Upgrade to Pro
— share decks privately, control downloads, hide ads and more …
Speaker Deck
Features
Speaker Deck
PRO
Sign in
Sign up for free
Search
Search
気胸の胸部CTデータの可視化
Search
puripuri2100
January 16, 2024
Technology
0
230
気胸の胸部CTデータの可視化
筑波大学情報科学類で開講された2023年度の情報特別演習の最終発表会で使用したスライドです
puripuri2100
January 16, 2024
Tweet
Share
More Decks by puripuri2100
See All by puripuri2100
絵文字は構文解析できるのか
puripuri2100
0
25
係り受け解析を用いた法律文書中の略称規定の解析についての報告
puripuri2100
0
1.9k
SATySFiで作成する構文解析器
puripuri2100
0
180
SATySFiの開発についての要望
puripuri2100
0
370
研究の場においてのRust 製ソフトウェアのバージョン管理について
puripuri2100
0
520
法律文書の自動解析
puripuri2100
1
610
汎用的なコードフォーマットライブラリの作成
puripuri2100
0
280
ユーザーがカスタマイズできるクラスファイル ―v0.0.x と v0.1.x それぞれでの実装 ―
puripuri2100
0
310
mdbook-satysfiを作成しました
puripuri2100
0
550
Other Decks in Technology
See All in Technology
Mini Tokyo 3D × PLATEAU - 公共交通デジタルツインにリアルな風景を
nagix
1
160
いまさらのStorybook
ikumatadokoro
0
160
AWS re:Invent 2024 Kansai Standby
hiroramos4
PRO
0
120
Gradle: The Build System That Loves To Hate You
aurimas
2
170
Autify Company Deck
autifyhq
1
39k
ガチ勢によるPipeCD運用大全〜滑らかなCI/CDを添えて〜 / ai-pipecd-encyclopedia
cyberagentdevelopers
PRO
3
240
AI長期記憶システム構築のための LLMマルチエージェントの取り組み / Awarefy-LLM-Multi-Agent
iktakahiro
1
230
いまならこう作りたい AWSコンテナ[本格]入門ハンズオン 〜2024年版 ハンズオンの構想〜
horsewin
10
2.2k
AIを駆使したゲーム開発戦略: 新設AI組織の取り組み / sge-ai-strategy
cyberagentdevelopers
PRO
1
140
IaC運用を楽にするためにCDK Pipelinesを導入したけど、思い通りにいかなかった話
smt7174
1
120
20241031_AWS_生成AIハッカソン_GenMuck
tsumita
0
120
AWSコンテナ本出版から3年経った今、もし改めて執筆し直すなら / If I revise our container book
iselegant
18
4.2k
Featured
See All Featured
Code Reviewing Like a Champion
maltzj
519
39k
What’s in a name? Adding method to the madness
productmarketing
PRO
22
3.1k
VelocityConf: Rendering Performance Case Studies
addyosmani
325
24k
Bootstrapping a Software Product
garrettdimon
PRO
305
110k
Exploring the Power of Turbo Streams & Action Cable | RailsConf2023
kevinliebholz
27
4.2k
Writing Fast Ruby
sferik
626
61k
Why Our Code Smells
bkeepers
PRO
334
57k
Making Projects Easy
brettharned
115
5.9k
GraphQLの誤解/rethinking-graphql
sonatard
67
10k
Being A Developer After 40
akosma
86
590k
Thoughts on Productivity
jonyablonski
67
4.3k
Intergalactic Javascript Robots from Outer Space
tanoku
268
27k
Transcript
気胸の胸部 CT データの可視化 puripuri2100 2024-01-16 筑波大学情報科学類 情報特別演習 最終発表会
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない 1 年生の春にこれになりました
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない 1 年生の春にこれになりました なんとか夏休み前までに治ったものの、まだ肺活量は少ないまま
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか?
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい!
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
肺の 3D モデルを生成してくれるソフトウェアを作成!
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
肺の 3D モデルを生成してくれるソフトウェアを作成!
3/6 「肺のデータ」 を入手 普通のレントゲン画像では情報量が足りなさすぎるので CT スキャンという手法 で撮影されたデータを使う 身体を輪切りにしたようなデータが取れる 筑波大学附属病院に開示請求することでデータを入手 データは
DICOM という医療用画像データの規格だった 簡単に言うと「領域を 500 × 500 × 200 のブロックに分け、それぞれにグレー スケールの値を振る」という形になっている
4/6 データ処理 取得したデータを以下のような形で解析をし、 3D モデルのデータとなる object 形式 ファイルを生成する 1. 「同じ部位ならばほぼ同じ色になる」という前提を利用して、用意した基準値
に近い箇所をまとめてグループ化する 2. 小さなごみを除去する 3. そのままだとファイルサイズが大きくなるのでブロック情報を面情報に変換 4. 生成した面情報をファイルに出力
4/6 データ処理 取得したデータを以下のような形で解析をし、 3D モデルのデータとなる object 形式 ファイルを生成する 1. 「同じ部位ならばほぼ同じ色になる」という前提を利用して、用意した基準値
に近い箇所をまとめてグループ化する 2. 小さなごみを除去する 3. そのままだとファイルサイズが大きくなるのでブロック情報を面情報に変換 4. 生成した面情報をファイルに出力
5/6 描画
5/6 描画
5/6 描画 Three.js というライブラリを使って治癒の過程を順に描画: https://puripuri2100.site/vlung/(表示に少々時間がかかります)
6/6 まとめ 自分自身の胸部 CT 画像データから肺の 3D モデルを生成することに成功 作成したソフトウェアやデータは OSS やオープンデータとして公開中
https://puripuri2100.site/vlung https://github.com/puripuri2100/vlung https://github.com/puripuri2100/vlung-analysis https://github.com/puripuri2100/lung Future Works MRI データにも応用させたい 3D プリントしたい ノイズ除去をもっと頑張りたい