Journal Clubのやり方

研究室のゼミでJournal Clubのやり方を説明したときに使用したスライドです

Transcript

1. 私流Journal clubのやり方 ＆ 質問のコツ 2022/04/12 藤本 悠理
2. はじめに: Disclaimer 2 あくまで個人的なやり方であってルールではないです！
3. 論文の探し方
4. 論文データベース 4 █ PubMed 医学系論文のデータベース 医学系論文に限ればGoogle Scholarよりも使いやすい印象 █ Google Scholar 多種多様な論文のデータベース 被引用回数や引用先が確認できるのが便利 █ J-Stage 日本語論文のデータベース pdfが公開されている █ CiNii 様々な日本語論文のデータベース (j-stage含む) を一括検索できる pdfが公開されていないことがある
5. （参考）プレプリントサーバー 5 査読プロセス プレプリントサーバー █ 査読前論文の公開場所 – 時間のかかる査読前に迅速に研究成果を公開できる – 査読者以外からのフィードバックを受けられる – 査読前のため研究内容の質・正しさは保証されない █ 最近は投稿論文のプレプリントサーバーでの公開を認める雑誌が多い █ ArXiv, bioRxiv, medRxiv, Jxiv など 投稿 査読 出版 修正 書き直し・他の雑誌に投稿etc. Accepted Major/Minor revision Rejected
6. 論文を見つける方法 6 █ 各データベースでのキーワード検索 ⇒ Google Chromeの検索エンジンの管理を活用 █ RSSで特定のキーワードの新着論文を監視 █ twitterで他の研究者のおすすめ論文を確認 █ 特定の雑誌の新着論文を確認
7. 論文を読むかどうか決める基準の例 7 █ 自分の研究に役立ちそうな論文 █ 関連分野でインパクトのある論文 █ 着眼点・研究対象が興味深い █ 手法が興味深い（新しい手法、珍しい手法） █ 大規模な研究 – Cohort study, Nationwide study, Systematic review, Meta analysis █ 有名な研究チームの新着論文
8. 論文を読むかどうか決めるまでの流れ 8 █ タイトルを読む █ Abstractを読む █ Fig/Tableを眺める █ （実験系論文の場合）Materials and Methodsの見出しを眺める █ （疫学系論文の場合）Materials and Methodsで母集団・ サンプルサイズ・抽出方法を確認する （多くの場合Materials and Methodsの先頭） █ Discussionの最初の段落（Summaryであることが多い）・ 最後の2段落（LimitationおよびConclusionが書いてあることが多い）を 読む ※ここまで流し読み ⇒面白そうだったら全文をしっかり読む
9. どの論文を選ぶべきか 9 █ 目安その1：Impact Factor – その雑誌に掲載されている論文が1年間に引用された回数の平均値 – IFの目安（獣医学系雑誌の場合） 1：普通、2:まあまあ、3:いい – あくまで目安（Open accessか・研究の流行りなどに左右されるので） – Google Chrome拡張機能： PubMed Impact Factor █ 目安その2：被引用回数 自分が「この論文面白そうだから読みたい」という論文を選ぶのが一番 █ 初心者にはおすすめしない雑誌 – Nature, Cell, Scienceおよび姉妹誌 （非常にレベルが高いと同時に非常に難しい・院に入ってから挑戦） – PLOS ONE （玉石混交・論文が「面白い/面白くない」と自分なりの判断ができるように なってから挑戦）
10. どの論文を選ぶべきか（続） 10 █ Article（Short communicationやCommentaryは除く） █ Acceptされ出版されているもの（プレプリントでないもの） █ 迷ったら候補を持って先輩に相談！ – あるいは最初のうちは先輩に候補を紹介してもらいましょう
11. 論文の読み方
12. 論文を読むときに使う道具 12 紙？ 画面？ █ 自分のやりやすい方法で █ 私の場合… – 真剣に読むとき：iPad Pro＋Apple Pencil（iPad買うまでは紙） – そこまで真剣じゃないとき：PC画面上で済ませる 書き込みの方法は？ █ 最低ペン2色（論文に書いてあることと自分の意見を区別） █ 私の場合… – マーカー3色（重要度別：論文を1分/3分/5分で読み返したいとき用） – ペン3色（メモ・要約、疑問・批判、感想） – 紙で読んでたときはフリクションのマーカー＋3色ペンでした █ iPadを使う場合LiquidTextというアプリも便利 図表への書き込み、段落の要約、訳語メモ
13. 論文を読む順番 13 █ Title █ Abstract █ Introductionの最後の段落（Aim of the study） █ Fig/Tableを眺める █ Discussion（流し読み） █ Introduction █ Result █ Materials & Methods █ Discussion（しっかり読む） 疫学系論文では逆
14. 各セクションの内容・読むときに気をつけること 1 14 Introduction █ ざっと読む：病気・病原体の説明・歴史 – 慣れてくると読み飛ばすことも多い – 最初のうちはしっかり読むのがいいです █ 読む：研究を理解するのに必要な背景 █ 重要：なぜこの研究を行ったか Result █ （実験系論文の場合）実験の流れ・つながりを気にしながら読む 分からない部分が出てきたときにMaterials and Methodsを 適宜参照 █ （疫学系論文の場合）重要：回答率 検定の妥当性・モデルの説明力などを気にしながら読む
15. 各セクションの内容・読むときに気をつけること 2 15 Materials and Methods █ （実験系論文の場合）Journal Club以外では読み飛ばしがち Resultの用語集くらいに思えばいいです （Journal Clubのときはしっかり読むこと） █ （疫学系論文の場合）超重要：サンプルサイズ、母集団、抽出・層化方法 Discussion █ 重要：Limitation █ 大抵の場合、重要な内容は段落の最初の2文と最後の2文の中に あります
16. この辺を考えながら読もう・聞こう 16 █ 既存研究・類似研究と比較してこの実験の位置付けは？ █ Research questionに対して実験手法は適切か？ █ 対照の設定は適切か？ █ 実験計画は適切か？（系統・投与量・投与間隔など） █ 検定手法は適切か？ █ （珍しい手法を用いている場合）この手法を選ぶ理由は？ この手法を用いるメリット・デメリット・コストは？ █ 各実験の関係は？（メインの実験はどれでサブ・補足用の実験はどれ？） █ 実験結果から導かれた結論は適切か？ 言い過ぎていないか？ 前提は足りているか？ █ 他の系統・動物・国・疾病にも適応可能か？（一般化可能性） █ 筆者が見落としている部分はないか？（交絡・バイアス・Limitation） █ 自分が読みながら予想した・考えた結果と異なる部分はないか？ █ Resultに直感に反する部分はないか？ その部分に論理的な説明はあるか？ █ 筆者の主張を裏づける既存の知見、あるいは論理的な説明があるか？
17. 分からない単語の調べ方 17 █ weblio – 辞書の順番で「ライフサイエンス辞書」を先頭に – Google Chrome拡張機能：weblioポップアップ英和辞典 █ Wikipedia英語版を開く→他言語版で日本語ページを開く – ついでにWikipediaの内容をざっと読む（信じすぎないこと） █ さくっと読むだけのときはDeepLで全文翻訳で終わらせることも
18. 分からない単語の調べ方（テクニック編） 18 知らない単語と知らない単語が知らない単語と反応し 知らない単語の働きを促進することで知らない単語が 生成される。 ⇒？？？？？
19. 19 ⇒Google画像検索の活用 分からない単語の調べ方（テクニック編）
20. 引用文献はどれを読めばいい？ 20 █ 筆者の以前の研究成果を基にした論文の場合、その論文を █ Introduction、Discussionに載っていた論文で興味が出たら █ 関連論文を文献管理ソフト（次頁）にまとめ、自分が論文を書くとき用の ライブラリーを作成するのもおすすめです
21. 読んだ論文を整理する方法 21 █ まだしっくりきていません █ 文献管理ソフト – Mendeley（無料）、 EndNote（有料）、Evernote（無料）、 Notion（無料）など色々試したがまだどれもしっくりきていない – 今はPaperpile（有料）でメモ欄に論文内容の簡単なまとめ – Mendeley、EndNote、Paperpile： Google Chrome拡張機能（文献情報およびpdf保存）・ Microsoft Word用アドイン（引用の挿入・Reference作成）あり
22. 論文の内容が難しい… 22 █ 基礎知識が足りてない █ 研究内容が高度 █ 難解な手法、珍しい手法を用いている →先輩や先生に分からない部分を相談しましょう！ █ そもそも文章や実験の流れがおかしい（たまにある）
23. 発表スライドの内容
24. 表紙 目安：1ページ 24 █ 論文タイトル █ 著者名 █ 発行年 █ 雑誌名、巻号、ページ █ 発表者名、発表日付
25. Introduction 目安：1～2ページ 25 █ 病気・病原体の説明（論文を理解するのに必要な部分だけの抜粋でOK） – 超基礎的な部分や歴史は省略してOK █ 研究を行う理由・背景 – 先行研究において何が分かっていて何が分かっていないか – ◦◦年に××でoutbreakがあった など █ この研究を実施した目的
26. Materials and Methods 目安：1～3ページ 26 ウイルス学系論文の場合 █ PCR、ELISA、WBなどについて – プライマー・抗体（どの遺伝子・蛋白質をターゲットにしているか？） – 反応時間・温度などは不要 █ 動物実験 – 系統（なぜその系統を選んだかの説明も） – 投与・サンプリング計画 疫学系論文の場合 █ 超重要：サンプルサイズ・母集団（調査地域・対象など）・抽出方法 █ 調査の手法・期間・分析手法・目的変数・説明変数
27. Result 目安：1ページ/図表（サイズによっては分割・合体も可） 27 █ なぜその実験を行なったのか・何を表している図表なのか、 最初に説明する █ Fig/Tableの強調したいポイントに印付けておく – Fig: 横軸・縦軸が何を示しているのか？ – Table:各列が何を意味しているのか？ など █ Fig/Tableタイトルも載せる █ （疫学系論文の場合）回答率は絶対載せる
28. Discussion 目安：2～4ページ 28 █ Resultの解釈・Resultから何がいえるか █ 先行研究との比較（スペースや重要性を判断して取捨選択してよい） █ 重要：Limitation
29. スライドには載せないけど考えておくといいこと 29 █ 読んだ理由 █ この論文で一番重要な点は？ █ 感想 – 面白かった部分、いいと思った部分 – だめな部分、改善点（あれば） █ 自分の研究に役立ちそうか？ その場合どう役立ちそうか？ █ 分からなかった部分は事前に軽く調べる – 調べたけど分かりませんでしたでもOK
30. 質問のコツ
31. 質問しよう！ 31 █ どんどん質問しましょう！ █ 「ここ分からなかったけど多分他の人は分かってるんだろうな……」 「こんなこと質問するの恥ずかしいな……」 – 全然OK！ – 答える練習になります – 基礎的なことも改めて質問されたら案外説明につまることも あります 「回答の練習をさせてあげている」と思ってどんどん質問しましょう！
32. この辺を考えながら読もう・聞こう（再） 32 █ 既存研究・類似研究と比較してこの実験の位置付けは？ █ Research questionに対して実験手法は適切か？ █ 対照の設定は適切か？ █ 実験計画は適切か？（系統・投与量・投与間隔など） █ 検定手法は適切か？ █ （珍しい手法を用いている場合）この手法を選ぶ理由は？ この手法を用いるメリット・デメリット・コストは？ █ 各実験の関係は？（メインの実験はどれでサブ・補足用の実験はどれ？） █ 実験結果から導かれた結論は適切か？ 言い過ぎていないか？ 前提は足りているか？ █ 他の系統・動物・国・疾病にも適応可能か？（一般化可能性） █ 筆者が見落としている部分はないか？（交絡・バイアス・Limitation） █ 自分が読みながら予想した・考えた結果と異なる部分はないか？ █ Resultに直感に反する部分はないか？ その部分に論理的な説明はあるか？ █ 筆者の主張を裏づける既存の知見、あるいは論理的な説明があるか？
33. 質問テンプレート 1 33 █ 「この辺を考えながら（略）」で気になった部分を訊いてみる █ 確認するつもりで質問するのもOK – こういう理解でOKですか？ █ 分からなかった部分を訊いてみる – この単語（実験手法・蛋白質 etc.）の意味が分からなかった – このスライドの説明がよく分からなかった – この表・図からなぜその結論が導けるのか分からなった – この表・図の重要な部分はどこか分からなかった – （複数の実験を行っている研究の場合）なんのためにこの実験を 行ったのか分からなかった（他の実験との繋がり）
34. 質問テンプレート 2 34 █ 何が分からないかも分からない – 「よく分からなかったので1分で説明してください！」 – Conclusion、Discussionで筆者が一番強調していることは なんですか？ █ 感想でもいいと思います – この実験面白いですね – こんな解析手法あるんですね █ 読んだ理由・感想 – なぜ読んだか – どこが面白いと思ったか – どこがLimitation・改善の必要があると思ったか – 自分の研究に役立ちそうか
35. 最後に 35 █ 論文の読み方にルールはないので、これを参考に自分の読み方を模索 してください – 論文の書き方にはルールがあります – いずれ自分が論文を書くときの参考に、どんどん読みましょう