医中誌WebにおけるJATS活用事例/ 20181107-xml-kurosawa

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1. 医中誌Webにおける JATS活用事例 2018/11/07 NPO医学中央雑誌刊行会 データベース事業部 黒沢俊典 kurosawa@jamas.or.jp 学術情報XML推進協議会 JATS XML初心者セミナー1 入門編 1
2. 国内発行の医学および関連領域の学術雑誌等に掲載された論文の書誌・ 抄録データベース ＜収録論文数＞ 約1,300万件 （収録誌数は約7,400誌） ※約360万件（約30%）はフルテキストへリンク ＜契約数＞ 法人版：約2,600機関 個人版：約6,000人 ＜利用状況＞ 利用人数：約2万人／日 検索回数：約8～10万回／日 医中誌Webについて 2
3. ＜データの作成＞ 雑誌の入手・論文採択 書誌情報のDB化 抄録の作成・登録 インデキシング フルテキストリンク作成 参考文献データ処理 抄録の6割程度は著者抄録使用の許諾が取れている。 しかし、電子的にデータでもらえる許諾はその内2割程度。 多くはプリント版に記載されている抄録をパンチ。 MeSHに準拠して作成している医学用語シソーラスを 使用してキーワード付与。 国内外の電子ジャーナルに論文単位でリンク。 電子入稿の雑誌は、入稿時にリンク情報を取得できるが、 そうでない雑誌・サイトについては該当のすべての論文に ついて照合処理を行う。（これはさすがに機械処理） ※参考文献データの処理は、電子入稿されている雑誌のみ が対象。 3 98％はプリント版で入手して、パンチによるデータ化。 まだまだ電子データで書誌情報を集めるのは難しい・・・ 技術的・契約的という以前にインセンティブの問題が大きい。 PubMedとは全く状況が違う。
4. ・電子入稿 【2007年】 医中誌DTD対応 データ作成の効率化を目指し、医中誌独自のDTD（医学書院と共同で 作成）を用意し、XMLデータによる雑誌入稿に対応した。 医学書院の発行誌については、XML入稿が実現した。 （当時JATSはまだなく、またその前身のNLM DTDもあまり普及し ていなかったため、独自のDTDを採用） XML入稿による自動処理により、データ作成のタイムラグ短縮と電子 ジャーナル（MedicalFinder）へのリンク処理の効率化が実現。 また、参考文献のフルテキストリンク取得処理も新たに開始。 しかし・・・ローカルルールのDTDであったため、他の出版社・学会 へはあまり広がらなかった。 4
5. 【2014年】 JATS対応 MedicalFInderがプラットフォームを変更し、JATSによる運用が可 能となった。それに合わせ医中誌でもJATSでの入稿に対応した。 MedicalFinder収録の各論文のDOI取得も開始。 その後、JATSの普及に伴い、徐々にJATSでデータを入稿してくれ る学会も出てきた。 【201８年】医書.jpオールアクセス提供開始 医書.jp参加出版社のコンテンツもすべてJATSで入稿。 ・・・とは言え、現在XML（JATS、医中誌DTD）で入稿されてい る雑誌は100誌程度。まだまだこれから。 5
6. JATSへの対応状況 Tag Set 対応 Journal Archiving and Interchange ◦ Journal Publishing ◦ Article Authoring × バージョン 対応 v 0.4 ◦ v 1.0 ◦ v 1.1 ◦ 6
7. 医書.jpとは・・・ 7 ・2014年2月に医書出版社5社が出資して会社設立。 ・出資者 株式会社 医学書院 株式会社 南江堂 株式会社 南山堂 株式会社 学研メディカル秀潤社 特定非営利活動法人 医学中央雑誌刊行会 ・国内の医学関連の専門的な書籍・雑誌を電子配信。 ・医学専門出版社、23社が参加。
8. コンテンツ 閲覧方式 書籍 雑誌 ダウンロード Webブラウザ で閲覧 横断製品 1号単位 Pay per View 個人向け サービス 2,218点 （22社） - 1,658点 約50万件 ◦ ◦ 施設向け サービス （検討中） 90誌（8社） 約50万論文 - - - ◦ 医書.jpの提供サービス ・個人向けサービスからスタート。 ・2018年1月、施設向けの電子ジャーナルサイト「医書.jpオール アクセス」の提供を開始。 ・現在提供しているサービスおよび収録状況は下表の通り。 8 「医書.jp オールアクセス」 （2018年11月現在）
9. 医書.jpオールアクセスのコンテンツ・データの管理 ・本文の閲覧はPDF ・雑誌論文のメタデータの入稿はすべてJATS JATSは以下を採用 Tag Set = Journal Archiving and Interchange Version = 1.1 JATSデータの作成は版元側で行う必要があるが、マニュアルや サンプルデータなどは充実。 ・すべてのコンテンツ（書籍も雑誌論文も）にDOIを付与 9
10. 10 結局、JATSだと何が良いのか？ 学術論文を構造化して表現することを前提としているため、関連する タグや属性が非常に多く用意されており、論文情報を柔軟且つ正確に 表現できる。（構造のみでなく、意味合いも含めて） なので、 ・フルHTMLでの本文提供も可能 （医書.jpではまだ対応していないが） ・標準フォーマットであるため、他のサービスとの連携などの幅が 広がる。 → これについて実例を紹介する。
11. 出版社・学会 医中誌 Parser 書誌情報・抄録 参考文献情報 ・データ処理フロー JATSで入稿されたデータを使用して、 ①医中誌Webデータ作成＋入稿元の電子ジャーナルの該当論文へリンクする。 ②論文の各参考文献情報のフルテキストリンク情報を取得する。 ③JaLCにDOIをデポジットする。 論文情報 (JATS) 電子ジャーナル サイト DOI･URL･書誌情報 ① ② ③ 11
12. <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v0.4 20110131//EN" "http://www.jstage.jst.go.jp/dtds/JATS- journalpublishing0.dtd"> <article xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" dtd-version="0.4" xml:lang="ja"> <front> <journal-meta> <journal-id journal-id-type="j-stage">jxxs</journal-id> <journal-id journal-id-type="ichushi">J01234</journal-id> <journal-title-group> <journal-title xml:lang="en">The Japanese Journal of Nursing</journal-title> <journal-title xml:lang="ja">日本◦◦看護学会雑誌</journal-title> </journal-title-group> <issn pub-type="ppub">0386-1234</issn> <issn pub-type="epub">1881-9999</issn> <publisher> <publisher-name xml:lang="en">The Japanese Society of Nursing Xyzzz</publisher-name> <publisher-name xml:lang="ja">日本◦◦看護学会</publisher-name> </publisher> </journal-meta> <article-meta> <article-id pub-id-type="doi">10.5833/jxxs.2029.3304</article-id> <article-id pub-id-type="manuscript">2029.3304</article-id> <article-categories> <subj-group subj-group-type="article" xml:lang="ja"> <subject>症例報告</subject> </subj-group> <subj-group subj-group-type="article" xml:lang="en"> <subject>CASE REPORT</subject> </subj-group> </article-categories> <title-group> <article-title xml:lang= "ja">肺に転移した腎細胞がんの1手術例</article-title> <trans-title-group> <trans-title xml:lang="en"> Pulmonary metastasectomy from renal cell carcinoma including 3 cases with sarcomatoid component </trans-title> </trans-title-group> <alt-title alt-title-type="running-head">原発性腎細胞がん</alt-title> </title-group> <contrib-group> <contrib contrib-type="author" xlink:type="simple"> <name-alternatives> <name name-style="eastern" xml:lang="ja-Jpan"> <surname>湯川</surname> <given-names>弘明</given-names> </name> <name name-style="western" xml:lang="en"> <surname>Yukawa</surname> <article-id pub-id-type="doi">10.5833/jxxs.2029.3304</article-id> 例えば、DOIがあれば取得して リンク用サーバに格納。 ①医中誌Webデータ作成＋入稿元の電子ジャーナルの該当論文へリンク 12 医中誌Webに必要な書誌情報・抄録などを抽出。 電子ジャーナルサイトへリンクを張るための情報を抽出。
13. 13 医中誌DTD入稿ジャーナル JATS入稿ジャーナル ＜フルテキストリンク例＞
14. ②論文の各参考文献情報のフルテキストリンク情報を取得 <back> <ref-list> <ref id="ref1"> <label>3</label> <citation-alternatives> <mixed-citation publication-type="journal">3) Stone MS, et al:Antimicerb Agents Chemother 24:486, 1983</mixed-citation> <element-citation publication-type="journal"> <year>1983</year> <source>Antimicerb Agents Chemother</source> <volume>24</volume> <fpage>486</fpage> </element-citation> </citation-alternatives> </ref> <ref id="ref2"> <label>4</label> <citation-alternatives> <mixed-citation publication-type="journal">4) Wallace RJ Jr, et al:J Infect Dis 152:500, 1985</mixed-citation> <element-citation publication-type="journal"> <year>1985</year> <source>J Infect Dis</source> <volume>152</volume> <fpage>500</fpage> </element-citation> </citation-alternatives> </ref> <ref id="ref3"> <label>5</label> <citation-alternatives> <mixed-citation publication-type="journal">5) Jackson PG, et al:Br Med J 281:1105, 1980</mixed-citation> <element-citation publication-type="journal"> <year>1980</year> <source>Br Med J</source> <volume>281</volume> <fpage>1105</fpage> </element-citation> </citation-alternatives> </ref> <ref id="ref4"> <label>6</label> <citation-alternatives> <mixed-citation publication-type="journal">6) Toth EL, et al:Diabetes Care 18:1284, 1995</mixed-citation> <element-citation publication-type="journal"> <year>1995</year> <source>Diabetes Care</source> <volume>18</volume> <element-citation publication-type="journal"> <year>1983</year> <source>Antimicerb Agents Chemother</source> <volume>24</volume> <fpage>486</fpage> </element-citation> この部分が参考文献1件の書誌情報 14 参考文献の雑誌名・巻・ページ・発行年の情報を 使用して各電子ジャーナルサイト、データベース の論文情報と照合する。
15. ＜参考文献リンク例＞ 15
16. ③JaLCにDOIをデポジットする。 DOI（Digital Object Identifier）とは、ネット上のコンテンツに 一意に付与され永続的に管理されるID。 主に学術論文、書籍、研究デー タなどに付与されている。 DOI は国際DOI 財団が管理。登録はRegistration Agency（RA） が行っている。 国内ではJST、NII、 NDLが共同で運営している JaLC（Japan Link Center）が唯一のRA。 医中誌はJaLCの正会員として参加しており、準会員（医書.jp参加 出版社の約３０社）のコンテンツのDOIを代行してデポジット。 準会員は、現時点で医書.jp参加出版社のみだが、今後拡大したい。 実際にDOI 取得を希望する複数の学会からの引き合いもある。 →JATSで入稿してもらえればすぐにでも連携を開始できるのだが･･･ 16
17. JATSからJaLC XMLに変換して、JaLCのAPIを通してデポジット <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD 20110131//EN" "http://www.jstage.jst.go.jp/dtds/JATS-journalpublishing0.dtd"> <article xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" dtd-version="0.4" xml:lang="ja"> <front> <journal-meta> <journal-id journal-id-type="j-stage">jxxs</journal-id> <journal-id journal-id-type="ichushi">J01234</journal-id> <journal-title-group> <journal-title xml:lang="en">The Japanese Journal of Nursing</journal-title> <journal-title xml:lang="ja">日本◦◦看護学会雑誌</journal-title> </journal-title-group> <issn pub-type="ppub">0386-1234</issn> <issn pub-type="epub">1881-9999</issn> <publisher> <publisher-name xml:lang="en">The Japanese Society of Nursing</p <publisher-name xml:lang="ja">日本◦◦看護学会</publisher-name> </publisher> </journal-meta> <article-meta> <article-id pub-id-type="doi">10.5833/jxxs.2029.3304</article-id> <article-id pub-id-type="manuscript">2029.3304</article-id> <article-categories> <subj-group subj-group-type="article" xml:lang="ja"> <subject>症例報告</subject> </subj-group> <subj-group subj-group-type="article" xml:lang="en"> <subject>CASE REPORT</subject> </subj-group> </article-categories> <title-group> <article-title xml:lang= "ja">肺に転移した腎細胞がんの1手術例</article-title> <trans-title-group> <trans-title xml:lang="en"> Pulmonary metastasectomy from renal cell 3 cases with sarcomatoid component </trans-title> </trans-title-group> <root> <head> <error_process>1</error_process> <result_method>0</result_method> <content_classification>01</content_classification> <request_kind>01</request_kind> </head> <body> <site_id>SI/JAMAS</site_id> <content sequence="0001" classification="article"> <doi>10.5833/jxxs.2029.3304</doi> <url>https://webview.isho.jp/journal/detail/abs/10.5833/jxxs.2029.3304</url> <journal_id_list> <journal_id type="ISSN" issn_type="print">0386-1234</journal_id> </journal_id_list> <journal_name lang="ja">日本◦◦看護学会雑</journal_name> <publisher_list> <publisher> <publisher_name lang="ja">日本◦◦看護学会</publisher_name> <location>JPN</location> </publisher> </publisher_list> <title_list> <titles lang="ja"> <title>肺に転移した腎細胞がんの1手術例</title> <subtitle></subtitle> </titles> </title_list> <creator_list> <creator sequence="1" type="person"> <names> <last_name>湯川</last_name> <first_name>弘明</first_name> <prefix></prefix> <suffix></suffix> </names> <affiliation> JATS JaLC XML 変換 デポジットする内容は、 ・DOI ・ランディングページのURL ・書誌情報 17
18. ＜正会員別デポジット件数＞ JaLC正会員 件数 科学技術振興機構 (JST) 4,540,190 国立国会図書館 (NDL) 799,654 NPO 医学中央雑誌刊行会 457,334 国立情報学研究所 (NII) 243,615 国文学研究資料館 73,920 日本原子力研究開発機構 (JAEA) 10,482 ライフサイエンス統合データベースセンター 3,242 川崎医学会 2,458 ICIC International 学会 1,933 他 8,017 合計（全40機関） 6,140,845 （2018年8月現在） ちょっと横道に逸れるが・・・ 18
19. JaLC正会員 RA（Registration Agency） ・・・（全11機関） JST 医中誌 NII ・・・（全40機関） 1億件 614万件 1550万件 1億7500万件 準会員 準会員 準会員 ＜デポジットイメージ＞ 19
20. まとめ 医中誌Webにとって、 ・効率化には、やはりJATSが必要。 データ作成・フルテキストリンク実装 ・付加価値をつけるには、やはりJATSが必要。 参考文献データ処理・DOIデポジット 20
21. ありがとうございました。 21