Upgrade to Pro
— share decks privately, control downloads, hide ads and more …
Speaker Deck
Features
Speaker Deck
PRO
Sign in
Sign up for free
Search
Search
気胸の胸部CTデータの可視化
Search
puripuri2100
January 16, 2024
Technology
0
290
気胸の胸部CTデータの可視化
筑波大学情報科学類で開講された2023年度の情報特別演習の最終発表会で使用したスライドです
puripuri2100
January 16, 2024
Tweet
Share
More Decks by puripuri2100
See All by puripuri2100
法律文書の自動解析2024
puripuri2100
0
43
絵文字は構文解析できるのか
puripuri2100
0
74
係り受け解析を用いた法律文書中の略称規定の解析についての報告
puripuri2100
0
2.9k
SATySFiで作成する構文解析器
puripuri2100
0
260
SATySFiの開発についての要望
puripuri2100
0
420
研究の場においてのRust 製ソフトウェアのバージョン管理について
puripuri2100
0
600
法律文書の自動解析
puripuri2100
1
890
汎用的なコードフォーマットライブラリの作成
puripuri2100
0
310
ユーザーがカスタマイズできるクラスファイル ―v0.0.x と v0.1.x それぞれでの実装 ―
puripuri2100
0
360
Other Decks in Technology
See All in Technology
バイブスに「型」を!Kent Beckに学ぶ、AI時代のテスト駆動開発
amixedcolor
2
560
今!ソフトウェアエンジニアがハードウェアに手を出すには
mackee
12
4.8k
AWSで始める実践Dagster入門
kitagawaz
1
620
なぜテストマネージャの視点が 必要なのか? 〜 一歩先へ進むために 〜
moritamasami
0
220
いま注目のAIエージェントを作ってみよう
supermarimobros
0
240
「Linux」という言葉が指すもの
sat
PRO
4
130
RSCの時代にReactとフレームワークの境界を探る
uhyo
10
3.4k
[ JAWS-UG 東京 CommunityBuilders Night #2 ]SlackとAmazon Q Developerで 運用効率化を模索する
sh_fk2
3
430
自作JSエンジンに推しプロポーザルを実装したい!
sajikix
1
180
フルカイテン株式会社 エンジニア向け採用資料
fullkaiten
0
8.7k
Firestore → Spanner 移行 を成功させた段階的移行プロセス
athug
1
480
ハードウェアとソフトウェアをつなぐ全てを内製している企業の E2E テストの作り方 / How to create E2E tests for a company that builds everything connecting hardware and software in-house
bitkey
PRO
1
130
Featured
See All Featured
A Tale of Four Properties
chriscoyier
160
23k
Evolution of real-time – Irina Nazarova, EuRuKo, 2024
irinanazarova
8
920
Agile that works and the tools we love
rasmusluckow
330
21k
RailsConf & Balkan Ruby 2019: The Past, Present, and Future of Rails at GitHub
eileencodes
139
34k
Making Projects Easy
brettharned
117
6.4k
Facilitating Awesome Meetings
lara
55
6.5k
Testing 201, or: Great Expectations
jmmastey
45
7.7k
Why Our Code Smells
bkeepers
PRO
339
57k
RailsConf 2023
tenderlove
30
1.2k
A Modern Web Designer's Workflow
chriscoyier
696
190k
A designer walks into a library…
pauljervisheath
207
24k
The Psychology of Web Performance [Beyond Tellerrand 2023]
tammyeverts
49
3k
Transcript
気胸の胸部 CT データの可視化 puripuri2100 2024-01-16 筑波大学情報科学類 情報特別演習 最終発表会
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない 1 年生の春にこれになりました
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない 1 年生の春にこれになりました なんとか夏休み前までに治ったものの、まだ肺活量は少ないまま
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか?
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい!
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
肺の 3D モデルを生成してくれるソフトウェアを作成!
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
肺の 3D モデルを生成してくれるソフトウェアを作成!
3/6 「肺のデータ」 を入手 普通のレントゲン画像では情報量が足りなさすぎるので CT スキャンという手法 で撮影されたデータを使う 身体を輪切りにしたようなデータが取れる 筑波大学附属病院に開示請求することでデータを入手 データは
DICOM という医療用画像データの規格だった 簡単に言うと「領域を 500 × 500 × 200 のブロックに分け、それぞれにグレー スケールの値を振る」という形になっている
4/6 データ処理 取得したデータを以下のような形で解析をし、 3D モデルのデータとなる object 形式 ファイルを生成する 1. 「同じ部位ならばほぼ同じ色になる」という前提を利用して、用意した基準値
に近い箇所をまとめてグループ化する 2. 小さなごみを除去する 3. そのままだとファイルサイズが大きくなるのでブロック情報を面情報に変換 4. 生成した面情報をファイルに出力
4/6 データ処理 取得したデータを以下のような形で解析をし、 3D モデルのデータとなる object 形式 ファイルを生成する 1. 「同じ部位ならばほぼ同じ色になる」という前提を利用して、用意した基準値
に近い箇所をまとめてグループ化する 2. 小さなごみを除去する 3. そのままだとファイルサイズが大きくなるのでブロック情報を面情報に変換 4. 生成した面情報をファイルに出力
5/6 描画
5/6 描画
5/6 描画 Three.js というライブラリを使って治癒の過程を順に描画: https://puripuri2100.site/vlung/(表示に少々時間がかかります)
6/6 まとめ 自分自身の胸部 CT 画像データから肺の 3D モデルを生成することに成功 作成したソフトウェアやデータは OSS やオープンデータとして公開中
https://puripuri2100.site/vlung https://github.com/puripuri2100/vlung https://github.com/puripuri2100/vlung-analysis https://github.com/puripuri2100/lung Future Works MRI データにも応用させたい 3D プリントしたい ノイズ除去をもっと頑張りたい