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気胸の胸部CTデータの可視化
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puripuri2100
January 16, 2024
Technology
0
280
気胸の胸部CTデータの可視化
筑波大学情報科学類で開講された2023年度の情報特別演習の最終発表会で使用したスライドです
puripuri2100
January 16, 2024
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Transcript
気胸の胸部 CT データの可視化 puripuri2100 2024-01-16 筑波大学情報科学類 情報特別演習 最終発表会
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない 1 年生の春にこれになりました
1/6 気胸とは 肺に穴があく病気 肺がしぼみ、呼吸がしにくくなる 死ぬ可能性は低いが、日常生活に大きな支障が出る 具体的には運動が一切できない 1 年生の春にこれになりました なんとか夏休み前までに治ったものの、まだ肺活量は少ないまま
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか?
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい!
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
肺の 3D モデルを生成してくれるソフトウェアを作成!
2/6 自分の肺が見たい! しかし空いてしまったものはしょうがない しぼんでいた肺を見たくないですか? めちゃくちゃ見たい! 治癒の過程を実感を持って振り返りたい 自分の身体の中身を 3D グラフィックで詳細に見てみたい せっかく自由に使える面白いデータがあるのだから触ってみたい
肺の 3D モデルを生成してくれるソフトウェアを作成!
3/6 「肺のデータ」 を入手 普通のレントゲン画像では情報量が足りなさすぎるので CT スキャンという手法 で撮影されたデータを使う 身体を輪切りにしたようなデータが取れる 筑波大学附属病院に開示請求することでデータを入手 データは
DICOM という医療用画像データの規格だった 簡単に言うと「領域を 500 × 500 × 200 のブロックに分け、それぞれにグレー スケールの値を振る」という形になっている
4/6 データ処理 取得したデータを以下のような形で解析をし、 3D モデルのデータとなる object 形式 ファイルを生成する 1. 「同じ部位ならばほぼ同じ色になる」という前提を利用して、用意した基準値
に近い箇所をまとめてグループ化する 2. 小さなごみを除去する 3. そのままだとファイルサイズが大きくなるのでブロック情報を面情報に変換 4. 生成した面情報をファイルに出力
4/6 データ処理 取得したデータを以下のような形で解析をし、 3D モデルのデータとなる object 形式 ファイルを生成する 1. 「同じ部位ならばほぼ同じ色になる」という前提を利用して、用意した基準値
に近い箇所をまとめてグループ化する 2. 小さなごみを除去する 3. そのままだとファイルサイズが大きくなるのでブロック情報を面情報に変換 4. 生成した面情報をファイルに出力
5/6 描画
5/6 描画
5/6 描画 Three.js というライブラリを使って治癒の過程を順に描画: https://puripuri2100.site/vlung/(表示に少々時間がかかります)
6/6 まとめ 自分自身の胸部 CT 画像データから肺の 3D モデルを生成することに成功 作成したソフトウェアやデータは OSS やオープンデータとして公開中
https://puripuri2100.site/vlung https://github.com/puripuri2100/vlung https://github.com/puripuri2100/vlung-analysis https://github.com/puripuri2100/lung Future Works MRI データにも応用させたい 3D プリントしたい ノイズ除去をもっと頑張りたい