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XML/JATS 入門セミナ/20181107-xml-tokizane

XSPA
November 07, 2018

XML/JATS 入門セミナ/20181107-xml-tokizane

XSPA

November 07, 2018
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  1. XML/JATS 入門セミナ
    2018/11/7
    東京大学大学院情報学環
    高等客員研究員
    時実 象一
    [email protected]

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  2. XML の基礎

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  3. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    3 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    3
    SGML, HTML, XML
    • SGML (Standard Generalized Markup
    Language)
    – 元は IBM’s Generalized Markup
    – 政府文書の作成などで普及
    – 学術雑誌の編集も
    • HTML (HyperText Markup Language)
    – SGML の Web 版とみなされる
    – DTD が不要

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  4. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    4 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    4
    HTML とは
    • Web ページを記述する言語
    – レイアウトを指定できる
    – 画像などを貼ることができる
    – リンクを張ることができる
    • 基本的なスタイル
    – <開始タグ><終了タグ>からなる
    – ときざね
    – ときざね
    – リンク
    ときざねそう
    いち

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  5. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    5 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    5
    XML とは
    • XML (eXtensible Markup Language)
    – データの構造を表現する言語
    – 表示には CSS (Cascading StyleSheet) などを
    使用
    – http://www6.airnet.ne.jp/manyo/xml/

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  6. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    6 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    6
    XML
    • 例
    <社員情報>
    <社員番号>1000社員番号>
    <氏名>
    <姓>田中姓>
    <名>次郎名>
    氏名>
    <部署>総務部署>
    社員情報>

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  7. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    7 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    7
    XML
    • eXtensible Markup Language
    – 現在電子文書の中心
    – データ交換
    – メタデータ記述 (RDF)
    – 電子ジャーナル
    – 電子書籍 (XHTML, EPUB)
    – Microsoft Office

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  8. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    8 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    8
    XML
    • eXtensible Markup Language
    – 現在電子文書の中心
    – データ交換
    – メタデータ記述 (RDF)
    – 電子ジャーナル
    – 電子書籍 (XHTML, EPUB)
    – Microsoft Office

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  9. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    9 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    9
    XML の特徴
    • スキーマがない (SGML との違い)
    • 大文字小文字を区別 (case-sensitive)
    • 改行記号、余分な半角スペースは無視される
    • 整形式 (well-formed) であること
    – 機械可読
    – 開始タグと終了タグがある
    – 属性の値は “” で括る
    – ルート要素はひとつだけ、必ずある

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  10. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    10 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    10
    XML の予約文字
    • <, >, &, “, ‘

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  11. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    11 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    11
    要素 (Element)
    • XML の情報単位
    • 「物」を表す
    • タグで記述される
    – ネストできる

    時実
    象一

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  12. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    12 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    12
    属性 (Attribute)
    • 物の「性質」を表す
    • 要素の付加的情報
    10092260
    • 複数個記述できる

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  13. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    13 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    13
    構造
    • XML の構造は木構造 (tree structure) である
    • http://www.atmarkit.co.jp/aig/01xml/tree.html

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  14. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    14 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    14
    整形式 (Well-Formed) XML
    • 文法に従ったXML文書
    – 開始タグと終了タグが対になっている
    • TOKIZANE
    • 空要素の場合
    のように書くこともできる
    – 入れ子が正しく出来ている
    • 正しくない XML の例

    時実象一

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  15. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    15 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    15
    実習
    • 次のデータを XML で書いてみよう (要素名は適
    当に決めてよい、ただし最上位は 、各項は
    を使ってください)

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  16. 回答


    北海道大学
    011-716-2111
    060-0808
    札幌市北区北8条西5丁目


    ...

    2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    16

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  17. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    17 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    17
    スキーマ言語
    • XML の要素・属性・構造を定義する
    – DTD (Document Type Definition)
    – XSD (W3C XML Schema)
    – RELAX NG Schema
    • 必須ではない
    – 実務上は整形式で書き、Validator, Style Checker な
    どでチェックする

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  18. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    18 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    18
    DTD
    • article-meta, (%front-back.class;)? )">


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  19. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    19 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    19
    XSD (Schema)
    • 属性を で定義







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  20. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    20 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    20
    RELAX NG










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  21. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    21 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    21
    DOCTYPE 宣言

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  22. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    22 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    22
    名前空間 (Name Space)
    • ある要素名・属性名が、異なる XML スキーマ間で重
    複・衝突することのないようにする
    – 同じ意味を持つようにする
    – マッシュアップを可能にする

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  23. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    23 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    23
    名前空間 (Name Space)
    • 数式 (MathML)
    xmlns:mml=http://www.w3.org/1998/Math/MathML
    • XLINK
    xmlns:xlink=http://www.w3.org/1999/xlink
    • スキーマ・ロケーション
    xmlns:xsi=http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance

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  24. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    24 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    24
    xml:lang
    • XML で定められた特別な属性
    • コンテンツの言語を示す
    – 文字、音声、その他
    • レンダリング等の処理に必要
    • 下位の要素に継承される

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  25. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    25 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    25
    PMC でのチェック
    • Validator
    – 整形式 (well-formed) であるかどうかチェック
    – DOCTYPE 宣言と一致しているかどうか
    • Style Checker
    – XML ファイルをテンプレートで処理し、レポートを出力
    (XSL transform)
    – PMC Tagging Style に沿っているかどうかチェック
    – Tagging Guideline のチェックではない

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  26. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    26 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    26
    PMC でのチェック
    • Style Checker エラーの例
    – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK62090/
    – MathML のエラー
    – DOI の値が不正
    – @related-articles-type が正しくない
    – 空要素がある
    – のチェック
    – @ref-id=“fig” と書かれているのに、中身が図でない
    – タイトル全体が大文字になっている

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  27. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    27 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    27
    Schematron
    • XML の木構造をチェック
    – 構造中の要素の存在・不在をチェック
    – 論理構造がチェックできる
    – 出版者・雑誌毎に編集して使うと有用

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  28. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    28 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    28
    Schematron
    • API の利用例
    – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100349/
    – 過去の SGML/XML データを JATS に変換
    – その際のデータチェックに XSLT とともに利用
    – Schematron に 250 のルールを記述

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  29. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    29 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    29
    Schematron
    • SAGE の利用例
    – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100373/
    – 次のようなエラーの検出に利用
    • 電子メールアドレス中にはスペースがない
    • 著者の姓の中にスペースがある
    • タイトルがすべて大文字となっている
    • 号サプリメンツのページには S がついている
    • セクションタイトルは でなく、, で記
    述されている

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  30. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    30 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    30
    XSL
    • eXtensible Stylesheet Language
    • XML 文書から必要なデータを取り出し、書式情
    報を与えてレイアウトする
    • XSLT (XSL Transformations)
    – データを取り出す仕様
    • XSL-FO (XSL Formatiing Objects)
    – データの書式情報の仕様
    • CSS (Cascading StyleSheets)
    – データの書式情報の仕様

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  31. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    32 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    32
    NLM DTD
    • 学術雑誌における XML の DTD として開発
    (2002)
    – PubMed Central 改良計画 (NCBI)
    – 学術雑誌の電子的アーカイブ・プロジェクト
    • ハーバード大学
    • メロン財団
    – メンバー
    • NCBI、ハーバード大学、メロン財団、Mulberry
    Technologies (NCBI コンサルタント)、Inera, Inc. (ハーバー
    ド大学コンサルタント)

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  32. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    33 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    33
    NLM DTD の歴史 (Jeff Beck)
    • Version 1.0 (2002/12)
    • Version 2.0 (2004/8)
    • Version 3.0 (2008/12)
    • Version 3.1 (2010/9) (draft)

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  33. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    34 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    34
    JATS
    • Journal Article Tag Suite (JATS)
    – NLM DTD 3.1 (draft) が NISO に移行
    – JATS version 0.4 (2011/3/30)
    – JATS version 1.1
    • NISO Z39.96-2012 (2012/8/19)
    – ANSI 標準となる (2012/8/9)
    – JATS version 1.2 (2016.1.13)
    • DTD でなくタグセット

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  34. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    35 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    35
    JATS
    タグセット 説明
    Archiving and Interchange Tag
    Set
    アーカイブが既存の冊子体やタグ付けされた雑誌記事
    の構造や意味要素をできるだけ容易に保存することを
    目的とし、特別の順序やテキスト形式にモデル化する
    ことをしない。
    Journal Publishing Tag Set 特定の出版社の方式から独立して、コンテンツを標準
    化して受け入れ、アーカイブすることを目的とする。
    Article Authoring Tag Set 新規な雑誌記事を執筆するためのもので、コンテンツ
    の標準化と管理が重要となる。
    BITS (Book Interchange Tag
    Suite)
    JATS を書籍のタグ付けに拡張

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  35. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    36 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    36
    JATS ホームページ
    http://jats.nlm.nih.gov/

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  36. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    37 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    37
    Journal Publishing Tag Library
    http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/index.html

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  37. JATS 1.1 翻訳版
    http://ejournal.jp/Links/StandardsCodes/JATS-Japanese/index.html
    2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    38

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  38. 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    39

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  39. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    40 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    40
    JATS の特徴
    • 学術論文の記述に特化
    – 科学技術医学が中心
    – 人文・社会科学にも適用できる
    • 論文単位の XML ファイル
    – 雑誌単位の情報 (目次など) はない

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  40. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    41 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    41
    JATS (NLM DTD) の利用状況 (欧米)
    • 外部との流通にのみ利用
    – 大手出版社・大手学会など
    – 社内では独自の XML を利用
    – 外注のインタフェースは JATS が増加
    • JATS を拡張して社内でも利用
    – 自社独自の要素を追加
    • JATS の一部を社内でも利用

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  41. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    42 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    42
    タグ・セット
    • Journal Archiving and Interchange
    • Journal Publishing
    • Article Authoring

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  42. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    43 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    43
    Journal Publishing Tag Set
    • 構成要素
    – 宣言部分
    – Article
    • Front matter
    • Body
    • Back matter
    • Floating materials

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  43. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    44 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    44
    宣言部分

    (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0
    20120330//EN” "JATS-journalpublishing1.dtd"

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  44. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    45 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    45
    JATS XML の決まり
    • で宣言した言語 (@xml:lang) は、特に
    指定しない限り下位の要素に引き継がれる
    article-type="research-article"
    dtd-version="1.0" xml:lang="en">

    • 以外のほとんどの要素は繰り返し
    が可能 (複数言語で記述できる)

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  45. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    46 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    46
    Article
    • XML ファイルの本体
    • 記事の種類と、DTD, 名前空間を定義
    article-type="research-article"
    dtd-version="1.0" xml:lang="en
    xmlns:mml=http://www.w3.org/1998/Math/MathML
    xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink
    xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-
    instance">

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  46. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    47 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    47
    @ariticle-type
    • J-STAGE の場合

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  47. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    48 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    48
    @xml:lang
    • 言語を指定する
    • で指定した言語がデフォルトとなる。指
    定しない場合は「英語 (en)」
    • 言語コードとスクリプト (IANA) が記述可能
    – xml:lang=“en” 英語
    – xml:lang=“ja-Jpan” 漢字まじり
    – xml:lang=“ja-Kana” カタカナ
    – xml:lang=“ja-Hira” ひらかな

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  48. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    49 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    49
    Front matter
    • 前付



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  49. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    50 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    50


    – 雑誌のコード

    – 雑誌タイトル *
    – 雑誌略名 *
    – ISSN
    – 出版者名 *
    * 繰り返し指定で、多言語記述化

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  50. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    51 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    51

















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  51. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    52 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    52

    • 論文の ID
    10.1073/pnas.181325198
    jPNAS.v98.i18.pg10214
    11517319

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  52. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    53 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    53

    • 論文の種別を記述する
    • の中で記載
    – Retraction
    – Biological Sciences
    – ネストしてもよい

    Primary care

    190
    10


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  53. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    54
    論文タイトル

    – サブタイトル、欄外見出し (running title) などがあると
    きに使う

    – 通常の論文タイトル

    – 別の言語のタイトル
    2018/11/7

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  54. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    55 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    55

    • , , , title> を含むことができる

    Effect of Alcohol on Recurrence of
    Chron’s Disease
    Gaillard,
    Lehmen, Auge, et al.
    Effect of
    Alcohol on Recurrence of Chron’s Disease

    • 多言語のタイトルは を用いる

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  55. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    56 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    56
    ,

    世界最大の書籍アーカイブ
    HathiTrust
    World Largest Book
    Archive, HathiTrust

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  56. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    57
    著者名と所属
    2018/11/7

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  57. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    58

    • 著者情報を記述する
    – , , , , ,
    などを含む
    2018/11/7

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  58. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    59 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    59

    • 著者情報を記述する
    • , , , <
    , などを含む

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  59. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    60 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    60

    • 人名を記述する
    – , に分けることができる

    Llanos De La Torre Quiralte
    M

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  60. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    61 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    61

    • 同一人物に複数の名前がある場合に用いる
    • 複数の を含むことができる


    中西
    秀彦


    Nakanishi
    Hidehiko


    ナカニシ
    ヒデヒコ


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  61. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    62 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    62

    • 著者の所属機関を記述する
    • , , などを含む
    • 所属機関が複数ある場合、, @id で区別する


    Wigginton
    Janis



    Department of Microbiology and Immunology,
    University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI 48109-
    0620

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  62. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    63 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    63

    • 同一所属機関に複数の名前がある場合に用いる
    • 複数の を含むことができる


    国立言語学博物館



    National Museum of Linguistics



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  63. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    64 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    64

    • 発行年月日を記述する
    • @pub-type には、pub, epub, ppub, epub-
    ppub などがある

    27
    03
    1999

    • @date-type で編集履歴も記載できる
    – received, rev-request, accepted, retracted など

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  64. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    65 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    65

    • 抄録を記述する
    • 多言語の抄録がある場合、複数記述し、
    @xml:lang で区別する

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  65. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    66 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    66

    • 複数のキーワードを記述する
    • で個々のキーワードを記述する

    DNA analysis
    gene expression
    (中略)
    parallel cloning
    fluid microarray

    • 多言語のキーワード群がある場合、複数記述し、
    @xml:lang で区別する

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  66. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    67 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    67
    Body








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  67. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    68 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    68

    • 本文の章

    Introduction
    Geriatric day hospitals developed rapidly in the United ....
    We therefore undertook a systematic review of the
    randomized trials of day hospital care.


    Methods
    The primary question addressed was ....

    Inclusion criteria
    We set out to identify all ....


    Search strategy
    We searched for ....


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  68. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    69 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    69
    Back matter
    • 後付







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  69. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    70 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    70

    • 謝辞

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  70. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    71 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    71

    • 参考 (引用) 文献リスト
    • で個々の文献を記述
    • 中に を置くこともできる
    – 文献リスト中に「注」が混ざっている場合

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  71. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    72 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    72

    • 本文中では文献番号を、
    6 のように記述
    • では

    6
    (文献書誌)

    のように記述

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  72. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    73 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    73

    • と がある

    – 書誌の要素のみを記述
    – 句読点は含めない
    – XML 的にはより厳密

    – 書誌要素に加え、テキストや句読点も記述できる
    – 編集情報を含むので、レンダリング (版下作成) が容

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  73. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    74 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    74


    Llanos De La Torre Quiralte
    M
    Garijo Ayestaran
    M
    Poch Olive
    ML
    Evolucion de la mortalidad infantil de La Rioja (1980-
    1998)
    Evolution of the infant mortality rate in la Rioja in Spain
    (1980-1998)
    An Esp Pediatr
    2001
    Nov
    55
    5
    413
    420
    Figura 3, Tendencia de mortalidad infantil [Figure 3, Trends in infant
    mortality]; p. 418. Spanish

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  74. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    75 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    75


    Llanos De La Torre Quiralte,
    M,
    Garijo Ayestaran,
    M,
    Poch Olive,
    ML.
    Evolucion de la mortalidad infantil de La Rioja
    (1980-1998).
    [Evolution of the infant mortality rate in la Rioja in
    Spain
    (1980-1998)].
    An Esp Pediatr.
    2001
    Nov;55(5):
    413–420. Figura 3, Tendencia
    de mortalidad infantil [Figure 3, Trends in infant mortality]; p. 418. Spanish.

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  75. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    76 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    76

    • 同一文献を複数言語で記述するには、個々の書
    誌要素を多言語化する
    • の繰り返しは想定されていない
    • を複数書くことは許されている

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  76. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    77 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    77

    • 巻末注
    • 論文の最後に置かれる
    • 個々の注は で記述

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  77. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    78 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    78

    • 脚注
    – , などでも使われる
    • 本文中では
    – § のようにリ
    ンク
    • 中では


    This paper was submitted directly (Track II) to the PNAS
    office.


    § Barta, A., Dorner, S., Polacek, N., Berg, J. M.,
    Lorsch, J. R., Nissen, P., Hansen, J., Muth, G. W. &
    Ban, N.
    (2000) Science 291, 203a
    (abstr.).


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  78. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    79 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    79
    実習
    • 次のデータを JATS で書いてみよう
    ( は省略)
    専門知識の発信による学会の社会貢献 土木学会応用力学委員
    会のウィキペディアプロジェクト
    Applied Mechanics Wikipedia Project : A social contribution of
    disseminating technical knowledge by academic society
    山川 優樹1), 柴田 俊文2), 中井 健太郎3)
    Yuki YAMAKAWA1), Toshifumi SHIBATA2), Kentaro NAKAI3)
    1) 東北大学大学院工学研究科土木工学専攻 2) 松江工業高等専
    門学校環境・建設工学科 3) 名古屋大学大学院工学研究科社
    会基盤工学専攻
    1) Department of Civil and Environmental Engineering, Tohoku
    University 2) Department of Civil and Environmental
    Engineering, Matsue College of Technology 3) Department
    of Civil Engineering, Nagoya University

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  79. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    80 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    80
    BITS
    • NLM Book DTD
    – NCBI Bookshelf サービスのために2005年に開発さ
    れた
    – 現在 ver 3.0。JATS との互換性に乏しい
    • BITS (Book Interchange Tag Suite)
    – JATS と互換を目指して開発。現在 ver 1.0
    – 学術書籍を対象とする。学校の教科書も可能
    – JATS にある要素で書籍に利用できるものは、そのま
    ま利用

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  80. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    81
    BITS

    – 書誌事項

    – 前書き、序文、目次

    – 本文

    • 部、章、節など

    – あとがき、解説、索引
    2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    81

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  81. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    82 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    82
    JATS の活用
    • 編集
    • 組版
    • データ交換
    • 付加価値化

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  82. JATS/XML の作成
    • 書誌事項 XML
    – JATS XML Generator
    • 日本語も対応
    • フォームを埋めて作成
    http://jatsxmlgenerator.com/
    – J-STAGE 書誌XML自動作成システム
    • PDF から書誌を抽出して JATS XML 生成
    – ファイルメーカーでつくるJ-STAGE書誌XML作
    成ツール
    • HTML またはプレーンテキストから作成
    2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    83

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  83. JATS/XML の作成
    • 引用文献 XML
    – 手作業では無理
    – refXpress (inera) などのツールを利用
    – Crossref Simple Text Query
    • Crossref の登録利用者が引用文献を登録する場合
    • 引用文献テキストをコピー・ペースト
    2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    84

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  84. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    85 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    85
    JATS/XML の作成
    • 全文 XML
    – eXtyles (inera)
    • Word ファイルを XML に変換
    • ルールを開発する必要
    • 論文数の多い雑誌に有効
    – Word のスタイルから変換
    • 手作業が入る
    – JATS XML Generator
    • フォームを埋める
    – ウェブ執筆ツール
    – 業者に外注

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  85. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    86 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    86
    JATS によるデータ交換
    • J-STAGE
    • PMC (PubMed Central)
    • Portico (アーカイブ)

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  86. 学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    87 2018/11/7
    学術情報 XML 推進協議会 XML/JATS 入門セミナ
    87
    参考サイト
    • JATS Journal Publishing Tag Library
    – http://jatspan.org/niso/publishing-1.0/
    • JATS 日本語訳
    – http://xspa.jp/bunkakai/jats/jats-honyaku.html
    • J-STAGE ガイドライン
    – https://www.jstage.jst.go.jp/pub/html/AY04S230_ja
    .html
    • 電子ジャーナルについての情報
    – http://ejournal.jp/

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