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Plan de l’atelier Premiers pas avec R Pizza!!! Importation de données dans R Production de graphiques dans R (avec ggplot) À votre requête changer le format des données (melt and cast with reshape) division-application-recombinaison (avec plyr) programmation avec R (boucle, automatisation)
Prend des arguments et retourne une valeur (value).
Pour utiliser une fonction (call), nous devons utiliser la ’grammaire’ du langage R (syntax)
log( 8 , base = 2 ) nom de la fonction parenthèses pas d’espace premier argument (ici identité implicite par la localisation) virgule second argument (ici identifié par nom=)
28 sqrt log exp min max sum mean sd var summary plot par paste format head length str names typeof class attributes library ls rm setwd getwd file.choose (Mac) choose.file (PC) c seq rep tapply aggregate merge cbind rbind unique help ? help.search ?? help.start
1) Créer un vecteur contenant vos chiffres préférés en désordre 2) explorer la fonction ?sort. 3) mettre votre vecteur de chiffres préféré en ordre croissant puis décroissant 4) créer un objet séparé pour vos chiffres en ordre croissant et vos chiffres en ordre décroissant
Lorsque vous donnez une command à R qu’il ne sait exécuter ou qu’il ne peut pas exécuter, il vous renvoie une erreur (rien n’est exécuté après l’erreur)
Error in 1 + "2" : non-numeric argument to binary operator Fail <- 1 + "2" Error: object 'fail' not found Fail
Vous pouvez sélectionner une partie d’un objet en vous référent au nom de cette partie ou à son indice (index)
CO2$Treatment CO2[1:6,3] nom de l’objet ici un objet à deux dimentions de type data.frame indice de la rangé (première dimension) indice de la rangé (seconde dimensions) nom de l’objet fonction $ nom de la colonne (chaque colonne d’un data.frame est un vecteur)
les noms inclues sélection de la colonne "Treatment » toutes les rangés, colonne 3 rangé 3, toutes les colonnes rangés 1 à 6, toutes les colonnes rangés 1 à 6, colonne 3 éléments 1 à 6 de la colonne «Treatment» rangés pour lesquelles la concentration est > 100 rangés pour lesquelles Treatment est égal à “chilled" 10 rangés pigée de façon aléatoire names(CO2) CO2$Treatment CO2[,3] CO2[3,] CO2[1:6,] CO2[c(1,2,3,4,5,6),3] CO2$Treatment[1:6] CO2[CO2$conc>100,] CO2[CO2$Treatment=="chilled",] CO2[sample(nrow(CO2), 10),]
en plus des fonctions de base intégrées à R et des codes partagés par vos collègues, R peut faire appel à tout un écosystème de librairie (package) contenant de nombreuses fonctions pour, par exemple, faire des analyse spécifique
À ce jour, le répertoire CRAN offre plus de 4276 librairie (package).
la fonction library() met la librairie en mémoire nous permettant d’accéder les fonctions et les valeurs qu’elle contient notez les guillemet dans la fonction install.packages, mais non dans la fonction library (la première réfère au nom du package, la seconde à la variable contenant le package install.packages(‘ggplot2’) library(ggplot2)