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XML/JATS 入門セミナ/20181107-xml-tokizane

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November 07, 2018

XML/JATS 入門セミナ/20181107-xml-tokizane

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November 07, 2018
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  1. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 3 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 3 SGML, HTML, XML • SGML (Standard Generalized Markup Language) – 元は IBM’s Generalized Markup – 政府文書の作成などで普及 – 学術雑誌の編集も • HTML (HyperText Markup Language) – SGML の Web 版とみなされる – DTD が不要
  2. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 4 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 4 HTML とは • Web ページを記述する言語 – レイアウトを指定できる – 画像などを貼ることができる – リンクを張ることができる • 基本的なスタイル – <開始タグ><終了タグ>からなる – <b>ときざね</b> – <font size="+1">ときざね</font> – リンク <a href=“http://home.highway.ne.jp/tokizane/”>ときざねそう いち</a>
  3. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 5 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 5 XML とは • XML (eXtensible Markup Language) – データの構造を表現する言語 – 表示には CSS (Cascading StyleSheet) などを 使用 – http://www6.airnet.ne.jp/manyo/xml/
  4. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 6 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 6 XML • 例 <社員情報> <社員番号>1000</社員番号> <氏名> <姓>田中</姓> <名>次郎</名> </氏名> <部署>総務</部署> </社員情報>
  5. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 7 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 7 XML • eXtensible Markup Language – 現在電子文書の中心 – データ交換 – メタデータ記述 (RDF) – 電子ジャーナル – 電子書籍 (XHTML, EPUB) – Microsoft Office
  6. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 8 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 8 XML • eXtensible Markup Language – 現在電子文書の中心 – データ交換 – メタデータ記述 (RDF) – 電子ジャーナル – 電子書籍 (XHTML, EPUB) – Microsoft Office
  7. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 9 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 9 XML の特徴 • スキーマがない (SGML との違い) • 大文字小文字を区別 (case-sensitive) • 改行記号、余分な半角スペースは無視される • 整形式 (well-formed) であること – 機械可読 – 開始タグと終了タグがある – 属性の値は “” で括る – ルート要素はひとつだけ、必ずある
  8. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 10 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 10 XML の予約文字 • <, >, &, “, ‘
  9. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 11 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 11 要素 (Element) • XML の情報単位 • 「物」を表す • タグで記述される – ネストできる <name> <surname>時実</surname> <given-name>象一</given-name> </name>
  10. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 12 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 12 属性 (Attribute) • 物の「性質」を表す • 要素の付加的情報 <article-id pub-id-type="pmid">10092260</article-id> • 複数個記述できる
  11. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 13 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 13 構造 • XML の構造は木構造 (tree structure) である • http://www.atmarkit.co.jp/aig/01xml/tree.html
  12. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 14 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 14 整形式 (Well-Formed) XML • 文法に従ったXML文書 – 開始タグと終了タグが対になっている • <b>TOKIZANE</b> • 空要素の場合 <br /> のように書くこともできる – 入れ子が正しく出来ている • 正しくない XML の例 <name> <surname>時実<given-name></surname>象一</given-name> </name>
  13. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 15 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 15 実習 • 次のデータを XML で書いてみよう (要素名は適 当に決めてよい、ただし最上位は <list>、各項は <list-item> を使ってください)
  14. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 17 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 17 スキーマ言語 • XML の要素・属性・構造を定義する – DTD (Document Type Definition) – XSD (W3C XML Schema) – RELAX NG Schema • 必須ではない – 実務上は整形式で書き、Validator, Style Checker な どでチェックする
  15. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 18 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 18 DTD • <!ENTITY % front-model "(journal-meta, article-meta, (%front-back.class;)? )"> • <!ELEMENT front %front-model;> • <!ATTLIST article %article-atts;>
  16. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 19 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 19 XSD (Schema) • 属性を <xsd> で定義 <xsd:element name="fpage"> <xsd:complexType mixed="true"> <xsd:attribute name="content-type"/> <xsd:attribute name="seq"/> <xsd:attribute name="specific-use"/> <xsd:attribute ref="xml:lang"/> </xsd:complexType>
  17. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 20 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 20 RELAX NG <optional> <choice> <group> <ref name="fpage"/> <optional> <ref name="lpage"/> </optional> </group> </choice> </optional>
  18. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 21 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 21 DOCTYPE 宣言 • <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.1d1 20130915//EN" "JATS- journalpublishing1.dtd">
  19. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 22 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 22 名前空間 (Name Space) • ある要素名・属性名が、異なる XML スキーマ間で重 複・衝突することのないようにする – 同じ意味を持つようにする – マッシュアップを可能にする
  20. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 23 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 23 名前空間 (Name Space) • 数式 (MathML) xmlns:mml=http://www.w3.org/1998/Math/MathML • XLINK xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink • スキーマ・ロケーション xmlns:xsi=http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance
  21. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 24 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 24 xml:lang • XML で定められた特別な属性 • コンテンツの言語を示す – 文字、音声、その他 • レンダリング等の処理に必要 • 下位の要素に継承される
  22. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 25 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 25 PMC でのチェック • Validator – 整形式 (well-formed) であるかどうかチェック – DOCTYPE 宣言と一致しているかどうか • Style Checker – XML ファイルをテンプレートで処理し、レポートを出力 (XSL transform) – PMC Tagging Style に沿っているかどうかチェック – Tagging Guideline のチェックではない
  23. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 26 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 26 PMC でのチェック • Style Checker エラーの例 – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK62090/ – MathML のエラー – DOI の値が不正 – @related-articles-type が正しくない – 空要素がある – <xref> のチェック – @ref-id=“fig” と書かれているのに、中身が図でない – タイトル全体が大文字になっている
  24. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 27 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 27 Schematron • XML の木構造をチェック – 構造中の要素の存在・不在をチェック – 論理構造がチェックできる – 出版者・雑誌毎に編集して使うと有用
  25. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 28 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 28 Schematron • API の利用例 – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100349/ – 過去の SGML/XML データを JATS に変換 – その際のデータチェックに XSLT とともに利用 – Schematron に 250 のルールを記述
  26. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 29 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 29 Schematron • SAGE の利用例 – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100373/ – 次のようなエラーの検出に利用 • 電子メールアドレス中にはスペースがない • 著者の姓の中にスペースがある • タイトルがすべて大文字となっている • 号サプリメンツのページには S がついている • セクションタイトルは <p><italic> でなく、<sec>, <title> で記 述されている
  27. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 30 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 30 XSL • eXtensible Stylesheet Language • XML 文書から必要なデータを取り出し、書式情 報を与えてレイアウトする • XSLT (XSL Transformations) – データを取り出す仕様 • XSL-FO (XSL Formatiing Objects) – データの書式情報の仕様 • CSS (Cascading StyleSheets) – データの書式情報の仕様
  28. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 32 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 32 NLM DTD • 学術雑誌における XML の DTD として開発 (2002) – PubMed Central 改良計画 (NCBI) – 学術雑誌の電子的アーカイブ・プロジェクト • ハーバード大学 • メロン財団 – メンバー • NCBI、ハーバード大学、メロン財団、Mulberry Technologies (NCBI コンサルタント)、Inera, Inc. (ハーバー ド大学コンサルタント)
  29. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 33 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 33 NLM DTD の歴史 (Jeff Beck) • Version 1.0 (2002/12) • Version 2.0 (2004/8) • Version 3.0 (2008/12) • Version 3.1 (2010/9) (draft)
  30. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 34 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 34 JATS • Journal Article Tag Suite (JATS) – NLM DTD 3.1 (draft) が NISO に移行 – JATS version 0.4 (2011/3/30) – JATS version 1.1 • NISO Z39.96-2012 (2012/8/19) – ANSI 標準となる (2012/8/9) – JATS version 1.2 (2016.1.13) • DTD でなくタグセット
  31. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 35 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 35 JATS タグセット 説明 Archiving and Interchange Tag Set アーカイブが既存の冊子体やタグ付けされた雑誌記事 の構造や意味要素をできるだけ容易に保存することを 目的とし、特別の順序やテキスト形式にモデル化する ことをしない。 Journal Publishing Tag Set 特定の出版社の方式から独立して、コンテンツを標準 化して受け入れ、アーカイブすることを目的とする。 Article Authoring Tag Set 新規な雑誌記事を執筆するためのもので、コンテンツ の標準化と管理が重要となる。 BITS (Book Interchange Tag Suite) JATS を書籍のタグ付けに拡張
  32. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 36 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 36 JATS ホームページ http://jats.nlm.nih.gov/
  33. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 37 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 37 Journal Publishing Tag Library http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/index.html
  34. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 40 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 40 JATS の特徴 • 学術論文の記述に特化 – 科学技術医学が中心 – 人文・社会科学にも適用できる • 論文単位の XML ファイル – 雑誌単位の情報 (目次など) はない
  35. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 41 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 41 JATS (NLM DTD) の利用状況 (欧米) • 外部との流通にのみ利用 – 大手出版社・大手学会など – 社内では独自の XML を利用 – 外注のインタフェースは JATS が増加 • JATS を拡張して社内でも利用 – 自社独自の要素を追加 • JATS の一部を社内でも利用
  36. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 42 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 42 タグ・セット • Journal Archiving and Interchange • Journal Publishing • Article Authoring
  37. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 43 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 43 Journal Publishing Tag Set • 構成要素 – 宣言部分 – Article • Front matter • Body • Back matter • Floating materials
  38. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 44 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 44 宣言部分 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article PUBLIC “-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN” "JATS-journalpublishing1.dtd"
  39. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 45 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 45 JATS XML の決まり • <article> で宣言した言語 (@xml:lang) は、特に 指定しない限り下位の要素に引き継がれる <article article-type="research-article" dtd-version="1.0" xml:lang="en"> </artilce> • <article-title> 以外のほとんどの要素は繰り返し が可能 (複数言語で記述できる)
  40. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 46 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 46 Article • XML ファイルの本体 • 記事の種類と、DTD, 名前空間を定義 <article article-type="research-article" dtd-version="1.0" xml:lang="en xmlns:mml=http://www.w3.org/1998/Math/MathML xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema- instance">
  41. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 48 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 48 @xml:lang • 言語を指定する • <article> で指定した言語がデフォルトとなる。指 定しない場合は「英語 (en)」 • 言語コードとスクリプト (IANA) が記述可能 – xml:lang=“en” 英語 – xml:lang=“ja-Jpan” 漢字まじり – xml:lang=“ja-Kana” カタカナ – xml:lang=“ja-Hira” ひらかな
  42. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 49 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 49 Front matter • 前付 • <front> – <journal-meta> – <article-meta>
  43. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 50 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 50 <journal-meta> • <journal-id> – 雑誌のコード • <journal-title-group> – <journal-title> 雑誌タイトル * – <abbrev-journal-title> 雑誌略名 * – <issn> ISSN – <publisher> 出版者名 * * 繰り返し指定で、多言語記述化
  44. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 51 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 51 <article-meta> • <article-id> • <article-categories> • <title-group> • <contrib-group> • <aff> • <author-notes> • <fn> • <pub-date> • <volume> • <issue> • <fpage> • <lpage> • <history> • <copyright-statement> • <abstract> • <kwd-group>
  45. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 52 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 52 <article-id> • 論文の ID <article-id pub-id-type="doi">10.1073/pnas.181325198</article-id> <article-id pub-id-type="other">jPNAS.v98.i18.pg10214</article-id> <article-id pub-id-type="pmid">11517319</article-id>
  46. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 53 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 53 <article-categories> • 論文の種別を記述する • <subj-group><subject> の中で記載 – <subject>Retraction</subject> – <subject>Biological Sciences</subject> – ネストしてもよい <subj-group> <subject>Primary care</subject> <subj-group> <subject>190</subject> <subject>10</subject> </subj-group> </subj-group>
  47. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 54 論文タイトル • <title-group> –

    サブタイトル、欄外見出し (running title) などがあると きに使う • <article-title> – 通常の論文タイトル • <trans-title> – 別の言語のタイトル 2018/11/7
  48. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 55 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 55 <title-group> • <article-title>, <subtitle>, <trans-title-group>, <alt- title> を含むことができる <title-group> <article-title>Effect of Alcohol on Recurrence of Chron&rsquo;s Disease</article-title> <alt-title alt-title-type="left-running-head">Gaillard, Lehmen, Auge, et al.</alt-title> <alt-title alt-title-type="right-running-head">Effect of Alcohol on Recurrence of Chron&rsquo;s Disease</alt-title> </title-group> • 多言語のタイトルは <trans-tilte-group> を用いる
  49. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 56 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 56 <article-title>, <trans-title> <article-meta> <artilce-title xml:lang=“ja”>世界最大の書籍アーカイブ HathiTrust</article-title> <trans-title xml:lang=“en”>World Largest Book Archive, HathiTrust</trans-title> </artilce-meta>
  50. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 58 <contrib-group> • 著者情報を記述する –

    <contrib>, <aff>, <aff-alternatives>, <bio>, <role>, <xref> などを含む 2018/11/7
  51. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 59 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 59 <contrib> • 著者情報を記述する • <name>, <aff>, <aff-alternatives>, <bio>< <xref>, <role> などを含む
  52. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 60 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 60 <name> • 人名を記述する – <surname>, <given-name> に分けることができる <name> <surname>Llanos De La Torre Quiralte</surname> <given-names>M</given-names> </name>
  53. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 61 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 61 <name-alternatives> • 同一人物に複数の名前がある場合に用いる • 複数の <name> を含むことができる <name-alternatives> <name name-style="eastern" xml:lang="ja-Jpan"> <surname>中西</surname> <given-names>秀彦</given-names> </name> <name name-style="western" xml:lang="en"> <surname>Nakanishi</surname> <given-names>Hidehiko</given-names> </name> <name name-style="eastern" xml:lang="ja-Kana"> <surname>ナカニシ</surname> <given-names>ヒデヒコ</given-names> </name> </name-alternatives>
  54. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 62 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 62 <aff> • 著者の所属機関を記述する • <institution>, <addr-line>, <country> などを含む • 所属機関が複数ある場合、<xref>, @id で区別する <contrib contrib-type="author"> <name> <surname>Wigginton</surname> <given-names>Janis</given-names> </name> <xref ref-type="aff" rid="aff-1"/> </contrib> <aff id="aff-1">Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI 48109- 0620</aff>
  55. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 63 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 63 <aff-alternatives> • 同一所属機関に複数の名前がある場合に用いる • 複数の <aff> を含むことができる <aff-alternatives id="aff1"> <aff> <institution xml:lang=“ja-Jpan”>国立言語学博物館 </institution> </aff> <aff> <institution xml:lang="en">National Museum of Linguistics </institution> </aff> </aff-alternatives>
  56. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 64 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 64 <pub-date> • 発行年月日を記述する • @pub-type には、pub, epub, ppub, epub- ppub などがある <pub-date pub-type="pub" iso-8601-date="1999-03-27"> <day>27</day> <month>03</month> <year>1999</year> </pub-date> • @date-type で編集履歴も記載できる – received, rev-request, accepted, retracted など
  57. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 65 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 65 <abstract> • 抄録を記述する • 多言語の抄録がある場合、複数記述し、 @xml:lang で区別する
  58. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 66 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 66 <kwd-group> • 複数のキーワードを記述する • <kwd> で個々のキーワードを記述する <kwd-group kwd-group-type="author"> <kwd>DNA analysis</kwd> <kwd>gene expression</kwd> (中略) <kwd>parallel cloning</kwd> <kwd>fluid microarray</kwd> </kwd-group> • 多言語のキーワード群がある場合、複数記述し、 @xml:lang で区別する
  59. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 67 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 67 Body • <body> – <sec> • <title> • <p> • <fig> • <graphic> • <table-wrap> • <fn>
  60. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 68 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 68 <sec> • 本文の章 <sec sec-type="intro"> <title>Introduction</title> <p>Geriatric day hospitals developed rapidly in the United .... We therefore undertook a systematic review of the randomized trials of day hospital care.</p> </sec> <sec sec-type="methods"> <title>Methods</title> <p>The primary question addressed was ....</p> <sec> <title>Inclusion criteria</title> <p>We set out to identify all ....</p> </sec> <sec> <title>Search strategy</title> <p>We searched for ....</p> </sec> </sec>
  61. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 69 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 69 Back matter • 後付 • <back> – <ack> – <glossary> – <bio> – <ref-list> – <fn-group> – <notes>
  62. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 71 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 71 <ref-list> • 参考 (引用) 文献リスト • <ref> で個々の文献を記述 • <ref> 中に <note> を置くこともできる – 文献リスト中に「注」が混ざっている場合
  63. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 72 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 72 <ref> • 本文中では文献番号を、 <xref ref-type=“bibr” rid=“B6”>6</xref> のように記述 • <ref> では <ref id="B6"> <label>6</label> (文献書誌) </ref> のように記述
  64. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 73 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 73 <ref> • <element-citation> と <mixed-citation> がある • <element-citation> – 書誌の要素のみを記述 – 句読点は含めない – XML 的にはより厳密 • <mixed-citation> – 書誌要素に加え、テキストや句読点も記述できる – 編集情報を含むので、レンダリング (版下作成) が容 易
  65. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 74 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 74 <element-citation> <element-citation publication-type="journal" publication-format="print"> <name><surname>Llanos De La Torre Quiralte</surname> <given-names>M</given-names></name> <name><surname>Garijo Ayestaran</surname> <given-names>M</given-names></name> <name><surname>Poch Olive</surname> <given-names>ML</given-names></name> <article-title xml:lang="es">Evolucion de la mortalidad infantil de La Rioja (1980- 1998)</article-title> <trans-title xml:lang="en">Evolution of the infant mortality rate in la Rioja in Spain (1980-1998)</trans-title> <source>An Esp Pediatr</source> <year iso-8601-date="2001-11">2001</year> <month>Nov</month> <volume>55</volume> <issue>5</issue> <fpage>413</fpage> <lpage>420</lpage> <comment>Figura 3, Tendencia de mortalidad infantil [Figure 3, Trends in infant mortality]; p. 418. Spanish</comment> </element-citation>
  66. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 75 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 75 <mixed-citation> <mixed-citation publication-type="journal" publication-format="print"> <string-name><surname>Llanos De La Torre Quiralte</surname>, <given-names>M</given-names></string-name>, <string-name><surname>Garijo Ayestaran</surname>, <given-names>M</given-names></string-name>, <string-name><surname>Poch Olive</surname>, <given-names>ML</given-names></string-name>. <article-title xml:lang="es">Evolucion de la mortalidad infantil de La Rioja (1980-1998)</article-title>. [<trans-title xml:lang="en">Evolution of the infant mortality rate in la Rioja in Spain (1980-1998)</trans-title>]. <source>An Esp Pediatr</source>. <year iso-8601-date="2001-11">2001</year> <month>Nov</month>;<volume>55</volume>(<issue>5</issue>): <fpage>413</fpage>&ndash;<lpage>420</lpage>. Figura 3, Tendencia de mortalidad infantil [Figure 3, Trends in infant mortality]; p. 418. Spanish. </mixed-citation>
  67. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 76 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 76 <ref> • 同一文献を複数言語で記述するには、個々の書 誌要素を多言語化する • <ref> の繰り返しは想定されていない • <ref-list> を複数書くことは許されている
  68. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 77 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 77 <fn-group> • 巻末注 • 論文の最後に置かれる • 個々の注は <fn> で記述
  69. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 78 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 78 <fn> • 脚注 – <author-noes>, <table-wrap> などでも使われる • 本文中では – <xref ref-type=“fn” rid=“FN153”>&#x00A7; </xref> のようにリ ンク • <fn-group> 中では <fn-group> <fn> <p>This paper was submitted directly (Track II) to the PNAS office.</p> </fn> <fn id="FN153"> <p>&#x00A7; Barta, A., Dorner, S., Polacek, N., Berg, J. M., Lorsch, J. R., Nissen, P., Hansen, J., Muth, G. W. &#x0026; Ban, N. (2000) <italic>Science</italic> <bold>291</bold>, 203a (abstr.).</p> </fn> </fn-group>
  70. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 79 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 79 実習 • 次のデータを JATS <article-meta> で書いてみよう (<article-id> は省略) 専門知識の発信による学会の社会貢献 土木学会応用力学委員 会のウィキペディアプロジェクト Applied Mechanics Wikipedia Project : A social contribution of disseminating technical knowledge by academic society 山川 優樹1), 柴田 俊文2), 中井 健太郎3) Yuki YAMAKAWA1), Toshifumi SHIBATA2), Kentaro NAKAI3) 1) 東北大学大学院工学研究科土木工学専攻 2) 松江工業高等専 門学校環境・建設工学科 3) 名古屋大学大学院工学研究科社 会基盤工学専攻 1) Department of Civil and Environmental Engineering, Tohoku University 2) Department of Civil and Environmental Engineering, Matsue College of Technology 3) Department of Civil Engineering, Nagoya University
  71. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 80 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 80 BITS • NLM Book DTD – NCBI Bookshelf サービスのために2005年に開発さ れた – 現在 ver 3.0。JATS との互換性に乏しい • BITS (Book Interchange Tag Suite) – JATS と互換を目指して開発。現在 ver 1.0 – 学術書籍を対象とする。学校の教科書も可能 – JATS にある要素で書籍に利用できるものは、そのま ま利用
  72. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 81 BITS • <book-meta> –

    書誌事項 • <front-matter> – 前書き、序文、目次 • <book-body> – 本文 – <book-part> • 部、章、節など • <book-back> – あとがき、解説、索引 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 81
  73. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 82 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 82 JATS の活用 • 編集 • 組版 • データ交換 • 付加価値化
  74. JATS/XML の作成 • 書誌事項 XML – JATS XML Generator •

    日本語も対応 • フォームを埋めて作成 http://jatsxmlgenerator.com/ – J-STAGE 書誌XML自動作成システム • PDF から書誌を抽出して JATS XML 生成 – ファイルメーカーでつくるJ-STAGE書誌XML作 成ツール • HTML またはプレーンテキストから作成 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 83
  75. JATS/XML の作成 • 引用文献 XML – 手作業では無理 – refXpress (inera)

    などのツールを利用 – Crossref Simple Text Query • Crossref の登録利用者が引用文献を登録する場合 • 引用文献テキストをコピー・ペースト 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 84
  76. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 85 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 85 JATS/XML の作成 • 全文 XML – eXtyles (inera) • Word ファイルを XML に変換 • ルールを開発する必要 • 論文数の多い雑誌に有効 – Word のスタイルから変換 • 手作業が入る – JATS XML Generator • フォームを埋める – ウェブ執筆ツール – 業者に外注
  77. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 86 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 86 JATS によるデータ交換 • J-STAGE • PMC (PubMed Central) • Portico (アーカイブ)
  78. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ 87 2018/11/7 学術情報 XML 推進協議会

    XML/JATS 入門セミナ 87 参考サイト • JATS Journal Publishing Tag Library – http://jatspan.org/niso/publishing-1.0/ • JATS 日本語訳 – http://xspa.jp/bunkakai/jats/jats-honyaku.html • J-STAGE ガイドライン – https://www.jstage.jst.go.jp/pub/html/AY04S230_ja .html • 電子ジャーナルについての情報 – http://ejournal.jp/