Cursor Meetup Tokyo ゲノミクスとCursor： 進化と制約のあいだ

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1. ゲノミクスとCursor： 進化と制約のあいだ 小井土 大（KOIDO Masaru） 2025/06/06　19:30~19:40 Cursor Meetup Tokyo 本発表の内容は私個人の見解であり、 所属組織の見解を示すものではありません。
2. 金融系シンクタンク 3年 → アカデミア 10年目 専門：データ分析 手法：統計解析と機械学習 対象データ：ゲノム・オミックス、健診・病院データ、etc. 代表業績: 予測の科学 遺伝的多型から 薬剤性肝障害リスク を予測 (Nat Med. 2020) 組織画像から 遺伝子の転写量 を予測 (Sci Rep. 2022) DNA配列から 非翻訳RNAの転写 を予測 (Nat Biomed Eng. 2023) 小井土 大 (東京大学・助教、36歳) 自己紹介 2 / 11
3. 現代人のヒトゲノム 🧬には 進化的制約 （=重要な機能のために 変異が蓄積しにくい）の痕跡が刻まれている 機械学習と変異シミュレーションを用いた手法開発により、 ゲノムに刻まれた進化上の重要な記録を読み解く Tomizuka , Koido , Suzuki , et al. bioRxiv. 2024 (preprint) 最近の研究： 進化と制約に着目したDNA配列AI † †,* † 自己紹介 3 / 11
4. データサイエンス 機械学習: Python (PyTorch, XGBoost, ...) 集計/統計解析/作図: R (tidyverse) 普段のデータ処理: shell芸 (awkなど) 日々のアレコレ スライド・ポスター: Marp (Markdown + CSS) Chrome拡張機能づくり: TypeScript MCPサーバーづくり: Python 私とコーディング 自己紹介 4 / 11
5. 全般: Cursor (Pro) 作図: Rstudio + GitHub Copilot 出先でアイデアを粗々カタチに: OpenAI Codex ダブルチェック: CodeRabbit 少し遊んだだけ: Cline, Roo Code 正直、コーディングAIの 進化 が速すぎて、ついていけていない Devin, Claude Codeなど、試していない... 私とコーディングAI (2025年6月時点) 自己紹介 5 / 11
6. 個人情報を含まない ゲノム解析ツールの開発・更新 アイデアの高速プロトタイピング 処理の高速化 保守管理能の向上（モジュール化など） 昔動いたスクリプトの再利用 テスト用データ・コードの作成 スライド・ポスターのデザイン（CSS for Marp） CSS不勉強だが、アウトプットで判断 Vibe Coding! 私の研究にCursorをどう利用しているか？ 私とCursor 6 / 11
7. LLMが正確なp値を計算でき たら、世界の誰かが笑顔に 🤗 アンダーフローになるp値も 正確に再計算するMCPサーバ を作ってみた @skoyamamd らが公開する R スクリプトのラッパー https://github.com/koido/extreme-p-mcp LLM meets extreme p-values! 私とCursor 7 / 11
8. 探索的データ分析やデータクリーニングでは、 ログ・図・集計表を見て次の分析を考える 例： プロットしたら分布が歪んでた → 歪みの原因を特定したい 欠損値が多かった → データ取得に問題ありそうな 集団を見つけたい データ分析での理想的コーディングAI活用 私とCursor 8 / 11
9. 1. うっかり個人情報を API に流し込んだら... 同意・事前計画などで、データを置けるサーバーに 制約 2. 学習に使われたら... Cursor では Privacy mode で制御できる 3. ルール追加・変更をフォローできなかったら... Cursor の Background Agents では Privacy mode をオフ (in future で変わる？) 取扱い注意データ を含む環境では Cursor 未使用 私とCursor 9 / 11
10. 制限付きアクセスのヒトゲノムデータ（NIHとの契約等の 一定の条件下で利用可能）に関して： プロンプトでのデータ入力は第三者提供（ 禁止） ユーザーが学習した生成AIモデルはData Derivatives 承認済ユーザー以外と共有禁止 プロジェクト終了時に削除 延長申請等も可能ではある。 詳細は https://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-25-081.html (Release Date: 2025/03/28) 米国NIHでのヒトゲノムデータへの生成AI方針 私とCursor 10 / 11
11. Cursor は個人情報等を用いない機械学習研究を加速中 あらゆるデータ分析でシームレスなCursor活用が理想 同じ悩みを持つ皆さんとの交流が楽しみ 気軽にDMください！ : @m_koido : masaru-koido-53b284144 まとめと今後の期待 ご清聴ありがとうございました！ 11 / 11