les rangés, colonne 3 rangé 3, toutes les colonnes rangés 1 à 6, toutes les colonnes rangés 1 à 6, colonne 3 éléments 1 à 6 de la colonne «Treatment» rangés pour lesquelles la concentration est > 100 rangés pour lesquelles Treatment est égal à “chilled" 10 rangés pigée de façon aléatoire names(CO2) CO2$Treatment CO2[,3] CO2[3,] CO2[1:6,] CO2[c(1,2,3,4,5,6),3] CO2$Treatment[1:6] CO2[CO2$conc>100,] CO2[CO2$Treatment=="chilled",] CO2[sample(nrow(CO2), 10),]
44. Défi 1)  Quel est la moyenne du «uptake» des plantes recevant le traitement «non-chilled»?
45. Défi 1)  Imprimez à l’écran les chiffres de 1 à 100, mais si le nombre est un multiple de trois, imprimer le mot ‘patate’ au lieu du chiffre 2)  Modifiez le code ainsi créé pour que les multiple de 5 soit remplacé par ‘chou-fleur’ Indice: ?"%%" 4 9%%5
46. La grande bibliothèque de R › en plus des fonctions de base intégrées à R et des codes partagés par vos collègues, R peut faire appel à tout un écosystème de librairie (package) contenant de nombreuses fonctions pour, par exemple, faire des analyse spécifique › À ce jour, le répertoire CRAN offre plus de 4276 librairie (package). › http://cran.r-project.org/web/packages/ › crantastic.org
47. Installions de librairies (packages) la fonction library() met la librairie en mémoire nous permettant d’accéder les fonctions et les valeurs qu’elle contient notez les guillemet dans la fonction install.packages, mais non dans la fonction library (la première réfère au nom du package, la seconde à la variable contenant le package install.packages(‘ggplot2’) library(ggplot2)
48. Aide