tidymodelsによるtidyな機械学習 / Japan.R 2019

2019年12月7日に行われたJapan.R 2019での発表資料です
https://japanr.connpass.com/event/154070/

Transcript

1. tidymodelsによる tidyな機械学習 2019/12/7 Japan.R 2019 森下光之助（@dropout009）
2. tidymodels︓tidyなやり⽅で機械学習が⾏えるパッケージ群 ü rsample︓Train/Test、Cross Validationなどのデータ分割 ü recipe︓データの前処理、特徴量エンジニアリング ü parsnip︓モデル構築と学習 ü tune︓ハイパーパラメータのチューニング ü yardstic :モデルの精度評価
3. tidymodelsパッケージの読み込み library(tidymodels) library(tune) > library(tidymodels) Registered S3 method overwritten by 'xts': method from as.zoo.xts zoo ─ Attaching packages ─────────────── tidymodels 0.0.3 ─ ✔ broom 0.5.2 ✔ purrr 0.3.3 ✔ dials 0.0.3.9002 ✔ recipes 0.1.7.9001 ✔ dplyr 0.8.3 ✔ rsample 0.0.5 ✔ ggplot2 3.2.1 ✔ tibble 2.1.3 ✔ infer 0.5.1 ✔ yardstick 0.0.4 ✔ parsnip 0.0.4.9000 ─ Conflicts ───────────────── tidymodels_conflicts() ─ ✖ purrr::discard() masks scales::discard() ✖ dplyr::filter() masks stats::filter() ✖ dplyr::lag() masks stats::lag() ✖ ggplot2::margin() masks dials::margin() ✖ dials::offset() masks stats::offset() ✖ recipes::step() masks stats::step() ✖ recipes::yj_trans() masks scales::yj_trans() tune以外は library(tidymodels)で ⼀括読み込みできる
4. 今回はサンプルデータとしてAmesHousingを使⽤ df = AmesHousing::make_ames() > df %>% + select(Sale_Price, everything()) # A tibble: 2,930 x 81 Sale_Price MS_SubClass MS_Zoning Lot_Frontage Lot_Area Street Alley <int> <fct> <fct> <dbl> <int> <fct> <fct> 1 215000 One_Story_… Resident… 141 31770 Pave No_A… 2 105000 One_Story_… Resident… 80 11622 Pave No_A… 3 172000 One_Story_… Resident… 81 14267 Pave No_A… 4 244000 One_Story_… Resident… 93 11160 Pave No_A… 5 189900 Two_Story_… Resident… 74 13830 Pave No_A… 6 195500 Two_Story_… Resident… 78 9978 Pave No_A… 7 213500 One_Story_… Resident… 41 4920 Pave No_A… 8 191500 One_Story_… Resident… 43 5005 Pave No_A… 9 236500 One_Story_… Resident… 39 5389 Pave No_A… 10 189000 Two_Story_… Resident… 60 7500 Pave No_A… # … with 2,920 more rows, and 74 more variables: Sale Priceを予測したい
5. rsampleでデータを分割 split = initial_split(df, prop = 0.8) df_train = training(split) df_test = testing(split) df_cv = vfold_cv(df_train, v = 5) > df_cv # 5-fold cross-validation # A tibble: 5 x 2 splits id <named list> <chr> 1 <split [1.9K/469]> Fold1 2 <split [1.9K/469]> Fold2 3 <split [1.9K/469]> Fold3 4 <split [1.9K/469]> Fold4 5 <split [1.9K/469]> Fold5 Train/Testの分割 Trainをさらに CVとして5分割
6. recipeでデータの前処理 rec = recipe(Sale_Price ~ ., data = df_train) %>% step_log(Sale_Price) > rec Data Recipe Inputs: role #variables outcome 1 predictor 80 Operations: Log transformation on Sale_Price recipeで前処理⾏う 今回はターゲットの対数をとった
7. parsnipでモデルを作成 model = rand_forest(mode = "regression", trees = 500, min_n = tune(), mtry = tune()) %>% set_engine(engine = "ranger", num.threads = parallel::detectCores(), seed = 42) > model Random Forest Model Specification (regression) Main Arguments: mtry = tune() trees = 500 min_n = tune() Engine-Specific Arguments: num.threads = parallel::detectCores() seed = 42 Computational engine: ranger parsnipでモデルを指定する 今回はRF 探索したいハイパーパラメータ はtune()としておく どのRFパッケージを使うかは set_engine()で指定 パッケージ固有のパラメータ もここで指定
8. tuneで探索するハイパーパラメータとその範囲を指定 params = list(min_n = min_n(range = c(1, 20)), mtry = mtry(range(5, 20))) %>% parameters() > params Collection of 2 parameters for tuning id parameter type object class min_n min_n nparam[+] mtry mtry nparam[+] 探索したいハイパーパラメータと その範囲をリストに
9. tuneでハイパーパラメータを探索 df_tuned = tune_bayes( rec, model = model, resamples = df_cv, param_info = params, initial = 5, iter = 50, metrics = metric_set(rsq), control = control_bayes(no_improve = 10, verbose = TRUE)) > df_tuned # 5-fold cross-validation # A tibble: 90 x 5 splits id .metrics .notes .iter * <list> <chr> <list> <list> <dbl> 1 <split [1.8K/440]> Fold1 <tibble [4 × 5]> <tibble [0 × 1]> 0 2 <split [1.8K/440]> Fold2 <tibble [5 × 5]> <tibble [0 × 1]> 0 3 <split [1.8K/440]> Fold3 <tibble [5 × 5]> <tibble [0 × 1]> 0 4 <split [1.8K/439]> Fold4 <tibble [5 × 5]> <tibble [0 × 1]> 0 5 <split [1.8K/439]> Fold5 <tibble [5 × 5]> <tibble [0 × 1]> 0 # … with 80 more rows ハイパーパラメータの探索 今回はベイズ最適化で探す
10. ハイパーパラメータの探索結果を確認（tune） df_best_result = df_tuned %>% show_best(metric = "rsq", n_top = 3, maximize = TRUE) > df_best_result # A tibble: 3 x 8 mtry min_n .iter .metric .estimator mean n std_err <int> <int> <dbl> <chr> <chr> <dbl> <int> <dbl> 1 14 1 4 rsq standard 0.896 5 0.00356 2 20 1 10 rsq standard 0.896 5 0.00324 3 20 4 0 rsq standard 0.896 5 0.00325 特に精度の良かった ハイパーパラメータを確認 mtry=14, min_n=1 で最⾼の精度
11. 最も精度の良かったハイパーパラメータをモデルにセット(parsnip) df_best_param = df_tuned %>% select_best(metric = "rsq", maximize = TRUE) model_best = model %>% update(df_best_param) > model_best Random Forest Model Specification (regression) Main Arguments: mtry = 14 trees = 500 min_n = 1 Engine-Specific Arguments: num.threads = parallel::detectCores() seed = 42 Computational engine: ranger 特に精度の良かった ハイパーパラメータを モデルにセット
12. 全Trainデータで再学習し、Testデータで予測(recipe, parsnip) preped_rec = rec %>% prep() df_train_baked = preped_rec %>% juice() df_test_baked = preped_rec %>% bake(df_test) fitted_model = model_best %>% fit(Sale_Price ~ ., data = df_train_baked) df_pred = df_test_baked %>% bind_cols(fitted_model %>% predict(new_data = df_test_baked)) レシピをTrainに適⽤ レシピをTestに適⽤ Trainで学習 Testで予測
13. yardsticでTestデータでの精度を確認 df_eval = df_pred %>% metrics(Sale_Price, .pred) > df_eval # A tibble: 3 x 3 .metric .estimator .estimate <chr> <chr> <dbl> 1 rmse standard 0.120 2 rsq standard 0.903 3 mae standard 0.0816 Testデータでの予測精度を計算 モデルの予測値と実際のSale Price
14. まとめ︓tidymodels使うとtidyなやり⽅で機械学習が⾏える ü rsample︓Train/Test、Cross Validationなどのデータ分割 ü recipe︓データの前処理、特徴量エンジニアリング ü parsnip︓モデル構築と学習 ü tune︓ハイパーパラメータのチューニング ü yardstic :モデルの精度評価
15. 参考⽂献 • tidymodelsによるモデル構築と運⽤ / tidymodels https://speakerdeck.com/s_uryu/tidymodels • tidymodelsによるtidyな機械学習（その1︓データ分割と前処理から学習と性能評価まで） https://dropout009.hatenablog.com/entry/2019/01/06/124932 • tidymodelsによるtidyな機械学習（その3︓ハイパーパラメータのチューニング） https://dropout009.hatenablog.com/entry/2019/11/10/125650 • General Resampling Infrastructure • rsample https://tidymodels.github.io/rsample/ • Preprocessing Tools to Create Design Matrices • recipes https://tidymodels.github.io/recipes/ • A Common API to Modeling and Analysis Functions • parsnip https://tidymodels.github.io/parsnip/ • Tidy Characterizations of Model Performance • yardstick https://tidymodels.github.io/yardstick/ • Tidy Tuning Tools • tune https://tidymodels.github.io/tune/index.html