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Rを用いたReproducible Researchへの挑戦 / improve_reproducibility_with_r

D12a80cab206033a820ccff8319f957b?s=47 Uryu Shinya
December 08, 2018

Rを用いたReproducible Researchへの挑戦 / improve_reproducibility_with_r

2018年度 統計数理研究所共同研究集会「データ解析環境Rの整備と利用」 LT
link: https://prs.ism.ac.jp/useRjp/hiki.cgi?2018%C7%AF%C5%D9+%A5%C7%A1%BC%A5%BF%B2%F2%C0%CF%B4%C4%B6%ADR%A4%CE%C0%B0%C8%F7%A4%C8%CD%F8%CD%D1

スライド中で参照しているブログ等記事へのリンク 🔗

## R環境・パッケージ

- 2017年のRとの付き合い方: 分析環境編 https://uribo.hatenablog.com/entry/2017/01/24/231512
- hereパッケージの導入でファイル参照のパス問題の悩みを解消 https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/01/25/082000
- データ分析のワークフローをdrakeで管理して効率的に作業を進めよう https://blog.hoxo-m.com/entry/2018/09/05/184425
- 質問お待ちしております!できればreprex使ってね 😸 https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/03/01/073928
- 名前空間の衝突をconflictedパッケージで防ぐ https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/09/29/103632

## どこでもRを実行したい

- 【備忘録】RユーザのためのDocker環境「Rocker」でパスワードの設定が必要になった https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/08/31/220521
- Rから離れたくない人向けのDocker環境の操作: RStudio Serverを分析・開発の基盤にするために https://uribo.hatenablog.com/entry/2017/12/21/212941
- オンラインでの小規模なR, Python, Juliaの環境共有にはbinder: 既存サービスとの比較 https://qiita.com/uri/items/2dd7d208e8a253aa0d60

## 私の経験から

- 転職・転居しました: 大学→企業→研究機関 https://uribo.hatenablog.com/entry/2017/11/02/073239

D12a80cab206033a820ccff8319f957b?s=128

Uryu Shinya

December 08, 2018
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Transcript

  1. Λ༻͍ͨ 3FQSPEVDJCMF 3FTFBSDI΁ͷ௅ઓ ⽠⽣真也 (国⽴環境研究所 ⾼度技能専⾨員) @u_ribo 3ݚڀूձ!౷਺ݚ-5

  2. ͜ͷҰ೥Ͱͷɺ3Λ࢖ͬͨ पล৘ใΛߋ৽͠Α͏ 2017年のRとの付き合い⽅: 分析環境編 https://uribo.hatenablog.com/entry/2017/01/24/231512 ՊֶݚڀʹݶΒͣʜ 3FTFBSDI 3FQSPEVDJCMF

  3. ࿩୊ 3؀ڥɾύοέʔδ   Ͳ͜Ͱ΋3Λ࣮ߦ͍ͨ͠ ࢲͷܦݧ͔Β 

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  5. IFSF 8JOEPXTEBUBaaJSJTDTW 6/*9ܥEBUBJSJTDTW hereパッケージの導⼊でファイル参照のパス問題の悩みを解消 https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/01/25/082000 04ؒɺϓϩδΣΫτ಺ͰͷϑΝΠϧύε໰୊ 3QSPKϑΝΠϧͳͲ͕͋ΔσΟϨΫτϦΛى఺ ͱͯ͠ϑϧύεͰධՁ here::here("data", "iris.csv")

    #> [1] "/Users/rstudio/data/iris.csv"
  6. ESBLF データ分析のワークフローをdrakeで管理して効率的に作業を進めよう https://blog.hoxo-m.com/entry/2018/09/05/184425 3ϫʔΫϑϩʔΛ؅ཧɾ࣮ߦ Ұ౓࣮ߦͨ݁͠Ռͷ ෮ݩΛ༰қʹ͢Δ

  7. 質問お待ちしております!できればreprex使ってね https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/03/01/073928 SFQSFY NJOJNVNSFQSFY ࠷௿ݶͷՄಈίʔυ Λڞ༗ 34UVEJPͷΞυΠϯ ͱͯ͠΋ར༻Մೳ SFQSPEVDJCMFFYBNQMF ໰୊ൃݟͷ଍͕͔Γʹ

  8. 名前空間の衝突をconflictedパッケージで防ぐ https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/09/29/103632 DPOqJDUFE ؔ਺ͷҙਤ͠ͳ͍ಈ࡞Λ๷͙ ໊લۭؒͷ ༏ઌॱҐΛมߋ library(conflicted) library(dplyr) filter(mtcars, cyl

    == 8) #> Error: [conflicted] `filter` found in 2 packages. #> Either pick the one you want with `::` #> * dplyr::filter #> * stats::filter #> Or declare a preference with `conflict_prefer()` #> * conflict_prefer("filter", "dplyr") #> * conflict_prefer("filter", "stats") dplyr::filter(mtcars, cyl == 8) #> mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb #> 1 18.7 8 360.0 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 #> 2 14.3 8 360.0 245 3.21 3.570 15.84 0 0 3 4 #> 3 16.4 8 275.8 180 3.07 4.070 17.40 0 0 3 3 … িಥΛܯࠂ
  9. ࿩୊ 3؀ڥɾύοέʔδ   ࢲͷܦݧ͔Β Ͳ͜Ͱ΋3Λ࣮ߦ͍ͨ͠ 

  10. 34UVEJPͰϓϩδΣΫτΛ࡞੒ͨ͠ ϑΝΠϧΛ(JUͰ؅ཧͨ͠ 3ͷόʔδϣϯɺར༻ύοέʔδΛἧ͑Δ ϓϩδΣΫτΛ্ཱͪ͛Δ

  11. SPDLFSϓϩδΣΫτ 【備忘録】RユーザのためのDocker環境「Rocker」でパスワードの設定が必要になった https://uribo.hatenablog.com/entry/2018/08/31/220521 UJEZWFSTFΛϕʔεͱͨ͠%PDLFSΠϝʔδ 34UVEJP4FSWFS؀ڥͰ3Λ࣮ߦ ஍ཧۭؒσʔλૢ࡞ͷύοέʔδΛἧ͑ͨ ΠϝʔδϑΝΠϧ΋͋Δ

  12. Rから離れたくない⼈向けのDocker環境の操作: RStudio Serverを分析・開発の基盤にするために https://uribo.hatenablog.com/entry/2017/12/21/212941 νʔϜͰ࢖͏%PDLFSΠϝʔδ IUUQTHJUIVCDPNOJFTDPOTQMBO SPDLFSHFPTQBUJBMΛݩʹ Α͘࢖͏ύοέʔδɺ ࿦จࣥච؀ڥΛ੔උ AEPDLFSDPNQPTFVQA

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  13. CJOEFSϓϩδΣΫτ オンラインでの⼩規模なR, Python, Juliaの環境共有にはbinder: 既存サービスとの⽐較 https://qiita.com/uri/items/2dd7d208e8a253aa0d60 3͔ΒCJOEFSͷόοδʢϦϯΫઌʣΛ ੜ੒͢Δ13ΛVTFUIJTύοέʔδʹ ఏҊɾ࣮૷ 

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  16. SFQSPEVDJCMFSFTFBSDIΛࢧԉ͍ͨ͠ 転職・転居しました: ⼤学→企業→研究機関 https://uribo.hatenablog.com/entry/2017/11/02/073239 ݚڀऀؒͰͷ৘ใަ׵ɾ՝୊ڞ༗ ݚڀ׆ಈʹඞཁͳٕज़৘ใΛֶͿ ॴ಺Ͱ3Λத৺ͱͨ͠ूձΛ։࠵ʢ਺ϲ݄ʹҰ౓ʣ usethis::use_course("https://github.com/uribo/talk_180530_ggplot2_tips/archive/master.zip")

  17. ஍ҬͷਓࡐΛ׆͔ͨ͠ίϛϡχςΟ࡞Γ https://tsukubar.github.io/r-spatial-guide/ !JLFEBPTVTIJ͞Μओ࠵ Tsukuba.Rへようこそ https://tsukubar.org/post/2018-10-20-tsukubar-reboot/

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