20230314_R-universe

Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、バイオのソフトウェアパッケージを作ることを推進するコミュニティです。

会の趣旨は日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第39号の7ページ目をご覧ください。

ZoomのURLはconnpassの「参加者への情報」機能により本イベントページに表示されるようになっています。 その情報は

参加登録者でないと見れません
connpassにログインしないと見れません
ご注意ください

スケジュール
17:00 ~ 17:10 Bio"Pack"athonの紹介 @antiplastics

17:10 ~ 17:40 Rのパーソナルパッケージリポジトリ「R-universe」システムとは？ @skume

17:40 ~ 18:10 TDbasedUFE on Bioconductor 3.17 田口善弘 @Yh_Taguchi

Transcript

1. 4BUPTIJ
   ,VNF
   !TLVNF 3ͷύʔιφϧύοέʔδϦϙδτϦ
   ʮ3VOJWFSTFʯγεςϜͱ͸ʁ
   #JP1BDLBUIPO
   
   
   
2. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ IUUQTSVOJWFSTFEFWTFBSDI
3. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ IUUQTSVOJWFSTFEFWTFBSDI
4. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ IUUQTLVNFTSVOJWFSTFEFW(PPHMF*NBHF"SSBZ
5. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ IUUQTLVNFTSVOJWFSTFEFWQBDLBHFT
6. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ IUUQTHJUIVCDPNSVOJWFSTFLVNFT
7. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ S0QFO4DJ͕ఏڙ͢ΔαʔϏεͷͭʢ+FSPFO
   0PNTࢯ ͕؅ཧऀʣ
   ೥͘Β͍͔Β׆ಈ͍ͯ͠ΔϓϩδΣΫτ Β͍͠ IUUQTKFSPFOHJUIVCJPSVOJWFSTF IUUQTSPQFOTDJPSH
8. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ ݸਓ·ͨ͸૊৫͕ॴ༗͢Δɺ3ύοέʔδɺ3NEهࣄɺ ͦͷଞͷ3ͷίϯςϯπΛެ։ɾ഑෍ɺൃݟ͢Δϓϥο τϑΥʔϜʢ$3"/ʹ͍ۙʣ
   ҟͳΔϓϥοτϑΥʔϜؒͷ؅ཧऀʢϝϯςφʔʣΛ૬ ޓࢀর͢Δ
   ͢΂ͯͷϢʔβʔ·ͨ͸૊৫͸ɺίϯςϯπΛެ։͢Δ ͨΊͷύʔιφϧυϝΠϯׂ͕ΓৼΒΕΔɻ IUUQTKFSPFOHJUIVCJPSVOJWFSTF
9. 3VOJWFSTFͱ͸ʁ ύοέʔδΛࣗ༝ʹ഑෍͢Δ͜ͱ͕Ͱ͖Δʢࠪಡͳ͠ Ͱɺ(JU)VCతͳѻ͍ʣ
   Ϣʔβʔ͕ཉ͍͠ύοέʔδΛݕࡧ͠ɺύʔιφϧυϝ ΠϯʢIPHFIPHFSVOJWFSTFEFWʣ͔Βμ΢ϯϩʔυ ͢Δ͜ͱ͕Ͱ͖Δ
10. IUUQTKFSPFOHJUIVCJPSVOJWFSTF
11. IUUQTSVOJWFSTFEFWNBJOUBJOFST 3VOJWFSTFͷ.BJOUBJOFST͸
    ύοέʔδ؅ཧऀશһ
12. 3VOJWFSTFͷ࢖͍ํ ʻύοέʔδͷΠϯετʔϧฤʼ
    ύοέʔδͷΠϯετʔϧ࣌ʹ͸ɺ3ͷʮJOTUBMMQBDLBHFTؔ਺ʯ Λ࢖༻͢Δɻ
    3FQPTʹύʔιφϧυϝΠϯͱ$3"/
    63-Λࢦఆ͢Δɻ (PPHMF*NBHF"SSBZͷΠϯετʔϧ࣮ߦ
13. 3VOJWFSTFͰͷϦϙδτϦ࡞੒ 4UFQ
    
    DSFBUF
    ZPVS
    SFHJTUSZ
    
    ɹະొ࿥ͷ৔߹ɺ3VOJWFSTF
    (JU)VCͷKTPOϑΝΠϧʹ௥ه
    4UFQ
    
    JOTUBMM
    UIF
    (JU)VC
    BQQ
    
    (JU)VCͱͷ࿈ܞ
14. 3VOJWFSTF $3"/ #JPDPOEVDUPS (JU)VC ର৅ͱͳΔ
    ίϯϐϡʔλݴޠ 3ݴޠ
    Ұൠ 3ݴޠ
    Ұൠ 3ݴޠ
    όΠΦ ༷ʑͳݴޠ
    ޿ൣғͳ༻్ ύοέʔδ΍ϥΠϒ ϥϦͷݕࡧੑ ݕࡧੑ͕΍΍޲্ ఻౷తʁ
    ݕࡧࠔ೉ λά෇͚ 
 πϦʔߏ଄ ࡶଟɾݕࡧࠔ೉
    (PPHMFݕࡧ ։ൃऀͷϝϦοτ ։ൃऀ͝ͱͰͷ
    ύοέʔδ؅ཧ 3ۀքͷσϑΝΫτ ϦϙδτϦ
    ύοέʔδ͝ͱ؅ཧ ύοέʔδͷಛઃα Πτ࡞੒
    %0*෇༩ ݸਓϦϙδτϦ ࠪಡϓϩηε ແ͠
    Ϗϧυ௨Ε͹0, ࠪಡ༗Γ 
 ಛఆͷॻࣜ༗Γ ଟஈ֊ͷࠪಡ༗Γ 
 ಛఆͷॻࣜ༗Γ
    ࠪಡݫ͠Ί ແ͠ ࣗ༝ͳ
    ϦϙδτϦ࡞੒ Մೳ ෆՄ ෆՄ Մೳ ଞϓϥοτϑΥʔϜͱ ͷ࿈ܞ (JU)VCͱͷ
    ࣗಈ࿈ܞ (JU)VCͱϦϯΫʁ (JU)VC࿈ܞ ʁʁʁ
15. ·ͱΊ ৽͍͠3ͷύοέʔδ഑෍ϓϥοτϑΥʔϜͰ͋Δɺ 3VOJWFSTFʹ͍ͭͯͷ֓ཁ঺հΛ͠·ͨ͠ɻ
    ։ൃऀʹͱͬͯ͸ɺʢ(JU)VCతͳʣύʔιφϧυϝ ΠϯͰύοέʔδͷެ։ɾ഑෍͕Մೳɻ
    ɹ։ൃऀɾ؅ཧऀͷಁ໌ੑΛ໨ࢦ͍ͯ͠Δҹ৅ʁʁ
    ݱঢ়ɺ$3"/ύοέʔδͷ։ൃऀͳΒɺ(JU)VCͱ࿈ ܞ͞ΕͯɺύʔιφϧυϝΠϯ͕ʢউखʹʣ࡞੒͞Ε ͍ͯΔɾɾɾ
16. ࢀߟࢿྉ Getting started with R-univers e https://jeroen.github.io/runiverse2021/#1 Using the R-Univers e https://www.r-bloggers.com/2021/08/using-the-r-universe/