catégories • Mortalité périnatale : liée aux conditions de vêlage • Mortalité juvénile : origine infectieuse • Maladies digestives : système immunitaire en cours de développement • Maladies respiratoires : poumons en cours de développement pendant toute la 1ère année de vie Une variabilité génétique importante de la sensibilité/résistance des animaux à l’infection La sélection génétique peut contribuer à l’amélioration de la survie juvénile
développé des évaluations génomiques pour • améliorer la survie juvénile (ex: les Pays-Bas, pays nordiques) • augmenter la résistance aux causes sous-jacentes i.e. maladies digestives et respiratoires (ex : Canada, Australie) • En France: • Chez les bovins laitiers : évaluation de la vitalité • à la naissance (VIN) : survie dans les 48 heures après la naissance • au vêlage (VIV) : survie du veau au vêlage de l’animal pour une femelle ou au vêlage des filles de l’animal pour un mâle → Développer une évaluation génomique qui couvre toute la 1è année de vie pour les races bovines laitières et allaitantes françaises
de la vie de l’animal • Enregistrer les événements de la vie d’un animal est obligatoire en France (et dans tous les pays de l’Union Européenne), notamment : • Date de naissance • Mouvements entre élevages Données exhaustives • Date de la mort • Cause de la mort : mort naturelle ou abattage • Plusieurs caractères ont été définis en concertation avec les organismes et entreprises de sélection • en divisant la première année de vie en périodes → cause principale de mortalité au cours de la période considérée • en considérant que l’animal est • mort : mort naturelle pendant la période considérée • vivant : vivant à la fin de la période ou abattu pendant la période considérée
Périodes étudiées : • 3 - 30 jours → maladies digestives • 31 - 365 jours → maladies pulmonaires • 3 - 365 jours → période globale • Données des femelles • Nées en France depuis 2010 • Non jumelles • Qui restent dans leur élevage de naissance • Chez les bovins laitiers : 6 Bilans statistiques par race et par filière • Un taux de survie d’environ 90% au cours de la première année de vie (échelle filière) • Variabilité entre races : taux de survie variant entre 80 et 96% selon les races • Variabilité entre individus d’une même race : des taureaux associés à des taux de survie faibles
femelles non-jumelles entre 3-30j ; 31-365j ou 3-365j • Tri des données • Femelles non-jumelles avec parents, troupeau, année de naissance, département connus • ≥ 5 animaux par troupeau x année et par département x mois x année • Filles de taureaux ayant ≥ 10 filles dans 5 troupeaux différents • Modèle animal 𝑦𝑦𝑖𝑖𝑖𝑖𝑖𝑖 = 𝜇𝜇 + 𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡 × 𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎é𝑒𝑒𝑖𝑖 + 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑 × 𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚 × 𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑗𝑗 + 𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑘𝑘 + 𝑒𝑒𝑖𝑖𝑖𝑖𝑖𝑖 Performance Environnement Génétique
Faibles héritabilités : comprises entre 0,6 et 3,1% selon les caractères • Généralement plus élevées pour la période globale 3-365 jours que pour les sous-périodes • Mais une variabilité génétique importante • Ecart-types génétiques compris entre 1,13 et 5,39% • Permet de bien discriminer les taureaux améliorateurs des taureaux détériorateurs 8
0 - 2 jours : mortinatalité • 3 - 30 jours % d’animaux conservés suivant l’étendue de la dernière catégorie considérée (31 – x jours) Age max (jour) 180 210 240 270 300 330 365 CHA LIM AUB BLA RDP 100 97 89 77 62 51 42 100 96 87 73 59 50 46 100 98 94 86 73 59 43 100 86 71 60 52 48 45 100 91 78 67 60 57 55 • Au-delà • Aubrac, Charolaise, Limousine, Rouge des Prés: 31 - 210 jours La borne 210 jours déjà utilisée pour d’autres caractères et bien connues des éleveurs → facilitera la communication autour de ce nouveau caractère • Blonde d’Aquitaine : 31 -180 jours Les animaux (mâles en particulier) quittent leur élevage de naissance plus tôt que dans les autres races 13
Données des femelles et des mâles • Nés en France depuis 2010 • Non jumeaux • Qui restent dans leur élevage de naissance Bilans statistiques par race et par filière • Chez les bovins allaitants : • Taux de survie à 6 mois – échelle filière • ≈ 90% chez les mâles • ≈ 93% chez les femelles • Variabilité entre races • Variabilité entre individus d’une même race : des taureaux associés à des taux de survie faibles • Effet sexe : Taux de survie plus faibles chez les mâles 14
des veaux et non-jumeaux entre 0-2j ; 3-30j ; 31-210j ; 3-210j (31-180j ; 3-180j pour les BLA) • Nettoyage des données • Nés entre 2010 et 2023 ou 2024 selon le caractère • ≥ 5 animaux par troupeau x campagne x sexe (x groupe de conduite si CAR= 31-210, 31-180, 3-210 ou 180), par âge au vêlage et par saison de naissance • Taureaux ayant ≥ 10 descendants issus de 5 troupeaux différents 15 Race Nombre données Aubrac 450 000 - 554 000 Blonde d'Aquitaine 877 000 - 1 068 000 Charolaise 2 261 000 - 2 699 000 Limousine 1 649 000 - 2 010 000 Rouge des prés 108 000 - 133 000
naissance Périodes 0 – 2 jours et 3 – 30 jours : Effets fixes : Troupeau x campagne x sexe, Âge au vêlage, Saison de naissance Effets aléatoires : Animal, Mère, Environnement permanent maternel Mortalité au-delà de 30 jours : Prendre en compte les mâles et les femelles dans une même évaluation Tenir compte des différences de conduite → Ajout du groupe de conduite dans le groupe de contemporains Effets fixes : Troupeau x campagne x sexe x groupe_conduite, Âge au vêlage, Saison de naissance Effets aléatoires : Animal, Mère, Environnement permanent maternel 16
digestives ou respiratoires • Des taux de survie plutôt stables sur les 15 dernières années • Une variabilité entre races et intra-race • Des caractères peu héritables mais présentant une variabilité génétique suffisante pour la sélection • Développement d’évaluations génomiques pilotes → un nouvel outil pour une meilleure survie des veaux en élevage • La valorisation des résultats sera travaillée avec les OS et ES (index de synthèse, indicateurs schémas…) 18
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